タンパク質ドメインの進化的分類

エコド

コンテンツ
キャプチャされたデータの種類	タンパク質ドメイン
接触
研究センター	テキサス大学サウスウェスタン医療センター、グリシン研究室
著者	H. Cheng、RD Schaeffer、Y. Liao、LN Kinch、J. Pei、S. Shi、BH Kim、NV Grishin。
主な引用	PMID  25474468
発売日	2014
アクセス
Webサイト	http://prodata.swmed.edu/ecod/
その他
バージョン	継続的に更新
キュレーションポリシー	新しいタンパク質については手動で、近い一致があるタンパク質については自動化する

タンパク質ドメインの進化分類（ECOD ）は、タンパク質データバンクから入手可能なタンパク質ドメインを分類する生物学データベースです。ECODは、タンパク質間の進化的関係を明らかにすることを目的としています。

Pfam、CATH、SCOPと同様に、ECODはタンパク質全体ではなくドメインをコンパイルします。しかし、ECODは進化的関係性により重点を置いています。フォールドによってタンパク質をグループ化することは、単に収斂進化を表すだけかもしれませんが、ECODは実証可能な相同性のみによってタンパク質をグループ化します。^{[ 1 ]}

参考文献

1. Cheng, H; Schaeffer, RD; Liao, Y; Kinch, LN; Pei, J; Shi, S; Kim, BH; Grishin, NV (2014年12月). 「ECOD：タンパク質ドメインの進化的分類」 . PLOS Computational Biology . 10 (12) e1003926. Bibcode : 2014PLSCB..10E3926C . doi : 10.1371/ journal.pcbi.1003926 . PMC 4256011. PMID 25474468 .