自己エピトープは、抗原提示細胞(APC)の表面に高濃度で存在し、主要組織適合抗原複合体(MHC)と共存しており、優性エピトープとして知られています。これらは、潜在的に自己破壊的な自己反応性T細胞を除去するための負の選択機構を刺激します。これらの「自己」抗原は発達中のT細胞に提示され、これらの「自己反応性」T細胞にプログラム細胞死(アポトーシス)による死滅を促し、T細胞レパートリーから排除することで、自己免疫を抑制します。
しかし、APC上に非常に低濃度で出現する自己エピトープは、自己反応性T細胞を除去せず、末梢の成人T細胞レパートリーに加わらないという意味で、潜在性エピトープと呼ばれます。これは、体内で自己免疫を引き起こします。