ケモインフォマティクスツールキットのリスト

ケミインフォマティクスツールキットは、ケミインフォマティクス研究者が仮想スクリーニング、化学データベースマイニング、構造活性相関研究に使用するためのカスタムコンピュータアプリケーションを開発することを可能にする、注目すべきソフトウェア開発キットです。 ^[1]^[2]ツールキットは、新しい手法の実験によく使用されます。その最も重要な機能は、化学構造の操作と構造間の比較です。個々の結合や原子の特性へのプログラムによるアクセスが提供されます。

機能性

ツールキットは次の機能を提供します。

さまざまな化学ファイル形式で構造を読み取り、保存します。
ある構造が別の構造のサブ構造であるかどうかを判断します (サブ構造のマッチング)。
2 つの構造が等しいかどうかを判断します (完全一致)。
セット内の構造に共通するサブ構造の識別 (最大共通サブ構造、MCS)。
分子を分解して断片に分割します。
元素またはサブ分子から分子を組み立てます。
入力された反応物構造に反応を適用し、反応生成物構造を出力します。
分子指紋を生成します。指紋はビットベクトルであり、個々のビットが構造的特徴の有無に対応します。指紋の最も重要な用途は、化学データベースの索引付けです。

注目すべきケモインフォマティクスツールキットのリスト

名前	ライセンス	API	ホームページ	注記
CDK	オープンソース	Java、R、Python	https://cdk.github.io/	^[3]^[4]^[5]
インジゴ	オープンソース	Java、.NET、Python	https://github.com/epam/インディゴ
分子動作環境（MOE）	独自の	科学ベクトル言語	https://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm
バベルを開く	オープンソース	C++、Python、Java、Perl、C#、Ruby	http://openbabel.org/	, ^[6]^[7]
RDKit	BSD-3条項ライセンス	C++、Python	https://www.rdkit.org/

参考文献

^ Jean-Loup Faulon、Andreas Bender（2010年4月）。『ケモインフォマティクスアルゴリズムハンドブック』Chapman & Hall、ISBN 978-1420082920。
^ ヨハン・ガスタイガー (2003 年 11 月)。ケモインフォマティクス。ワイリー-VCH。ISBN 3527306811。
^ Steinbeck C, C.; Han Y; Kuhn S; Horlacher O; Luttmann E; Willighagen E (2003). 「化学開発キット」. J. Chem. Inf. Comput. Sci . 43 (2): 493– 500. doi :10.1021/ci025584y. PMC 4901983. PMID 12653513 .
^ Steinbeck C., Christoph; Hoppe C.; Kuhn S.; Floris M.; Guha R.; Willighagen EL (2006). 「Chemistry Development Kit (CDK) の最近の開発 - 化学・バイオインフォマティクスのためのオープンソースJavaライブラリ」. Curr. Pharm. Des . 12 (17): 2111– 2120. doi :10.2174/138161206777585274. hdl : 2066/35445 . PMID 16796559.
^ ウィリハーゲン、エゴン L.;ジョン・W・メイフィールド;アルヴァルソン、ジョナサン。バーグ、アルビッド。カールソン、ラース。イェリアスコワ、ニーナ。クーン、ステファン。プルスカル、トマーシュ。ロハス・チェルト、ミケル;オラ・スジュース。トーランス、ギレイン。エベロ、クリス・T。グハ、ラジャルシ。スタインベック、クリストフ（2017 年 12 月）。「化学開発キット (CDK) v2.0: 原子のタイピング、描写、分子式、および部分構造の検索」。ケモインフォマティクスジャーナル。9 (1): 33.土井: 10.1186/s13321-017-0220-4。PMC 5461230。PMID 29086040。S2CID 2019985 。
^ すべての化学ファイル形式を読み書きします。
^ O'Boyle N; Banck M; James C; Morley C; Vandermeersch T; Hutchison G (2011). 「オープンバベル：オープンケミカル」. Journal of Cheminformatics . 3 (33): 33. doi : 10.1186/1758-2946-3-33 . PMC 3198950. PMID 21982300 .

[1] Jean-Loup Faulon、Andreas Bender（2010年4月）。『ケモインフォマティクスアルゴリズムハンドブック』Chapman & Hall、ISBN 978-1420082920。

[2] ヨハン・ガスタイガー (2003 年 11 月)。ケモインフォマティクス。ワイリー-VCH。ISBN 3527306811。

[3] Steinbeck C, C.; Han Y; Kuhn S; Horlacher O; Luttmann E; Willighagen E (2003). 「化学開発キット」. J. Chem. Inf. Comput. Sci . 43 (2): 493– 500. doi :10.1021/ci025584y. PMC 4901983. PMID 12653513 .

[4] Steinbeck C., Christoph; Hoppe C.; Kuhn S.; Floris M.; Guha R.; Willighagen EL (2006). 「Chemistry Development Kit (CDK) の最近の開発 - 化学・バイオインフォマティクスのためのオープンソースJavaライブラリ」. Curr. Pharm. Des . 12 (17): 2111– 2120. doi :10.2174/138161206777585274. hdl : 2066/35445 . PMID 16796559.

[5] ウィリハーゲン、エゴン L.;ジョン・W・メイフィールド;アルヴァルソン、ジョナサン。バーグ、アルビッド。カールソン、ラース。イェリアスコワ、ニーナ。クーン、ステファン。プルスカル、トマーシュ。ロハス・チェルト、ミケル;オラ・スジュース。トーランス、ギレイン。エベロ、クリス・T。グハ、ラジャルシ。スタインベック、クリストフ（2017 年 12 月）。「化学開発キット (CDK) v2.0: 原子のタイピング、描写、分子式、および部分構造の検索」。ケモインフォマティクスジャーナル。9 (1): 33.土井: 10.1186/s13321-017-0220-4。PMC 5461230。PMID 29086040。S2CID 2019985 。

[6] すべての化学ファイル形式を読み書きします。

[7] O'Boyle N; Banck M; James C; Morley C; Vandermeersch T; Hutchison G (2011). 「オープンバベル：オープンケミカル」. Journal of Cheminformatics . 3 (33): 33. doi : 10.1186/1758-2946-3-33 . PMC 3198950. PMID 21982300 .