ドック

ドック
ドック
原作者	ブライアン・K・ショイシェット、デビッド・A・ケース、ロバート・C・リッツォ
開発者	カリフォルニア大学サンフランシスコ校
初回リリース	1982 （1982年）
安定版リリース	3シリーズ：3.7; 6シリーズ：6.7 / 2015年2月12日（2015年2月12日）
書かれた	DOCK 3: Fortran、C DOCK 6: C++、C、Fortran 77
オペレーティング·システム	DOCK 3:ソースコードDOCK 6: Linux、macOS、Windows
プラットフォーム	x86、x86-64
サイズ	100MB
入手可能な	英語
タイプ	分子ドッキング
ライセンス	独自仕様:フリーウェア、学術、商用
Webサイト	ドック.compbio .ucsf .edu

UCSF DOCKプログラムは、1980年代にIrwin "Tack" Kuntzのグループによって作成された、最初のドッキングプログラムでした。^{[ 1 ]} DOCKは幾何学的アルゴリズムを使用して、小さな分子の結合モードを予測します。^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Brian K. Shoichet、David A. Case、およびRobert C. RizzoはDOCKの共同開発者です。

ドッキングプログラムには、DOCK 6 と DOCK 3 という 2 つのバージョンが現在開発中です。

DOCK プログラムで使用されるリガンドサンプリング方法には次のものがあります。

リジッドドッキング: 形状のマッチング、ポケット内に配置された球体を使用し、それらの球体と分子 (すべてのバージョン) の間で二部マッチングを実行します。
柔軟なリガンドは、アンカーアンドグロウと呼ばれるアルゴリズム（v4-v6）^{[ 2 ]}とデータベースの階層的ドッキング（v3.5-3.7）^{[ 5 ]}^{[ 6 ]を使用して説明されます。}

David A. Caseらのグループによって、DOCK v6のスコアリング関数AMBERスコアに分子動力学エンジンが実装されました。この機能は受容体の柔軟性を考慮し、ドッキング計算においてエネルギーアンサンブルによる順位付けを可能にします。^[⁴^]

参照

参考文献

^ Kuntz, ID; Blaney, JM; Oatley, SJ; Langridge, R; Ferrin, TE (1982). 「高分子-リガンド相互作用への幾何学的アプローチ」. Journal of Molecular Biology . 161 (2): 269–88 . doi : 10.1016/0022-2836(82)90153-X . PMID 7154081 .
^ ^a ^b Ewing, TJ; Makino, S; Skillman, AG; Kuntz, ID (2001). 「DOCK 4.0：柔軟な分子データベースの自動分子ドッキングのための検索戦略」Journal of Computer-aided Molecular Design . 15 (5): 411– 28. Bibcode : 2001JCAMD..15..411E . doi : 10.1023/A:1011115820450 . PMID 11394736 . S2CID 5553209 .
^ Moustakas, DT; Lang, PT; Pegg, S; Pettersen, E; Kuntz, ID; Brooijmans, N; Rizzo, RC (2006). 「モジュール型拡張ドッキングプログラムDOCK 5の開発と検証」. Journal of Computer-aided Molecular Design . 20 ( 10–11 ): 601–19 . Bibcode : 2006JCAMD..20..601M . doi : 10.1007/ s10822-006-9060-4 . PMID 17149653. S2CID 24495648 .
^ ^a ^b Lang, PT; Brozell, SR; Mukherjee, S; Pettersen, EF; Meng, EC; Thomas, V; Rizzo, RC; Case, DA; et al. (2009). 「DOCK 6: RNA–小分子複合体のモデリングにおける技術の組み合わせ」 . RNA . 15 (6): 1219–30 . doi : 10.1261/rna.1563609 . PMC 2685511. PMID 19369428 .
^ Lorber, DM; Shoichet, BK (1998). 「コンフォメーションアンサンブルを用いた柔軟なリガンドドッキング」 . Protein Sci . 7 (4): 938– 950. doi : 10.1002/pro.5560070411 . PMC 2143983. PMID 9568900 .
^ Lorber, DM; Shoichet, BK (2005). 「複数リガンド配座データベースの階層的ドッキング」 . Curr Top Med Chem . 5 (8): 739– 49. doi : 10.2174/1568026054637683 . PMC 1364474. PMID 16101414 .

外部リンク

公式サイト

[DOCK-1] Kuntz, ID; Blaney, JM; Oatley, SJ; Langridge, R; Ferrin, TE (1982). 「高分子-リガンド相互作用への幾何学的アプローチ」. Journal of Molecular Biology . 161 (2): 269–88 . doi : 10.1016/0022-2836(82)90153-X . PMID 7154081 .

[DOCK4-2] Ewing, TJ; Makino, S; Skillman, AG; Kuntz, ID (2001). 「DOCK 4.0：柔軟な分子データベースの自動分子ドッキングのための検索戦略」Journal of Computer-aided Molecular Design . 15 (5): 411– 28. Bibcode : 2001JCAMD..15..411E . doi : 10.1023/A:1011115820450 . PMID 11394736 . S2CID 5553209 .

[3] Moustakas, DT; Lang, PT; Pegg, S; Pettersen, E; Kuntz, ID; Brooijmans, N; Rizzo, RC (2006). 「モジュール型拡張ドッキングプログラムDOCK 5の開発と検証」. Journal of Computer-aided Molecular Design . 20 ( 10–11 ): 601–19 . Bibcode : 2006JCAMD..20..601M . doi : 10.1007/ s10822-006-9060-4 . PMID 17149653. S2CID 24495648 .

[DOCK6-4] Lang, PT; Brozell, SR; Mukherjee, S; Pettersen, EF; Meng, EC; Thomas, V; Rizzo, RC; Case, DA; et al. (2009). 「DOCK 6: RNA–小分子複合体のモデリングにおける技術の組み合わせ」 . RNA . 15 (6): 1219–30 . doi : 10.1261/rna.1563609 . PMC 2685511. PMID 19369428 .

[DOCK3.5-5] Lorber, DM; Shoichet, BK (1998). 「コンフォメーションアンサンブルを用いた柔軟なリガンドドッキング」 . Protein Sci . 7 (4): 938– 950. doi : 10.1002/pro.5560070411 . PMC 2143983. PMID 9568900 .

[DOCK3.5HD-6] Lorber, DM; Shoichet, BK (2005). 「複数リガンド配座データベースの階層的ドッキング」 . Curr Top Med Chem . 5 (8): 739– 49. doi : 10.2174/1568026054637683 . PMC 1364474. PMID 16101414 .

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[ 6 ]を使用して説明されます。