アヴスンウイロイド科

アヴスンウイロイド科
Avsunviroidae科のウイロイド
ウイルスの分類
非公式グループ：	ウイルス以外の物質
非公式グループ：	ウイロイド
家族：	アヴスンウイロイド科
属
アヴスンウイロイド エラウィロイド ペラモウイロイド

Avsunviroidae科の代表的なメンバーに提案された二次構造

アヴスンウイロイド科はウイロイド科 の一種で、3属5種（アヴスンウイロイド、エラウイロイド、ペラモウイロイド）に分類される。^{[ 1 ]}アヴスンウイロイド科は246～375ヌクレオチド長のRNAゲノムから構成される。一本鎖の共有結合環状構造を有し、分子内塩基対合を形成する。いずれの種も中央の保存領域を欠く。^{[ 2 ]}

レプリケーション

複製は植物細胞の葉緑体で起こる。複製の主な特徴は、ヘルパーウイルスを必要とせず、タンパク質がコードされていないことである。他のウイロイド科であるポスピウイロイド科とは異なり、アブスンウイロイド科は対称的なローリング機構を介して複製すると考えられている。プラスRNA鎖は、RNAポリメラーゼプラス3IIと考えられる酵素の助けを借りて、マイナスRNA鎖を形成するための鋳型として働くと考えられている。マイナスRNA鎖はその後、リボザイムの活性によって切断され、環状になる。2つ目のローリングサークル機構によりプラス鎖が形成され、これもリボザイムの活性によって切断され、その後、環状になるように連結される。複製の場所は不明であるが、葉緑体で、Mg ²⁺イオンが存在する場所であると考えられている。^{[ 2 ]}

構造

構造予測によれば、塩基対形成領域によってヘアピンループが形成される棒状分子として存在するか、分岐構造をとることが示唆されている。^{[ 2 ] [ 3 ]}

このファミリーには4つの保存されたヌクレオチド配列があり、うわー、uc、ucag、交流5'末端から3'末端までのワトソン・クリック型塩基対に加え、ループの反対側の末端にワトソン・クリック型塩基対が存在する。これはハンマーヘッド型リボザイムの一部である。^{[ 1 ]}それ以外、この科には構造的な類似性はほとんどない。^{[ Fl 1 ]}ポスピウイロイド科との区別を決定づける特徴の一つである、保存されたCCH、TCR、またはTCHモチーフを持たない。^{[ Fl 2 ]}

分類

この科には3属5種が含まれる。^{[ 2 ]}

• Avsunviroidae科
  • Avsunviroid属; ^{[ Fl 3 ]}
    • 種:アボカドサンブロッチウイロイド(ASBVd, acc. J02020, gen. len. 247nt) ^{[ Fl 4 ]}
  • エラウイロイド属; ^{[ Fl 5 ]}
    • 種:ナス潜伏ウイロイド(ELVd, acc. AJ536613, gen. len. 333nt) ^{[ Fl 4 ]}
  • ペラモウイロイド属; ^{[ Fl 6 ]}
    • 種:アップルハンマーヘッドウイロイド、キククロロティックモットルウイロイド(CChMVd, acc. Y14700, gen. len. 399nt) ^{[ Fl 4 ]}、モモ潜在モザイクウイロイド(PLMVd, acc. M83545, gen. len. 337nt) ^{[ Fl 4 ]}

検出

長く中央の保存領域が欠如しているため、Avsunviroidae はPospiviroidaeよりも同定が困難です。Avsunviroidae を検出する方法の一つは、その環状性を利用することです。コンピューターは、直線状に並べると反復配列を形成するように見える、重複する多数のリードをつなぎ合わせることができます。^{[ 4 ]}

参考文献

1. ディ・セリオ、F;リー、SF;マトウシェク、J; RA州オーエンズ。パラス、V;ランドルズ、JW。佐野 哲;バーホーベン、JTJ;ヴィダラキス、G;フローレス、R; ICTV レポート、コンソーシアム (2018 年 5 月)。「ICTV ウイルス分類プロファイル: Avsunviroidae」。一般ウイルス学ジャーナル。99 (5): 611–612 .土井: 10.1099/jgv.0.001045。hdl : 10251/142511。PMID  29580320。
2. 「ICTVオンラインレポート Avsunviroidae」。2022年2月12日時点のオリジナルよりアーカイブ。2018年5月3日閲覧。
3. Giguère, T; Adkar-Purushothama, CR; Bolduc, F; Perreault, JP (2014年10月). 「Avsunviroidae科全種の構造解明」 . Molecular Plant Pathology . 15 (8): 767–79 . doi : 10.1111 / mpp.12130 . PMC 6638799. PMID 25346967 .  
4. Wu, Q; Wang, Y; Cao, M; Pantaleo, V; Burgyan, J; Li, WX; Ding, SW (2012年3月6日). 「ディープシーケンシングと新たな計算アルゴリズムによる、複製病原性環状RNAの相同性非依存的発見」 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 (10): 3938–43 . Bibcode : 2012PNAS..109.3938W . doi : 10.1073/pnas.1117815109 . PMC 3309787. PMID 22345560 .  

• フローレス、リカルド。エルナンデス、カルメン。アルバ、A. エミリオ・マルティネス・デ;ダロス、ホセ・アントニオ。セリオ、フランチェスコ・ディ (2005)。 「ウイロイドとウイロイドとホストの相互作用」。植物病理学の年次レビュー。43 (1)。年次レビュー: 117–139 . doi : 10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243。ISSN  0066-4286。PMID  16078879。

1. p. 120、「ハンマーヘッド構造で保存されているコアヌクレオチドを除けば、それらの間には広範な配列の類似性は存在しない」
2. p. 118-120、「他の4つのウイロイド、アボカドサンブロッチウイロイド（ASBVd）（47）、モモ潜在モザイクウイロイド（PLMVd）（45）、キククロロティックモットルウイロイド（CChMVd）（65）、ナス潜在ウイロイド（ELVd）（30）は、保存されたCCR、TCR、およびTCHモチーフを持たないが、驚くべきことに、両方の極性鎖がハンマーヘッドリボザイムによって自己切断される。これらは、2番目のファミリーであるAvsunviroidae（33でレビュー）を形成し、その基準種はASBVdである（このファミリーへのELVdの正式な追加はICTVの承認待ちである）（図1b）。」
3. p. 120、「A + U含有量が高い（62％）唯一のウイロイドであるASBVd（47）は、単一特異性属を形成する」
4. p.  119、表1
5. p. 120、「そして、その特性が他の2つの属のメンバーの特性の中間に位置するELVdは、独自の属を構成することが提案されている（30）。
6. p. 120、「しかし、PLMVdとCChMVdは、擬似結び目（10; S. Gago、M. De la Peňa＆R. Flores、未発表結果）（図1b）によって安定化された分岐した二次構造（21、45、65）と、2M LiClへの不溶性（65）のために、1つの属に分類されています。」

外部リンク

• ICTVオンライン（第10回）レポート;アヴスンウイルス科
• MicrobiologyBytes: Viroids 、 2007年2月24日にオリジナルからアーカイブ、 2007年3月16日取得
• 植物ウイルスの説明 - Avsunviroidae、2007年2月13日にオリジナルからアーカイブ、 2007年3月16日取得
• RNAワールド仮説に関連する触媒RNA分子の研究(PDF) 、 2011年7月22日のオリジナル(PDF)からアーカイブ