エンドロフ

エンドロフ
Endrov画像ウィンドウ
開発者	ヨハン・ヘンリクソン (カロリンスカ研究所)
最終リリース	2.15 / 2009年6月17日（正式リリース）
オペレーティング·システム	任意（Javaベース）
タイプ	画像処理と画像解析
ライセンス	新しいBSDライセンス
Webサイト	www.endrov.net

Endrov ^{[ 1 ]}は、画像解析とデータ処理を目的としたオープンソースのプラグインアーキテクチャです。 ^{[ 2 ]} Javaベースであるため、移植性が高く、ローカルでもアプレットとしても実行できます。Endrovは、主に生物学研究における顕微鏡から得られる複雑な時空間画像データを処理できる高度なオープンソースソフトウェアの必要性から生まれました。ImageJの哲学を多く取り入れていますが、より現代的な設計を採用することでImageJを凌駕することを目指しています。

EndrovはC.elegansの胚発生をマッピングするソフトウェアの必要性から生まれました。^{[ 3 ]}

主任開発者のヨハン・ヘンリクソン氏は、カロリンスカ研究所の博士課程の学生です。

仕様

Endrovはライブラリであると同時に画像処理プログラムでもあります。GUIコードをデータ型、フィルター、その他のデータ処理プラグインから分離することに重点を置いて設計されています。このプログラムは、日常的な用途やプロトタイピングのほとんどに使用でき、大規模なバッチ処理や統合にはライブラリとしてコードを呼び出すという考え方です。

Endrovは、プログラムとして、一般的な画像処理ソフトウェアに期待される機能をすべて備えています。ハッキングにも対応しており、新しい編集ツール、ウィンドウ、データタイプの統合も容易です。他の画像処理ソフトウェアと異なる主な特徴は、より高度な顕微鏡検査に必要な追加次元（XYZ、時間、チャンネル）を処理できることです。フィルターは直接適用せずに使用することも、フィルターシーケンスに組み込むこともできます。データ（例えば分析結果など）は画像と共に保存されます。

ネイティブの画像形式は OST ですが、ほとんどの一般的な形式がサポートされています。

ImageJとの比較

ImageJは古くからあるため、より成熟しており、プラグインも豊富です。そのため、ImageJの変更は後方互換性を損なうことなく行える範囲が限られており、設計上の欠陥が時間の経過とともに蓄積されてきました。Endrovは、クリーンな設計のために後方互換性をすべて犠牲にしています。ImageJはコア機能と比較的独立したプラグインで構成されていますが、Endrovはコア機能が少なく、プラグイン間の依存関係が多数あります。その目的は、統合を強化し、カプセル化を高めることで、コードの冗長性を削減し、メンテナンスを容易にすることです。例えば、GUIはほとんどのアルゴリズムプラグインとは独立しており、アルゴリズムは入力と出力の説明のみを提供します。

参照

• 顕微鏡画像処理
• 画像処理
• 無料およびオープンソースのソフトウェアパッケージのリスト

参考文献

1. Endrovは、2007年の国際ワーム会議で初めて国際的に発表されました：Johan Henriksson et al.: Virtual-Worm Base - C. elegansの系統と細胞特異的遺伝子発現を研究するためのツール
2. 「Endrov：画像解析のための統合プラットフォーム」Nature Methods . 2013年9月22日閲覧。
3. Hench, J; Henriksson, J; Lüppert, M; Bürglin, TR (2009). 「細胞接触マップを用いたCaenorhabditis elegans胚発生の時空間参照モデル」 . Developmental Biology . 333 (1): 1– 13. doi : 10.1016/j.ydbio.2009.06.014 . PMID  19527702 .

外部リンク

• エンドロフ公式サイト