デサイファー（ソフトウェア）

デサイファー
開発者	エリック・ライト
安定版リリース	3.4.0 / 2025 （2025年）
言語	R、C
オペレーティングシステム	Unix、Linux、macOS、Windows
プラットフォーム	x86-64、ARM
利用可能な	英語
タイプ	バイオインフォマティクス
ライセンス	GPL 3
ウェブサイト	decipher.codes

DECIPHERは、プログラミング言語Rを使用して生物学的配列を効率的に解読および管理できるソフトウェアです

機能

• シーケンスデータベース：膨大な数のシーケンスをインポート、維持、表示、エクスポートし、操作します
• 相同性検索：標的配列またはゲノムセット内で相同性のあるヒットを迅速に検索する。関連配列をグループにまとめる。^{[ 1 ]}
• 多重配列アライメント：DNA、RNA、^{[ 2 ]}またはアミノ酸^{[ 3 ]}の配列を整列させる。
• ゲノムアライメント: 複数のゲノムのシンテニー領域を見つけてアライメントします。
• オリゴヌクレオチド設計：ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）用のプライマー設計^{[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]}、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）用のプローブ設計^{[ 7 ]}またはDNAマイクロアレイ^{[ 8 ]}
• 配列を操作します。品質の低い領域をトリミングし、フレームシフトを修正し、ヌクレオチドの方向を変え、コンセンサスを決定し、制限酵素で消化します。
• 配列を解析する：キメラを見つけ、^{[ 9 ]}繰り返しを検出し、二次構造を予測し、生物の分類学^{[ 10 ]}または機能^{[ 11 ]}に分類し、系統樹を作成し、祖先の再構築を行う。
• 遺伝子発見：ゲノム中のコーディング遺伝子と非コーディング遺伝子^{[ 12 ]}を予測し、ゲノムから抽出してファイルにエクスポートします。

参照

• 配列アライメントソフトウェア

参考文献

1. Wright ES (2024). 「関連性ソートによる線形時間での生物学的配列の正確なクラスタリング」 . Nature Communications . 15 (1): 3047. Bibcode : 2024NatCo..15.3047W . doi : 10.1038/s41467-024-47371-9 . PMC  11001989. PMID  38589369 .
2. Wright ES (2020). 「RNAconTest：構造一貫性に基づく非コーディングRNA多重配列アライメントのための比較ツール」 . RNA . 26 ( 5): 531– 540. doi : 10.1261/rna.073015.119 . PMC 7161358. PMID 32005745 .  
3. Wright ES (2015). 「DECIPHER：局所配列コンテキストを活用したタンパク質の多重配列アライメントの改善」 . BMC Bioinformatics . 16 : 322. doi : 10.1186/s12859-015-0749-z . PMC 4595117. PMID 26445311 .  
4. Noguera DR, Wright ES, Camejo P, Yilmaz LS (2014). 「オリゴヌクレオチドプローブとプライマーの設計を最適化するための数学的ツール」.応用微生物学およびバイオテクノロジー. 98 ( 23): 9595– 608. doi : 10.1007/s00253-014-6165-x . PMID 25359473. S2CID 903222 .  
5. Wright ES, Yilmaz LS, Ram S, Gasser JM, Harrington GW, Noguera DR (2014). 「ポリメラーゼ連鎖反応における伸長バイアスを利用した、ほぼ同一のDNAテンプレートのアンサンブルにおけるプライマー特異性の向上」. Environmental Microbiology . 16 (5): 1354– 1365. Bibcode : 2014EnvMi..16.1354W . doi : 10.1111/1462-2920.12259 . PMID 24750536 . 
6. Wright ES, Vetsigian KH (2016). 「DesignSignatures: 明確なシグネチャーを持つアンプリコンを生成するプライマー設計ツール」 .バイオインフォマティクス. 32 (10): 1565– 1567. doi : 10.1093/bioinformatics/btw047 . PMID 26803162 . 
7. Wright ES, Yilmaz LS, Corcoran AM, Okten HE, Noguera DR (2014). 「rRNA標的蛍光in situハイブリダイゼーション用プローブの自動設計により、正確な同定のためのデュアルプローブ使用の利点が明らかに」.応用環境微生物学. 80 (16): 5124– 5133. Bibcode : 2014ApEnM..80.5124W . doi : 10.1128/AEM.01685-14 . PMC 4135741. PMID 24928876 .  
8. Yilmaz LS, Loy A, Wright ES, Wagner M, Noguera DR (2012). 「微生物診断におけるマイクロアレイプローブ設計の改良に向けたプローブ-ターゲットハイブリッドのホルムアミド変性モデリング」 . PLOS ONE . 7 (8) e43862. Bibcode : 2012PLoSO...743862Y . doi : 10.1371/journal.pone.0043862 . PMC 3428302. PMID 22952791 .  
9. Wright ES, Yilmaz LS, Noguera DR (2012). 「DECIPHER：16S rRNA配列のキメラ同定のための検索ベースアプローチ」 .応用環境微生物学. 78 ( 3): 717– 725. Bibcode : 2012ApEnM..78..717W . doi : 10.1128/AEM.06516-11 . PMC 3264099. PMID 22101057 .  
10. Murali A, Bhargava A, Wright ES (2018). 「IDTAXA：マイクロバイオーム配列の正確な分類のための新たなアプローチ」 . Microbiome . 6 (140): 140. doi : 10.1186/s40168-018-0521-5 . PMC 6085705. PMID 30092815 .  
11. Cooley N , Wright ES (2021). 「IDTAXAによるタンパク質コード配列の正確なアノテーション」 . NAR Genomics and Bioinformatics . 3 (3): 1– 10. doi : 10.1093/nargab/lqab080 . PMC 8445202. PMID 34541527 .  
12. Wright ES (2022年2月). 「FindNonCoding: ゲノム中の非コーディングRNAの迅速かつ簡便な検出」 .バイオインフォマティクス. 38 (3): 841– 843. doi : 10.1093/bioinformatics/ btab708 . PMC 10060727. PMID 34636849 .  

外部リンク

• 公式サイト