ESyPred3D

ESyPred3Dは自動化されたホモロジーモデリングプログラムです。複数のマルチプルアライメントプログラムの結果を組み合わせ、重み付けし、スクリーニングすることでアライメントが得られます。最終的な3次元構造は、モデリングパッケージMODELLERを使用して構築されます。^{[ 1 ]}

方法

ホモロジーモデリングを実行するために、ESyPred3Dプログラムはまずテンプレート（既知の構造を持つ類似配列）を検索し、その後、クエリ配列とテンプレート配列をアライメントします。次に、EsyPred3Dはアライメントとテンプレート構造を使用して3Dモデルを構築し、最終的な3Dモデルを評価します

クエリ配列とテンプレート配列は、コンセンサスアライメント法を用いてアライメントされます。^{[ 2 ]}クエリ配列とテンプレート配列を含む2組の配列に対し、異なるアライメントプログラムを用いて、異なる多重配列アライメントを構築します。コンセンサス法では、ニューラルネットワークを用いて最適なアライメント残基を見つけ、行き止まり除去アルゴリズムを用いてすべての可能な組み合わせを分析します。

最終的な 3D モデルは、ターゲットとテンプレートの位置合わせとテンプレートの 3D 構造からMODELLER を使用して構築されます。MODELLER は、不足しているループの構築にも使用されます。

参照

• タンパク質構造予測ソフトウェア一覧
• タンパク質構造予測
• ホモロジーモデリング

参考文献

1. Lambert, C.; Leonard, N.; De Bolle, X.; Depiereux, E. (2002年8月1日). 「ESyPred3D：タンパク質の3D構造予測」 .バイオインフォマティクス. 18 (9): 1250–1256 . doi : 10.1093/bioinformatics/ 18.9.1250
2. Lee, Minho; Jeong, Chan-seok; Kim, Dongsup (2007年12月). 「サポートベクター回帰によるタンパク質配列アライメント品質の予測と改善」 . BMC Bioinformatics . 8 (1): 471. doi : 10.1186/1471-2105-8-471 . PMC 2222655 . 

外部リンク

• ESyPred3D ウェブサーバー