DECIPHER（ソフトウェア）

解読
解読
開発者	エリック・ライト
安定版リリース	3.4.0 / 2025 （2025年）
書かれた	R、C
オペレーティング·システム	Unix、Linux、macOS、Windows
プラットフォーム	x86-64、ARM
入手可能な	英語
タイプ	バイオインフォマティクス
ライセンス	GPL 3
Webサイト	コードを解読する

DECIPHER は、プログラミング言語Rを使用して生物学的配列を効率的に解読および管理できるソフトウェアです。

特徴

シーケンスデータベース: 膨大な数のシーケンスをインポート、維持、表示、エクスポートし、操作します。
相同性検索：標的配列またはゲノムセット間で相同性のあるヒットを迅速に検索します。関連配列をグループにまとめます。^[1]
多重配列アライメント：DNA、RNA、^[2]またはアミノ酸^[3]の配列をアライメントする。
ゲノムアライメント: 複数のゲノムのシンテニー領域を見つけてアライメントします。
オリゴヌクレオチドの設計：ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）用の^[4] プライマー設計^[5]^[6]、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）用のプローブ設計^[7]またはDNAマイクロアレイ^[8]。
配列を操作します。品質の低い領域をトリミングし、フレームシフトを修正し、ヌクレオチドの方向を変更し、コンセンサスを決定し、制限酵素で消化します。
配列を解析する：キメラを見つけ、^[9]繰り返しを検出し、二次構造を予測し、生物の分類学^[10]または機能^[11]に分類し、系統樹を作成し、祖先の再構築を行う。
遺伝子発見：ゲノム中のコーディング遺伝子と非コーディング遺伝子^[12]を予測し、ゲノムから抽出してファイルにエクスポートします。

参照

配列アライメントソフトウェア

参考文献

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外部リンク

公式サイト

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