HIVツールボックス

HIVToolboxは、科学者が新しい仮説を特定して開発し、実験の解釈を容易にするインターネットアプリケーションであり、科学者がエイズを引き起こすウイルスであるHIVをより深く理解し、新しい潜在的な薬剤ターゲットを特定することを支援することを目的としています。^[¹^]

HIVに関する情報には、ドメインと呼ばれるHIVタンパク質のさまざまな部分が含まれます。ミニモチーフと呼ばれるタンパク質の小さな領域も、HIVタンパク質に存在します。これらのミニモチーフは短い線状モチーフとも呼ばれ、HIVタンパク質のさまざまな分子機能をコード化します。^{[ 2 ]} HIVtoolboxはMySQLデータベースで実行されるインターネットアプリケーションで、さまざまな分離株から得られたタンパク質配列、タンパク質構造、タンパク質ドメイン、タンパク質間相互作用、タンパク質の機能要素、 Minimotif Minerデータベースの既知および予測されたミニモチーフに関するHIVデータを統合するように設計されています。^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}触媒、二量体化などの分子機能に関与する他のアミノ酸も含まれています。プログラムのデータベースには、すべてのHIVタンパク質について計算されたアミノ酸の保存性も含まれています。これは、ウイルスの変化しない領域（したがって重要な領域を表すと考えられる領域）を特定するのに役立ちます。 HIVToolbox の 2 番目のリリースである HIVToolbox2 には、さまざまな HIV 薬が結合するタンパク質上の位置と、HIV で発生してウイルスに薬への耐性を与える突然変異との空間的関係に関する情報も含まれています。

参考文献

^ Sargeant, David; Deverasetty, Sandeep; Luo, Yang; Baleta, Angel V.; Zobrist, Stephanie R.; Rathnayake, Viraj; Tusso, Jacqueline C.; Vyas, Jay; Muesing, Mark A.; Schiller, Martin R. (2011). 「HIVToolbox, an integration web application for studies HIV」 . PLOS ONE . 6 (5) e20122. Bibcode : 2011PLoSO...620122S . doi : 10.1371/journal.pone.0020122 . PMC 3102074. PMID 21647445 .
^ Kadaveru, Krishna; Vyas, Jay; Schiller, Martin R. (2008). 「ウイルス感染とヒト疾患 - ミニモチーフからの洞察」 . Frontiers in Bioscience . 13 (13): 6455–71 . doi : 10.2741/3166 . PMC 2628544. PMID 18508672 .
^ラジャセカラン、サングテヴァール;バラ、スダ。グレイディ、パトリック。グリク、マイケル R.カダヴェル、クリシュナ。クンデティ、ヴァムシ。マチェイェウスキー、マーク W.ミ、ティアン。ルビーノ、ニコラス (2009)。「Minimotif miner 第 2 弾リリース: モチーフ検索のためのデータベースおよび Web システム」核酸研究。37 (データベースの問題): D185–90。土井：10.1093/nar/gkn865。PMC 2686579。PMID 18978024。
^ Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H; Mohler, William A; Maciejewski, Mark W; Gryk, Michael R; Piccirillo, Bryan; Schiller, Stanley R; Schiller, Martin R (2006). 「Minimotif Miner：タンパク質機能の調査ツール」Nature Methods . 3 (3): 175– 177. doi : 10.1038/nmeth856 . PMID 16489333 . S2CID 15571142 .

[1] Sargeant, David; Deverasetty, Sandeep; Luo, Yang; Baleta, Angel V.; Zobrist, Stephanie R.; Rathnayake, Viraj; Tusso, Jacqueline C.; Vyas, Jay; Muesing, Mark A.; Schiller, Martin R. (2011). 「HIVToolbox, an integration web application for studies HIV」 . PLOS ONE . 6 (5) e20122. Bibcode : 2011PLoSO...620122S . doi : 10.1371/journal.pone.0020122 . PMC 3102074. PMID 21647445 .

[2] Kadaveru, Krishna; Vyas, Jay; Schiller, Martin R. (2008). 「ウイルス感染とヒト疾患 - ミニモチーフからの洞察」 . Frontiers in Bioscience . 13 (13): 6455–71 . doi : 10.2741/3166 . PMC 2628544. PMID 18508672 .

[3] ラジャセカラン、サングテヴァール;バラ、スダ。グレイディ、パトリック。グリク、マイケル R.カダヴェル、クリシュナ。クンデティ、ヴァムシ。マチェイェウスキー、マーク W.ミ、ティアン。ルビーノ、ニコラス (2009)。「Minimotif miner 第 2 弾リリース: モチーフ検索のためのデータベースおよび Web システム」核酸研究。37 (データベースの問題): D185–90。土井：10.1093/nar/gkn865。PMC 2686579。PMID 18978024。

[4] Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H; Mohler, William A; Maciejewski, Mark W; Gryk, Michael R; Piccirillo, Bryan; Schiller, Stanley R; Schiller, Martin R (2006). 「Minimotif Miner：タンパク質機能の調査ツール」Nature Methods . 3 (3): 175– 177. doi : 10.1038/nmeth856 . PMID 16489333 . S2CID 15571142 .

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