FAM163A
ホモサピエンスにおけるタンパク質コード遺伝子
FAM163A
識別子
別名FAM163A、C1orf76、NDSP、配列類似性163を持つファミリーメンバーA
外部IDOMIM : 611727; MGI : 3618859; HomoloGene : 18306; GeneCards : FAM163A; OMA : FAM163A - オーソログ
オーソログ
種ヒトマウス
Entrez

148753

329274

Ensembl

該当なし

ENSMUSG00000015484

UniProt

Q96GL9

Q8CAA5

RefSeq (mRNA)

NM_177838

RefSeq（タンパク質）

NP_808506

場所（UCSC）該当なし1番目の文字: 155.95 – 156.03 MB
PubMed検索[2][3]
ウィキデータ
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FAM163A は、セベリンや神経芽腫由来分泌タンパク質(NDSP)としても知られ、ヒトでは FAM163A遺伝子によってコードされているタンパク質です。[4]このタンパク質は、神経芽腫癌細胞の増殖と足場非依存性成長の促進に関係していることが示されています。[5] [6]さらに、このタンパク質は慢性喫煙者の肺組織でアップレギュレーションされていることがわかっています。[7] FAM163Aはヒト染色体 1q 25.2に存在し、そのタンパク質産物は 167アミノ酸長です。FAM163A には、その配列の最初の約 37 アミノ酸によってコードされる、非常に高度に保存されたシグナルペプチド配列が含まれていますが、真核生物でのみ保存されており、その中で最も遠い存在が日本のメダカです。

遺伝子

ヒト1番染色体上のFAM163Aの相対的位置

FAM163Aは約2,927塩基対の長さで、5つのエクソンから構成されています。機能不明のドメインは報告されていませんが、遺伝子のコード領域は非常に短く（約500塩基対）、非常に長く、かつ未だに特徴づけられていない3'非翻訳領域（UTR）を有しています。FAM163Aは1番染色体のプラス鎖、遺伝子座126860に位置し、 TOR1AIP1、TOR1AIP2、TDRD5という3つの遺伝子の近くにあります。[8]

AceViewによるFAM163A遺伝子近傍のより詳細な観察[9]

mRNA

神経芽腫の腫瘍サンプル45個でmRNAレベルを検査したところ、43個と骨髄サンプル5個でNDSPレベルの上昇が認められました。NDSPは、骨髄および神経組織における癌転移の発生リスク増加と関連しています。[5] NDSPに対してRNA阻害技術を適用したところ、細胞増殖と癌細胞コロニー形成が減少しました。さらに、このタンパク質はERKを介した経路で増殖因子として作用することが判明しています。[6]

スプライスバリアント

Fam163A mRNAのスプライスバリアントを生成するために、いくつかのプログラムを使用できます。Ensemblデータベースでは、FAM163Aタンパク質をコードする1つのスプライスバリアントが生成されます。[10] NCBIのAceviewでは23のスプライスバリアントが生成されますが、これらに関連する実験的証拠はありません。[11]

タンパク質

ヒトタンパク質の分子量は17.6キロダルトン（kDa）、等電点は5.56です。[12]相同遺伝子間で比較すると、これらの値はよく保存されています。最後に、ExPASyプログラムPSORTIIは、タンパク質が核内に局在する確率を39.1%と予測しており、これはどの場所においても最高の確率です。[13]

局在領域 局在の可能性（％）
核 39.1％
細胞質 21.7%
細胞外マトリックス 17.4%
ミトコンドリア 17.4%
細胞骨格 4.3%

相同性

以下のデータは、NCBI BLAST プログラムを使用して生成されました。[14]これらすべての配列における興味深いモチーフは、シグナルペプチド配列の例外的な保存性です。Vasudevan らによる研究には、ヒトの相同タンパク質 (FAM163B) とマウスの FAM163A 相同遺伝子を比較するバイオインフォマティクス解析が含まれていました。 [5]彼らの結果は、以下に示す相同遺伝子の解析と一致していました。記載されていない種にも FAM163A の相同遺伝子がはるかに多く存在しますが、日本のメダカはシグナルペプチド配列を共有する最後の相同遺伝子種であり、次に近い結果は、同一性率が 30% 未満で、保存の推定ドメインがありません。

属と種 一般名 人類分岐までの進化時間（100万年前） アクセッション番号 タンパク質配列長 ヒトタンパク質との配列同一性（％） ヒトタンパク質との配列類似性（％）
ホモ・サピエンス ヒト - NP_775780.1 167aa - -
ホモ・サピエンス ヒト（FAM163B - パラログ） - NP_001073984 166aa 42% 52%
ゴリラ、ゴリラ、ゴリラ ゴリラ 8.8 XP_004028035 167aa 99% 98%
イエネコ 猫 94.2 XP_003999284 166aa 92% 92%
プテロプス・アレクト クロオオコウモリ 94.2 XP_006907838 167aa 89% 90%
オドベヌス・ロスマルス・ディバーゲンス 太平洋セイウチ 94.2 XP_004398165 166aa 88% 89%
セイウチ ナミオオアルマジロ 104.2 XP_004461936 165aa 87% 88%
アメリカナキウサギ アメリカナキウサギ 92.3 XP_004598689 165aa 86% 89%
ハツカネズミ マウス 92.3 Q8CAA5 168aa 85% 87%
ミシシッピワニ アメリカワニ 296 XP_006276882 161aa 66% 74%
ペロディスクス・シネンシス チャイニーズスッポン 296 XP_004461936 164aa 64% 73%
ニワトリ ニワトリ 296 XP_001234382 159aa 61% 67%
オフィオファーガス・ハンナ キングコブラ 296 ETE64717 166aa 53% 65%
ゼブラフィッシュ ゼブラフィッシュ 400.1 XP_002660900 150aa 50% 63%
キフォフォラス・マキュラタス ミナミプラティ 400.1 XP_005800930 163aa 48% 60%
メダカ メダカ 400.1 XP_004067975 163aa 46% 60%

パラログ

FAM163Aには、染色体9q34.2に位置するFAM163Bという1つのパラログしかありません。2つのタンパク質を比較すると、シグナルペプチド配列が同一であることがわかります。SDSCのBiology WorkbenchのCLUSTALWプログラムを使用することで、配列の同一性を視覚化することができました。[15]

組織分布

FAM163Aは、体のほとんどの組織で非常に低いレベルで普遍的に発現しています。発現は若年者で高く、また以前に観察されたように、慢性喫煙者の肺や神経芽腫細胞でも高くなっています。[16]

参考文献

  1. ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000015484 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  3. ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  4. ^ "FAM163a 遺伝子". GeneCards . ワイツマン科学研究所. 2014年5月16日閲覧。
  5. ^ abc Vasudevan SA, Shang X, Shang X, Chang S, Ge N, Diaz-Miron JL, Russell HV, Hicks MJ, Ludwig AD, Wesson CL, Burlingame SM, Kim ES, Khan J, Yang J, Nuchtern JG (2009). 「神経芽腫由来分泌タンパク質は神経芽腫で過剰発現する新規分泌因子である」. Mol. Cancer Ther . 8 (8): 2478–89 . doi :10.1158/1535-7163.MCT-08-1132. PMC 3618953. PMID  19671756 . 
  6. ^ ab Vasudevan SA, Russell HV, Okcu MF, Burlingame SM, Liu ZJ, Yang J, Nuchtern JG (2007). 「神経芽腫由来分泌タンパク質メッセンジャーRNAレベルは高リスク神経芽腫と相関する」. J. Pediatr. Surg . 42 (1): 148– 52. doi :10.1016/j.jpedsurg.2006.09.064. PMID  17208556.
  7. ^ タバコ・遺伝学コンソーシアム (2010). 「ゲノムワイドメタアナリシスにより喫煙行動に関連する複数の遺伝子座が特定される」Nat. Genet . 42 (5): 441–7 . doi :10.1038/ng.571. PMC 2914600. PMID 20418890  . 
  8. ^ 「NCBI Gene」 . 2014年5月16日閲覧。
  9. ^ 「NCBI AceView」. NCBI .
  10. ^ "Gene: FAM163A". Ensembl Genome Browser . ウェルカム・トラスト・ゲノム・キャンパス. 2014年5月17日閲覧。
  11. ^ 「AceView: FAM163A」。NCBIのAceView。
  12. ^ "ExPASy: pI/Mw". ExPASy . CBS.
  13. ^ "ExPASy: PSORTII". ExPASy . CBS.
  14. ^ "NCBI BLAST". NCBI . 2014年5月17日閲覧。
  15. ^ "CLUSTALW". SDSC Biology Workbench . カリフォルニア大学サンディエゴ校. 2014年5月17日閲覧。
  16. ^ Barrett T, Troup DB, Wilhite SE, Ledoux P, Rudnev D, Evangelista C, Kim IF, Soboleva A, Tomashevsky M, Edgar R (2007年1月). 「NCBI GEO：数千万件の発現プロファイルのマイニング - データベースとツールのアップデート」Nucleic Acids Res . 35 (データベース号): D760–5. doi :10.1093/nar/gkl887. PMC 1669752. PMID  17099226 . 

さらに読む

  • 丸山 憲治, 菅野 誠 (1994). 「オリゴキャッピング：真核生物mRNAのキャップ構造をオリゴリボヌクレオチドで置換する簡便法」.遺伝子. 138 ( 1–2 ): 171–4 . doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
  • Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). 「in vitro部位特異的組換えを用いたDNAクローニング」Genome Res . 10 (11): 1788–95 . doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948.  PMID 11076863  .
  • Lehner B, Sanderson CM (2004). 「ヒトmRNA分解におけるタンパク質相互作用フレームワーク」Genome Res . 14 (7): 1315–23 . doi :10.1101/gr.2122004. PMC 442147.  PMID 15231747  .
  • Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). 「LIFEdbデータベース 2006」Nucleic Acids Res 34 (データベース号): D415–8. doi :10.1093/nar/gkj139. PMC  1347501. PMID  16381901 .

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