
1649年から1660年の空位期間には、連邦の船舶にさまざまな旗が掲げられていた。
海上では王党派の船舶は1606年のユニオンジャックを掲げ続けたが、1649年2月22日、国務会議は議会海軍に対し、「国家に奉仕する海上の船舶は、白旗に赤十字(すなわちイングランド国旗)のみを掲げるものとする」という命令(2月23日にオリバー・クロムウェルが署名)を発することを決定した。1649年3月5日、国務会議はさらに「提督、副提督、および元帥が掲げる旗は、現在提示されている旗、すなわち赤旗に2つの紋章をそれぞれ入れた紋章旗(コンパートメント)とする」ことを命じた。 [2] この記述に従った海軍旗の現存する唯一の例は、グリニッジの国立海洋博物館に保管されているが、他のものはチャールズ2世の王政復古時 に連邦のシンボルが破壊された際に消失した。[ 3 ]スコットランドは1654年に正式にイングランドと統合されました。ペラン(1922)によると、スコットランドの十字形は1658年まで連邦の海軍旗に再び現れませんでした。[ 4 ]
1658年、護国卿クロムウェルの個人旗は「陛下艦隊の将軍の旗」となり、十字とハープの旗は「護国卿旗」に置き換えられた。これは王室のユニオンフラッグに中央にアイリッシュ・ハープが追加された旗である。[ 5 ]