CAFASP 、つまり完全自動構造予測の批判的評価は、タンパク質構造予測の大規模なブラインド実験であり、ホモロジーモデリング、フォールド認識、およびアミノ酸配列のみに基づくタンパク質の三次構造のab initio予測における自動構造予測ウェブサーバーの性能を調査する。[1]この実験は 2 年に 1 回、人間の介入と専門知識を組み込んだ予測に焦点を当てるCASPと並行して実行される。 [2] Protein Data Bankに保存された新しく解決されたタンパク質構造に対して毎週実行される関連ベンチマーク技術LiveBenchおよびEVAと比較すると、CAFASP は生成するデータがはるかに少ないですが、人間の予測の専門家によって生成された予測と直接比較できる予測を生成できるという利点がある。最近、CAFASP は独立した実験としてではなく、基本的に CASP の結果に統合されて実行されている。
参考文献
- ^ Fischer, D.; Barret, C.; Bryson, K.; Elofsson, A.; Godzik, A.; Jones, D.; Karplus, KJ; Kelley, LA; MacCallum, RM; Pawowski, K.; Rost, B.; Rychlewski, L.; Sternberg, M. (1999). 「CAFASP-1：完全自動化構造予測法の批判的評価」. Proteins . Suppl 3: 209– 217. doi :10.1002/(SICI)1097-0134(1999)37:3+<209::AID-PROT27>3.0.CO;2-Y. PMID 10526371.
- ^ Bourne, PE (2003). 「CASPおよびCAFASP実験とその結果」.生化学分析法. 44 : 501–507 . PMID 12647401.
外部リンク
- タンパク質構造予測センター
- CAFASP4 (2004)
- CAFASP5 (2006)
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