フロリダ軍管区は、北軍によって設立された軍事行政部門であった。フロリダ軍管区は、フロリダに残っていたわずかな連邦軍施設の防衛と管理を目的として、1861年4月13日に設立された。1861年1月のフロリダ脱退後、フロリダ軍はキーウェストのザカリー・テイラー砦とペンサコーラのピケンズ砦を除く、州内の連邦政府所有資産の大半を接収した。北軍海軍は、南大西洋封鎖艦隊と東メキシコ湾封鎖艦隊を率いて、キーウェスト港を利用し、南軍の大西洋と東メキシコ湾沿岸の封鎖を開始した。
1862年1月11日、キーウェストとケープカナベラルからアパラチコラ川までの海岸線がフロリダ軍管区から切り離され、アメリカ陸軍のジョン・M・ブランナン准将の指揮下にあるキーウェスト軍管区が設立された。
1862 年 3 月 15 日、フロリダ方面軍は南部方面軍に統合されました。
南北戦争の終結後、 1865年6月27日にアメリカ陸軍によって湾岸軍管区(1865-66年)の下部組織としてフロリダ軍管区が設立された。フロリダ軍管区は1866年に湾岸軍管区(1866-67年)に統合されるまで存続した。[ 2 ]