ヨーロッパ参照ゲノムアトラス

欧州リファレンスゲノムアトラス（ERGA）は、ヨーロッパのすべての真核生物種のリファレンスゲノムの作成を調整するコミュニティイニシアチブです。[ 1 ] [ 2 ]これは、フィールドサンプリングとDNAシーケンシング、それに続くシーケンスアセンブリとアノテーションで構成され、リファレンス品質基準を満たすゲノムのカタログを作成します。[ 3 ]地球バイオゲノムプロジェクト（EBP [ 4 ] [ 5 ] ）のヨーロッパ地域ノードとして、ERGAはアフリカバイオゲノムプロジェクト[ 6 ]や脊椎動物ゲノムプロジェクト[ 7 ]など、世界中の他のゲノムプロジェクトと協力しています。

背景

ERGAは、リファレンスゲノムの作成に重点を置いた欧州のイニシアチブを構築するために2020年に発足しました。コミュニティの正式化には、すべての参加国の代表者からなる評議会の設立と、ゲノム生成ワークフローの主要な段階を監督するための委員会の設置が含まれていました。コミュニティの設立は、評議会と委員会の活動、コアプロジェクトの立ち上げ、Pacific BioSciences [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]やArima Genomics [ 11 ]などの技術プロバイダーとの提携、[ 12 ]フォーラム記事[ 12 ]とコミュニティレビュー記事[ 13 ]の出版、およびERGAコミュニティの目標、原則、参加の定義を通じて継続されました。[ 1 ] [ 14 ]コアプロジェクトには、ERGA加盟国それぞれから少なくとも1つのリファレンスゲノムを完成させることを目的としたパイロットプロジェクト [ 15 ] と、ホライズンヨーロッパが資金提供する生物多様性ゲノミクスヨーロッパプロジェクト[ 16 ]（国際生命バーコードヨーロッパコミュニティとの共同事業）[ 17 ]および、生物多様性ゲノミクスと関連トピックに関する教育資料を収集・共有して知識交換を促進するERGAナレッジハブ[ 18 ]の構築が含まれます。

参考文献

  1. ^ a b Mazzoni, Camila J.; Ciofi, Claudio; Waterhouse, Robert M. (2023-07-11). 「生物多様性：ヨーロッパの参照ゲノムアトラス」 . Nature . 619 (7969): 252. Bibcode : 2023Natur.619..252M . doi : 10.1038/d41586-023-02229-w . PMID  37433931 .
  2. ^ 「ヨーロッパの生物多様性のゲノムアトラス」 erga . 2024年11月21日閲覧。
  3. ^ Lawniczak, Mara KN; Durbin, Richard; Flicek, Paul; Lindblad-Toh, Kerstin; Wei, Xiaofeng; Archibald, John M.; Baker, William J.; Belov, Katherine; Blaxter, Mark L.; Marques Bonet, Tomas; Childers, Anna K.; Coddington, Jonathan A.; Crandall, Keith A.; Crawford, Andrew J.; Davey, Robert P. (2022-01-25). 「地球バイオゲノムプロジェクトのための標準勧告」 . Proceedings of the National Academy of Sciences . 119 (4). Bibcode : 2022PNAS..11915639L . doi : 10.1073/pnas.2115639118 . ISSN 0027-8424 . PMC 8795494 . PMID 35042802 .   
  4. ^ Lewin, Harris A.; Robinson, Gene E.; Kress, W. John; Baker, William J.; Coddington, Jonathan; Crandall, Keith A.; Durbin, Richard; Edwards, Scott V.; Forest, Félix; Gilbert, M. Thomas P.; Goldstein, Melissa M.; Grigoriev, Igor V.; Hackett, Kevin J.; Haussler, David; Jarvis, Erich D. (2018-04-24). 「地球バイオゲノムプロジェクト：生命の未来のための生命の配列決定」 . Proceedings of the National Academy of Sciences . 115 (17): 4325– 4333. Bibcode : 2018PNAS..115.4325L . doi : 10.1073/pnas.1720115115 . ISSN 0027-8424 . PMC 5924910 . PMID 29686065 .   
  5. ^ Lewin, Harris A.; Richards, Stephen; Lieberman Aiden, Erez; Allende, Miguel L.; Archibald, John M.; Bálint, Miklós; Barker, Katharine B.; Baumgartner, Bridget; Belov, Katherine; Bertorelle, Giorgio; Blaxter, Mark L.; Cai, Jing; Caperello, Nicolette D.; Carlson, Keith; Castilla-Rubio, Juan Carlos (2022-01-25). 「地球バイオゲノムプロジェクト2020：時計の針が動き出す」 . Proceedings of the National Academy of Sciences . 119 (4). Bibcode : 2022PNAS..11915635L . doi : 10.1073/pnas.2115635118 . ISSN 0027-8424 . PMC 8795548 . PMID 35042800 .   
  6. ^ 「10万ゲノム ― アフリカで、アフリカのために」 . Nature Biotechnology . 40 (7): 988. 2022-07-01. doi : 10.1038/s41587-022-01404-0 . ISSN 1546-1696 . PMID 35831666 .  
  7. ^ Rhie, Arang; McCarthy, Shane A.; Fedrigo, Olivier; Damas, Joana; Formenti, Giulio; Koren, Sergey; Uliano-Silva, Marcela; Chow, William; Fungtammasan, Arkarachai; Kim, Juwan; Lee, Chul; Ko, Byung June; Chaisson, Mark; Gedman, Gregory L.; Cantin, Lindsey J. (2021年4月). 「全脊椎動物種の完全かつエラーのないゲノムアセンブリに向けて」 . Nature . 592 (7856): 737– 746. Bibcode : 2021Natur.592..737R . doi : 10.1038/s41586-021-03451-0 . hdl : 10230/48169 . ISSN 1476-4687 . PMC 8081667 .  
  8. ^ Heuertz, Myriam; Carvalho, Silvia B.; Galindo, Juan; Rinkevich, Baruch; Robakowski, Piotr; Aavik, Tsipe; Altinok, Ilhan; Barth, Julia MI; Cotrim, Helena; Goessen, Roos; González-Martínez, Santiago C.; Grebenc, Tine; Hoban, Sean; Kopatz, Alexander; McMahon, Barry J. (2023-02-01). 「応用ギャップ：生物多様性と生態系サービス管理のためのゲノミクス」 . Biological Conservation . 278 109883. Bibcode : 2023BCons.27809883H . doi : 10.1016/j.biocon.2022.109883 . hdl : 10449/79175 . ISSN 0006-3207 . 
  9. ^ Hogg, Carolyn J. (2024年5月). 「ゲノムの進歩を生物多様性保全につなげる」 . Nature Reviews Genetics . 25 (5): 362– 373. doi : 10.1038/s41576-023-00671-0 . ISSN 1471-0064 . PMID 38012268 .  
  10. ^ 「PacBioが欧州リファレンスゲノムアトラスイニシアチブと提携」PacBio . 2024年11月21日閲覧。
  11. ^ 「Arima GenomicsとEuropean Reference Genome Atlasが生物多様性の保全に協力」 Arima Genomics . 2024年11月21日閲覧。
  12. ^フォルメンティ、ジュリオ;タイシンガー、キャスリン。フェルナンデス、カルロス。ビスタ、イリアナ。ボンバリー、アウレリアーノ。ブライドーン、クリストフ。シオフィ、クラウディオ。クロッティーニ、アンジェリカ。ゴドイ、ホセ・A.ホーグランド、ジェイコブ。マルキエヴィッツ、ジョアンナ。ムートン、アリス。オーメン、レベッカ A.。パエス、サディエ。 Palsbøll、Per J. (2022 年 3 月)。「保存ゲノミクスにおける参照ゲノムの時代」。生態学と進化のトレンド。37 (3): 197–202。Bibcode : 2022TEcoE..37..197F。土井：10.1016/j.tree.2021.11.008。hdl : 10230/52728 . ISSN 0169-5347 . PMID 35086739 .  
  13. ^キャスリン・タイシンガー;フェルナンデス、カルロス。フォルメンティ、ジュリオ。ビスタ、イリアナ。バーグ、ポール R.ブライドーン、クリストフ。ボンバリー、アウレリアーノ。クロッティーニ、アンジェリカ。ガロ、グイド R.ゴドイ、ホセ・A.ジェントフト、シセル。マルキエヴィッツ、ジョアンナ。ムートン、アリス。オーメン、レベッカ A.。パエス、サディエ（2023年7月）。「ゲノミクスが生物多様性の保全にどのように役立つか」。遺伝学の動向。39 (7): 545–559。土井: 10.1016/j.tig.2023.01.005。hdl : 10230/59627。ISSN 0168-9525。PMID 36801111。  
  14. ^ ERGA評議​​会; et al. (2023). 「欧州リファレンスゲノムアトラスコミュニティ - フェーズ1メンバー - 2020-2023」 . doi : 10.5281/zenodo.8083652 .
  15. ^マッカートニー、アン・M.フォルメンティ、ジュリオ。ムートン、アリス。デ・パニス、ディエゴ。マリーンズ、ルイーサ・S。レイタン、エンリケ G.ディーデリクス、ジュヌヴィエーブ。キランワ、ジョセフ。モルセリ、マルコ。サルセス・オルティス、ジュディット。エスクデロ、ヌリア。イアヌッチ、アレッシオ。ナタリ、キアラ。スヴァルダル、ハンネス。フェルナンデス、ロサ（2024-09-17）。「ヨーロッパ参照ゲノムアトラス: 公平な生物多様性ゲノミクスへの分散型アプローチの試行」。npj 生物多様性。3 (1) 28: 1–17。Bibcode : 2024npjBD...3...28M。doi : 10.1038/s44185-024-00054-6 . hdl : 11585/986534 . ISSN 2731-4243 . PMC 11408602 .  
  16. ^ゲノミクス、生物多様性。「BGEホーム」。Biodiversity Genomics Europe 。 2024年11月21日閲覧。
  17. ^ヨーロッパ、iBOL。「iBOL Europe – 国際生命バーコード・ヨーロッパ・ノード」 iBOL Europe 。 2024年11月21日閲覧。
  18. ^ 「ERGAナレッジハブ - 生物多様性ゲノミクスのトレーニング資料」 knowledge.erga-biodiversity.eu . 2024年11月21日閲覧。
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