遺伝子デザイナー

遺伝子デザイナー
Gene DesignerのSequence Viewでは、配列要素、コドンの選択、オリゴヌクレオチドの位置を操作できます。配列モチーフ、制限酵素部位、オープンリーディングフレームを迅速に検索できます。
開発者	アトゥム
初回リリース	2006年; 19年前 （2006年）
安定版リリース	2.01.191 / 2015年10月9日; 10年前 ( 2015年10月9日)
オペレーティング·システム	Windows、macOS、Linux
プラットフォーム	x86、x86-64
入手可能な	英語
タイプ	分子生物学ツールキット
ライセンス	フリーウェア、登録が必要
Webサイト	www.atum.bio/resources/tools/遺伝子デザイナー

Gene Designerは、バイオインフォマティクス用のコンピュータソフトウェアパッケージです。^{[1] [2]}大学、政府機関、製薬、化学、農業、バイオテクノロジー業界の分子生物学者が、遺伝子配列の設計、 ^[3]クローニング、検証に使用しています。これはプロプライエタリソフトウェアであり、登録制のフリーウェアとしてリリースされています。

特徴

Gene Designer を使用すると、分子生物学者はさまざまな設計ツールを使用して、1 つのアプリケーションで遺伝子設計プロセス全体を管理できます。

• インシリコ クローニング、コドン最適化、バックトランスレーション、プライマー設計のためのアルゴリズム
• グラフィカル分子ビューで構造を表示、注釈、編集
• 遺伝要素、遺伝子、構成を保存、管理、追跡するためのカスタマイズ可能なデータベース
• ドラッグ アンド ドロップインターフェースを使用して、コンストラクト内またはコンストラクト間で配列要素を移動します (特許取得済み機能)
• 配列モチーフ、制限部位、オープンリーディングフレームの検索機能
• 複数のアルゴリズムを使用して、あらゆる生物における組み換えタンパク質生産のためのコドン最適化
• 制限部位やその他の配列モチーフを削除または追加する
• オープンリーディングフレームを再コード化する
• 翻訳フレームと融合接合をチェックする
• プライマーを配列するためのオリゴヌクレオチドを設計します。リアルタイムの融点計算機が含まれています。
• ドラッグ＆ドロップ機能を備えたクローンツールで、挿入とベクターの切り取り、結合、クローン作成が可能

Gene Designerはドラッグ＆ドロップ機能でクローンを作成します。ベクターをドラッグしてクローニングツールに挿入し、切り取り、結合、クローンを作成できます。Gene Designerはクローンを作成し、それをプロジェクトに直接ドロップできます。

教育者と学生の使用

この無料ソフトウェアは、合成生物学、システム生物学、生物工学、バイオインフォマティクスの授業や実験カリキュラムに組み込まれています。学生は、様々な設計ツールを用いて、遺伝子設計プロセス全体を一つのアプリケーションで管理するプロジェクトを作成し、完了させます。

カリキュラムでの使用例:

• 合成フォトニクスコース；ユタ州立大学工学部^[4]
• Gene Designer 2.0を使用したラボプロジェクト^[5]
• システム生物学の授業概要^[6]
• 合成生物学の授業概要^[7]
• 学生プロジェクト^[8]

参照

• バイオインフォマティクス
• 計算生物学
• 遺伝子合成
• ベクター（分子生物学）、ベクターDNA、クローニングベクター、発現ベクター
• 制限地図
• 分子クローニング
• オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアのリスト

参考文献

1. Villalobos, Alan; Ness, Jon E; Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar (2006). 「Gene Designer：人工DNAセグメント構築のための合成生物学ツール」BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC  1523223 . PMID  16756672.
2. Villalobos, Alan; Welch, Mark; Minshull, Jeremy (2012). 「In Silico Design of Functional DNA Constructs」. Peccoud, Jean (ed.). Gene Synthesis: Methods and Protocols . Methods in Molecular Biology. Vol. 852. pp.  197– 213. doi :10.1007/978-1-61779-564-0_15. ISBN 978-1-61779-563-3. PMID  22328435。
3. Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). 「タンパク質発現を成功させるための遺伝子設計」. Voigt, Christopher (編).合成生物学 パートB：コンピュータ支援設計とDNAアセンブリ. Methods in Enzymology. 第498巻. pp.  43– 66. doi :10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6. ISBN 9780123851208. PMID  21601673。
4. [1]
5. [2]
6. [3]
7. [4]
8. [5]

• 米国特許第7,805,252号。ポリヌクレオチドの設計および順序付けのためのシステムおよび方法。Gustafsson、Govindarajan、Ness、Villalobos、およびMinshull。

外部リンク

• 公式サイト