| フラボバクテリア目 | |
|---|---|
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| ベルゲイエラ・ズーヘルカム | |
科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| 王国： | シュードモナダティ |
| 門: | バクテロイデス類 |
| クラス： | フラボバクテリア |
| 注文： | フラボバクテリアレス・ ベルナルデット 2012 [1] |
| 家族[2] | |
フラボバクテリア目は 環境細菌のいくつかの科から構成されています。[3]
比較ゲノミクスと分子シグネチャー
フラボバクテリア目はバクテロイデス門の一つの目である。[2]比較ゲノム研究により、いくつかの保存されたインデルと、配列決定された異なるフラボバクテリア目およびバクテロイデス属の種に独自に共有される27のタンパク質が特定され、この推論を裏付けている。[4] [5]さらに、これらの研究により、フラボバクテリア目に属する種に特有と思われる38のタンパク質も特定されている。[5]これらのタンパク質のうち、26は配列決定された種全てに存在し、残りの12は1つか2つの種にのみ存在していた。これらのシグネチャータンパク質は、この目の分子マーカーとなる可能性がある。フラボバクテリア目とバクテロイデス目に固有のタンパク質もいくつか特定されており、この2つの目の種が他のバクテロイデス門とは異なる共通の祖先を共有していたことを示している。[5]
系統発生
系統発生[6]は、生きている生物のグループ間の関係と進化の歴史を表現する研究です。系統発生と密接に関連し、現在受け入れられている分類法は、命名法における原核生物名のリストに基づいています。これは、生物の命名と分類です。[2]植物遺伝学では、数学モデルを介した実験の膨大なデータセットが必要です。[6] 21種類の細菌株間の系統関係をツリーのようなデザインで作成するには、キムラの2パラメータモデルを使用した分子進化遺伝学解析を使用できます。[7]これは、フラボバクテリア目の魚病原菌間の植物遺伝学的関係を解析するのに役立ちます。[7]これにより、細菌の種が近いかどうかがわかります。[7]
| 全ゲノムに基づく系統発生[8] [a] | 16S rRNAベースのLTP _12_2021 [9] [10] [11] | ゲノム分類データベースによるGTDB 07-RS207 [12] [13] [14] |
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参照
注記
- ^ Blattabacteriaceaeはこの系統樹には含まれません。
参考文献
- ^ Bernardet JF. (2010). 「Order I. Flavobacteriales ord. nov.」 Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB (編). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . 第4巻（第2版）. ニューヨーク、ニューヨーク州: Springer. p. 105.
- ^ abc Euzéby JP, Parte AC. 「Flavobacteriales」.原核生物名一覧（LPSN） . 2021年6月29日閲覧。
- ^ Boone DR, Castenholz RW編 (2001). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . 第1巻（古細菌および深く分岐する光合成細菌）（第2版）. ニューヨーク：Springer-Verlag. pp. 465– 466.
- ^ Gupta RS (2004). 「 Fibrobacteres、Chlorobi、Bacteroidetesの系統発生とシグネチャー配列特性」Critical Reviews in Microbiology 30 ( 2): 123– 140. doi :10.1080/10408410490435133. PMID 15239383. S2CID 24565648.
- ^ abc Gupta RS, Lorenzini, E. (2007). 「バクテロイデス属およびクロロビ属に特異的な系統発生と分子シグネチャー（保存されたタンパク質とインデル）”. BMC Evolutionary Biology . 7 (1): 71. Bibcode :2007BMCEE...7...71G. doi : 10.1186/1471-2148-7-71 . PMC 1887533. PMID 17488508 .
- ^ ab 「主要グループの系統発生」、無脊椎動物関係、ケンブリッジ大学出版局、pp. 161– 162、1990年2月15日、doi :10.1017/cbo9780511623547.009、ISBN 978-0-521-33064-0、 2024年10月23日閲覧
- ^ abc Mun, S.; Lee, J.; Lee, S.; Han, K.; Ahn, TY (2013). 「多座配列解析を用いた淡水から分離されたフラボバクテリア群の系統発生」. Genomics & Informatics . 11 (4): 272– 276. doi :10.5808/GI.2013.11.4.272. PMC 3897856. PMID 24465240 .
- ^ García-López M, Meier-Kolthoff JP, Tindall BJ, Gronow S, Woyke T, Kyrpides NC, Hahnke RL, Göker M (2019). 「1,000種類のタイプ株ゲノムの解析によるバクテロイデス属細菌の分類精度の向上」Front Microbiol . 10 2083. doi : 10.3389/fmicb.2019.02083 . PMC 6767994. PMID 31608019 .
- ^ 「The LTP」 . 2021年2月23日閲覧。
- ^ 「LTP_all tree in newick format」 . 2021年2月23日閲覧。
- ^ 「LTP_12_2021 リリースノート」(PDF) . 2021年2月23日閲覧。
- ^ 「GTDBリリース07-RS207」ゲノム分類データベース。 2022年6月20日閲覧。
- ^ "ar53_r207.sp_label".ゲノム分類データベース. 2022年6月20日閲覧。
- ^ 「分類の歴史」ゲノム分類データベース. 2022年6月20日閲覧。
