フィオナ・ブリンクマン
2013年のブリンクマン

フィオナ・ブリンクマン（旧姓ローソン）は、カナダ、ブリティッシュコロンビア州サイモンフレーザー大学分子生物学・生化学科のバイオインフォマティクスおよびゲノミクス教授であり、微生物バイオインフォマティクス分野のリーダーです。彼女は「感染症の制御とマイクロバイオームの保全のための、より持続可能で包括的なアプローチ」の開発に関心を持っています。[ 1 ]

教育

ブリンクマンは1990年にウォータールー大学で生化学の理学士号を取得し、1996年にオタワ大学でジョアン・ディロン博士の指導の下、博士号を取得しました。ブリティッシュコロンビア大学で、ロバート（ボブ）・ハンコック博士とアン・ローズ博士の指導の下、2つのポスドク研究員を務めました。元々は微生物学者として研究していましたが、大学院およびポスドク研究を通してバイオインフォマティクスへの関心を深め、2001年にサイモンフレーザー大学で病原体／微生物バイオインフォマティクスに特化した自身のグループを設立し、この2つの分野を融合させました。

研究

ブリンクマンの現在の研究対象は、微生物の進化の理解を深め、微生物の分析と感染症の新しいワクチン、薬、診断法の開発に役立つ計算手法を改善することに集中しています。彼女の手法は、ますます環境アプリケーションに応用されています。彼女は、計算によるタンパク質の細胞内局在予測に現在利用可能な最も正確な方法であるPSORTb [ 2 ] [ 3 ]の開発で知られており、細胞内局在分析において一般的なハイスループットの実験室方法の精度を超えた最初の計算手法です[ 4 ] [ 5 ]この手法は、細菌細胞内の細胞表面タンパク質と分泌タンパク質を予測するのに役立ちます。これらは適切な薬剤ターゲット、ワクチン成分、または診断薬になる可能性があります。彼女はまた、ゲノムアイランド（IslandViewer）とオーソログ（OrtholugeDB ）のより正確な識別に役立つバイオインフォマティクス手法も開発しました。彼女の研究は、病原体の進化と、遺伝子の水平伝播とゲノムアイランドが果たす役割への新しい洞察をもたらしました。[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]彼女は、病原性因子（病原体の疾患原因遺伝子）がゲノムアイランドと不釣り合いに関連しているという逸話的な仮説を確認した。[ 9 ]彼女は、感染症の発生調査（「ゲノム疫学」）を支援するために全ゲノム配列解析を使用した最初の研究者の一人であり、ゲノム配列データをソーシャルネットワーク分析と統合した。[ 10 ]彼女は Pseudomonas ゲノムプロジェクト[ 11 ] [ 12 ]に関与しており、継続的に更新されているPseudomonas種のゲノムデータと関連注釈のデータベースであるPseudomonas ゲノムデータベースのコーディネーターである。彼女はまた、免疫疾患やヒトおよび他の動物の感染に対する免疫応答のよりシステムベースの分析を支援するデータベース（InnateDB および Allergy and Asthma Portal）を開発しており、これらのデータベースは新しい免疫調節治療薬の特定に役立っている。[ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]彼女は、より総合的で持続可能な感染症の制御とマイクロバイオームの保全のためのアプローチの開発への幅広い関心の一環として、彼女の手法を環境への応用にますます興味を持っています。抗菌薬耐性の選択を減らし、病原体とその起源の追跡を改善し、マイクロバイオームの形成における社会の変化と環境の重要な役割をより適切に考慮できるアプローチを開発しています。[ 16 ] [ 17 ] [ 8 ] [ 10 ]

受賞歴

プロフェッショナルなサービス

ブリンクマンは長年にわたりバイオインフォマティクスのトレーニング、生物学/バイオインフォマティクスデータのキュレーションの改善、効果的なバイオインフォマティクスデータ標準とデータベースの開発に関心を抱いており[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ] [ 35 ] [ 36 ] 、これにはPseudomonas aeruginosa Community Annotation Project [ 37 ]とPseudomonas Genome Databaseが含まれます。

彼女は欧州ヌクレオチドアーカイブ（EMBL-EBI）の科学諮問委員会の委員長を務めており、ゲノムカナダ理事会[ 38 ]やREACTOMEの科学諮問委員会など、いくつかの委員会の委員も務めています。また、統合迅速感染症解析（IRIDA）プロジェクトおよびコンソーシアム[ 39 ]の共同リーダーでもあり、ゲノム疫学オントロジー（GenEpiO）コンソーシアム[ 40 ]と食品オントロジー（FoodOn）[ 41 ]グループの創設メンバーでもあります。

バンクーバーの学術コミュニティにおいて、ブリンクマン氏は現在、サイモンフレーザー大学、ブリティッシュコロンビア大学、BCがん対策庁が運営するバイオインフォマティクス大学院研修プログラムの共同ディレクターを務め、またカナダ微生物学会におけるSFU代表も務めています。また、カナダバイオインフォマティクスワークショップのコアファカルティメンバーでもあります。

彼女の研究室の著名な卒業生には、ジェニファー・ガーディなどがいます。

個人経歴

スコットランド人の両親の娘であるブリンクマンは、 1967年にオーストラリアのメルボルンで生まれました。幼少期にカナダに移住し、主にオンタリオ州ミシサガで育ちました。現在はコキットラムに息子と娘を含む家族と 暮らしています。

参照

参考文献

  1. ^ 「フィオナ・ブリンクマン研究所 - 微生物を愛するバイオインフォマティクスとゲノミクスの研究室。持続可能な方法で感染症のより良い制御を目指す」 Brinkman.mbb.sfu.ca . 2017年11月2日閲覧。
  2. ^ Gardy, JL, C. Spencer, et al. (2003). PSORT-B: グラム陰性細菌におけるタンパク質細胞内局在予測の改善. Nucleic Acids Res 31:3613-7.
  3. ^ Gardy, JL, M. Laird, F. Chen, S. Rey, CJ Walsh, GE Tusnády, M. Ester, FSL Brinkman (2005). PSORTb v.2.0: 細菌タンパク質の細胞内局在予測の拡張と、比較プロテオーム解析から得られた知見. バイオインフォマティクス. 21:617-623.
  4. ^ Gardy, JL, FSL Brinkman (2006). 細菌タンパク質の細胞内局在を予測する方法. Nature Reviews Microbiology 4:741-751.
  5. ^ Rey, S., JL Gardy, FSL Brinkman (2005). 細菌におけるタンパク質の細胞内局在をゲノムワイドに同定するためのハイスループット計算および実験アプローチの精度評価. BMC Genomics 6:162
  6. ^ Hsiao, WWL, K. Ung, D. Aeschliman, J. Bryan, BB Finlay, FSL Brinkman (2005). 原核生物ゲノムアイランドに関連する大規模な新規遺伝子プールの証拠. PLoS Genetics 1:e62.
  7. ^ Brinkman FSL, Blanchard JL, Cherkasov A., Greberg H., Av-Gay Y., Brunham RC, Fernandez RC, Finlay BB, Otto SP, Ouellette BFF, Keeling PJ, Rose AM, Hancock REW, Jones SJ (2002). クラミジア属細菌における植物様遺伝子は、クラミジア科、シアノバクテリア、そして葉緑体との祖先関係を反映しているという証拠. Genome Research. 12:1159-1167.
  8. ^ a b Gill, E., FSL Brinkman (2011). 古細菌病原体の相対的欠如：ファージが鍵を握るのか？ BioEssays 33:248-254.
  9. ^ Ho Sui, SJ, Fedynak, A., Langille, MGI, Hsiao, WW, および FSL Brinkman (2009). 病原性因子とゲノムアイランドの関連性. PLoS ONE 4:e8094.
  10. ^ a b Gardy, JL*, JC Johnston*, SJ Ho Sui*, SJ Jones, VJ Cook, L. Shah, E. Brodkin, S. Rempel, M. Lem, MK Sharma, K. Elwood, FSL Brinkman, RC Brunham, P. Tang (2011). 結核アウトブレイクのゲノム疫学：全ゲノムシーケンシングとソーシャルネットワーク解析による感染伝播のダイナミクスの解明（*各著者の貢献は同等）The New England Journal of Medicine 364:730-739.
  11. ^ Brinkman, FSL, CK Stover, REW Hancock (2000). シーケンシングソリューション：インターネット上で組織されたボランティアアノテーターを活用する. Nature.406:933.
  12. ^ Stover, KC, XQ Pham, AL Erwin, SD Mizoguchi, P. Warrener, MJ Hickey, FSL Brinkman, WO Hufnagle, DJ Kowalik, M. Lagrou, RL Garber, L. Goltry, E. Tolentino, S. Westbrock-Wadman, Y. Yuan, LL Brody, SN Coulter, KR Folger, A. Kas, K. Larbig, R. Lim, K. Smith, D. Spencer, GK-S. Wong, Z. Wu, I. Paulsen, J. Reizer, MH Saier, REW Hancock, S. Lory, MV Olson (2000). 日和見病原菌である緑膿菌PAO1の完全ゲノム配列．Nature. 406: 959-964.
  13. ^ Achtman, AHS Pilat, CW Law, DJ Lynn, L. Janot, M. Mayer, S. Ma, J. Kindrachuk, BB Finlay, FSL Brinkman, GK Smyth, REW Hancock, L. Schofield (2012). 重症マラリアの前臨床モデルにおける自然防御制御ペプチドによる効果的な補助療法. Science Translational Medicine 4:135ra64.
  14. ^牛ゲノム配列解析コンソーシアム、CG Elsik、RL Tellam、KC Worley (2009). 「タウリン牛のゲノム配列：反芻動物の生物学と進化への窓」Science. 24:522-528.
  15. ^ Lynn, DJ, GL Winsor, C. Chan, N. Richard, MR Laird, A. Barsky, JL Gardy, FM Roche, THW Chan, N. Shah, R. Lo, M. Naseer, J. Que, M. Yau, M. Acab, D. Tulpan, M. Whiteside, A. Chikatamarla, B. Mah, TM Munzner, K. Hokamp, REW Hancock, FSL Brinkman (2008). 哺乳類の自然免疫応答のシステムレベル解析の促進. 分子システム生物学. 4:218.
  16. ^ O'Doherty KC, Neufeld JD, Brinkman FSL, Gardner H, Guttman DS, Beiko RG (2014), Opinion: Conservation and stewardship of the human microbiome. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 111:14312-14313.
  17. ^ Ho Sui, SJ, R. Lo, AR Fernandes, MDG Caulfield, JA Lerman, L. Xie, PE Bourne, DL Baillie and FSL Brinkman (2012). エストロゲン受容体モジュレーターであるラロキシフェンは緑膿菌の毒性を減弱させる. International Journal of Antimicrobial Agents 2012 40:246-251.
  18. ^ 「SFUの教員5名がカナダ王立協会フェローシップおよびカレッジに選出 - SFUニュース - サイモンフレーザー大学」www.sfu.ca。2018年11月29日閲覧。
  19. ^ 「トムソン・ロイター、2014年世界で最も影響力のある科学者を発表」トムソン・ロイター。 2015年3月27日時点のオリジナルよりアーカイブ。
  20. ^ 「HCR Clarivate Analytics」Highlycited.com . 2017年11月2日閲覧。
  21. ^ 「HCR Clarivate Analytics」 . Thomsonreuters.com . 2017年11月2日閲覧。
  22. ^ 「カナダで最も影響力のある女性：トップ100」。Wxnetwork.com。WXN - Women's Executive Network。2018年2月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年11月2日閲覧。
  23. ^ 「カナダ微生物学会 - 過去の受賞者」Csm-scm.org . 2017年11月2日閲覧。
  24. ^ a b「フィオナ・SL・ブリンクマン - マイケル・スミス健康研究財団」 Msfhr.org 、 2012年12月18日。 2017年11月2日閲覧。
  25. ^ 「病原体バイオインフォマティクスと微生物の毒性の進化 - マイケル・スミス健康研究財団」 Msfhr.org 2007年1月2日 . 2017年11月2日閲覧。
  26. ^ 「連邦政府の資金援助によりSFUの健康関連研究が強化 - Canadian University Press Releases」 Canadian-universities.net 。2017年11月2日閲覧。
  27. ^ 「Canadian Who's Who」 . Canadian Who's Who . 2017年11月2日閲覧。
  28. ^ 「カナダのトップ40アンダー40賞プログラム - Caldwell Partners」Caldwellpartners.com . 2017年11月2日閲覧。
  29. ^ Sloot, Corrie (2003年11月7日). 「Annex Business Media - Canada - Publishing - Printing - Magazine - B2B」 . Labcanada.com . 2017年11月2日閲覧。
  30. ^ 「2002年 35歳以下の若手イノベーター：フィオナ・ブリンクマン（34歳）」テクノロジーレビュー、2002年。 2011年8月14日閲覧。
  31. ^ Brinkman, FSL, CK Stover, REW Hancock (2000). シーケンシングソリューション：インターネット上で組織されたボランティアアノテーターを活用する. Nature. 406:933.
  32. ^ Winsor, G., R. Lo, SJ Ho Sui, KSE Ung, S. Huang, D. Cheng, W.-K. Ho Ching, REW Hancock, FSL Brinkman (2005). Pseudomonas aeruginosaゲノムデータベースとPseudoCAP：コミュニティベースの継続的更新ゲノムアノテーションの促進. Nucleic Acids Research. 33:D338-343.
  33. ^ Lynn, DJ, C. Chan, M. Naseer, M. Yau, R. Lo, A. Sribnaia, G. Ring, J. Que, K. Wee, GL Winsor, MR Laird, K. Breuer, AK Foroushani, FSL Brinkman, REW Hancock (2010). Curating the Innate Immunity Interactome. BMC Systems Biology 4:117.
  34. ^オーチャード、S.、ケリアン、S.、アッバーニ、S.、アランダ、B.、バーテ、J.、ビッドウェル、S.、ブリッジ、A.、ブリガンティ、L.、ブリンクマン、FSL、チェザレニ、G.、チャトル・アリヤモントリ、A.、ショータール、E.、チェン、C.、デュムソー、M.、アイゼンバーグ、D.、ゴル、J.、 Hancock、REW、Hannick、LI、Jurisica、I.、Khadake、J.、Lynn、DJ、Mahadevan、U.、Perfetto、L.、Raghunath、A.、Richard-Blum、S.、Roechert、B.、Salwinski、L.、Stümpflen、V.、Tyers、M.、Uetz、P.、Xenarios、I.、Hermjakob、 H. (2012)。タンパク質相互作用データキュレーション - 国際分子交換コンソーシアム（IMEx）. Nature Methods 9:345-350.
  35. ^ B. アランダ、H. ブランケンブルク、S. ケリアン、FSL ブリンクマン、A. セオル、E. ショータール、JM ダナ、J. デ ラス リバス、M. デュムソー、E. ガレオタ、A. ゴールトン、J. ゴル、REW ハンコック、R. イッサーリン、RC ヒメネス、J.. カーセメーカーズ、J. カダケ、DJ リン、M.ミショー、G. オケリー、K. オノ、S. オーチャード、C. プリエト、S. ラジック、O. リジーナ、L. サルウィンスキー、M. シモノビッチ、S. ヴェランカール、A. ウィンター、G. ウー、GD バーダー、G. チェザレニ、IM ドナルドソン、D. アイゼンバーグ、G.タイヤーズ、M. アルブレヒト、H. Hermjakob (2011). PSICQUICとPSISCORE – 分子相互作用へのアクセスとスコアリング. Nature Methods. 8:528-529.
  36. ^ Breuer, K., Foroushani, A, Laird, MR, Chen, C., Sribnaia, A., Lo, R., Winsor, GL, Hancock, REW, Brinkman, FSL, Lynn, D. (2013) InnateDB: 自然免疫のシステム生物学とその先へ - 最新情報と継続的なキュレーション. Nucleic Acids Research. (データベース号) 41: D1228-D1233.
  37. ^ 「Pseudomonasコミュニティアノテーションプロジェクト」 www.pseudomonas.com . 2018年11月29日閲覧。
  38. ^ 「Fiona Brinkman | Genome Canada」www.genomecanada.ca . 2018年11月29日閲覧。
  39. ^ 「IRIDA – 統合迅速感染症分析プロジェクト」 www.irida.ca . 2018年11月29日閲覧。
  40. ^ 「ゲノム疫学オントロジー」。ゲノム疫学オントロジー。2018年11月29日閲覧。
  41. ^ 「FoodOn by FoodOntology」 . foodontology.github.io . 2018年11月29日閲覧。

「 https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Fiona_Brinkman&oldid=1308175792」より取得