クロマチンバリアント

クロマチンバリアント（エピジェネティック病変、エピミューテーション、またはエピジェネティック変化とも呼ばれる）は、個体内（個体内）または特定の細胞型／状態における個体間（個体間）において、細胞型／状態間でクロマチン状態が異なるゲノムのセクションに対応します。クロマチンバリアントは、ある細胞型／状態と別の細胞型／状態で機能が異なるDNA配列を区別します。クロマチンバリアントはゲノム全体に存在し、反復DNA配列と非反復DNA配列を含みます。[1]クロマチンバリアントのサイズは様々です。最小のクロマチンバリアントは、プロモーター、エンハンサー、またはインシュレーターなどで見られるように、数百のDNA塩基対をカバーします[2] [3] [4] [5] [6]最大のクロマチン変異体は数千のDNA塩基対を捕捉し、例えば大規模組織化クロマチンリジンドメイン（LOCK）[7] [8] [9] [10]やスーパーエンハンサーのようなシス調節エレメントクラスター（CORE）に見られる。[11] [12]

参考文献

  1. ^ Grillo, Giacomo; Lupien, Mathieu (2022年6月). 「がん関連クロマチン変異体が転移因子の発がん性役割を明らかにする」Current Opinion in Genetics & Development . 74 101911. doi :10.1016/j.gde.2022.101911. ISSN  1879-0380. PMID  35487182
  2. ^ Ernst J, Kellis M (2010年8月). 「ヒトゲノムの体系的アノテーションのためのクロマチン状態の発見と特徴づけ」. Nature Biotechnology 28 ( 8): 817–25 . doi :10.1038/nbt.1662. PMC 2919626. PMID 20657582  . 
  3. ^ Lupien M, Eeckhoute J, Meyer CA, Wang Q, Zhang Y, Li W, et al. (2008年3月). 「FoxA1はエピジェネティックシグネチャーをエンハンサー駆動型の系統特異的転写へと変換する」. Cell . 132 (6): 958–70 . doi :10.1016/j.cell.2008.01.018. PMC 2323438. PMID 18358809  . 
  4. ^ Heintzman ND, Stuart RK, Hon G, Fu Y, Ching CW, Hawkins RD, et al. (2007年3月). 「ヒトゲノムにおける転写プロモーターとエンハンサーの明確かつ予測的なクロマチンシグネチャー」. Nature Genetics . 39 (3): 311–8 . doi :10.1038/ng1966. PMID  17277777. S2CID  1595885.
  5. ^ Heintzman ND, Hon GC, Hawkins RD, Kheradpour P, Stark A, Harp LF, et al. (2009年5月). 「ヒトエンハンサーにおけるヒストン修飾は、細胞型特異的な遺伝子発現を包括的に反映する」. Nature . 459 (7243): 108–12 . Bibcode :2009Natur.459..108H. doi :10.1038/nature07829. PMC 2910248. PMID 19295514  . 
  6. ^ Hoffman, Michael M.; Buske, Orion J.; Wang, Jie; Weng, Zhiping; Bilmes, Jeff A.; Noble, William Stafford (2012年5月). 「ゲノムセグメンテーションによるヒトクロマチン構造の教師なしパターン発見」. Nature Methods . 9 (5): 473– 476. doi :10.1038/nmeth.1937. ISSN  1548-7105. PMC 3340533. PMID 22426492  . 
  7. ^ Deblois G, Tonekaboni SA, Grillo G, Martinez C, Kao YI, Tai F, et al. (2020年9月). 「化学療法抵抗性乳がんにおけるエピジェネティックスイッチ誘導性ウイルス擬態回避」. Cancer Discovery . 10 (9): 1312– 1329. doi : 10.1158/2159-8290.CD-19-1493 . PMID  32546577.
  8. ^ Timp W, Feinberg AP (2013年7月). 「宿主を犠牲にして細胞増殖の優位性をもたらす、制御不全のエピゲノムとしての癌」Nature Reviews. Cancer . 13 (7): 497– 510. doi :10.1038/nrc3486. PMC 4636434. PMID 23760024  . 
  9. ^ McDonald OG, Li X, Saunders T, Tryggvadottir R, Mentch SJ, Warmoes MO, et al. (2017年3月). 「膵臓がんの進行過程におけるエピゲノムリプログラミングが同化糖代謝と遠隔転移を結びつける」Nature Genetics . 49 (3): 367– 376. doi :10.1038/ng.3753. PMC 5695682. PMID 28092686  . 
  10. ^ Madani Tonekaboni SA, Haibe-Kains B, Lupien M (2021年1月). 「大規模に組織化されたクロマチンリジンドメインは、原始細胞集団と分化細胞集団の区別に役立つ」. Nature Communications . 12 (1) 499. Bibcode :2021NatCo..12..499M. doi :10.1038/s41467-020-20830-9. PMC 7820432. PMID  33479238 . 
  11. ^ Madani Tonekaboni SA, Mazrooei P, Kofia V, Haibe-Kains B, Lupien M (2019年10月). 「TAD構造と系統特異的な制御ネットワークを支えるシス制御要素クラスターの同定」. Genome Research . 29 (10): 1733– 1743. doi :10.1101/gr.248658.119. PMC 6771399. PMID 31533978  . 
  12. ^ Hnisz D, Abraham BJ, Lee TI, Lau A, Saint-André V, Sigova AA, et al. (2013年11月). 「細胞アイデンティティと疾患の制御におけるスーパーエンハンサー」. Cell . 155 (4): 934–47 . doi :10.1016/j.cell.2013.09.053. PMC 3841062. PMID 24119843  . 
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