放線菌門

放線菌門
放線菌類
放線菌類の走査型電子顕微鏡写真
科学的分類	細菌
細菌	バチラティ
バチラティ	門
分類属
放線菌 放線菌
ハルツ 1877（承認リスト 1980）
アシディミクロビウム 放線菌 放線菌 コリオバクテリア コリオバクテリア 「地熱菌類」 ニトリリルプトリア ルブロバクテリア ルブロバクテリア 好熱性昆虫
好熱菌
シノニム 「放線菌類」オーレン他2015 「放線菌」グッドフェロー 2012 [ 4 「放線菌」マーギュリス 1974 「放線菌」Stackebrandt、Rainey、Ward-Rainey 1997 「放線菌類」ホイットマン

「放線菌」クラシルニコフ 1949

土壌における放線菌の役割は大きな関心を集めていますが、その詳細はまだ解明されていません。現在、放線菌は主に土壌細菌として認識されていますが、淡水域に多く生息している可能性があります。^{[ 7 ]}放線菌門は主要な細菌門の一つであり、最大の細菌属の一つであるストレプトマイセス属を含みます。^{[ 8 ]}ストレプトマイセス属をはじめとする放線菌門は、土壌の生物学的緩衝作用に大きく貢献しています。 ^{[ 9 ]}また、多くの抗生物質の原料でもあります。^{[ 10 ] [ 11 ]}

アクチノマイセトータ属ビフィドバクテリウムの細菌は、ヒト乳児のマイクロバイオームで最も一般的です。 ^{[ 12 ]}成人のビフィドバクテリウムの数は少ないですが、腸内ビフィドバクテリウムは粘膜バリアの維持と腸内のリポ多糖の減少に役立ちます。 ^{[ 13 ]}

最も大きく複雑な細菌細胞のいくつかは放線菌門に属していますが、海洋放線菌目は最も小さい自由生活原核細胞を持つと言われています。^{[ 14 ]}

シベリアや南極に生息する放線菌類の中には、約50万年前に永久凍土に凍結した地球最古の生物もいると言われている。^{[ 15 ] [ 16 ]}生命の兆候は、64万年前かそれより前の永久凍土サンプルからのCO2放出によって検出され_た。^{[ 17 ]}

一般

医学的または経済的に重要な放線菌のほとんどは、放線菌綱、放線菌目（Actinomycetales）に属します。これらの多くはヒトに病気を引き起こしますが、ストレプトマイセスは抗生物質の供給源として注目されています。^{[ 11 ]}

放線菌綱に属さない放線菌類の中で、ガードネレラは最も研究されている菌の一つです。ガードネレラの分類は議論の余地があり、MeSHではグラム陽性菌とグラム陰性菌の両方に分類されています。^{[ 18 ]}

放線菌類、特にストレプトマイセス属は、抗菌剤、 ^{[ 19 ]}抗真菌剤、^{[ 20 ]}抗ウイルス剤、抗血栓剤、免疫調節剤、抗腫瘍剤、酵素阻害剤など、医療の分野ではヒトに有用な多くの生理活性代謝物の産生菌として認識されています。また、農業の分野では、殺虫剤、除草剤、殺菌剤、植物や動物の成長促進物質などにも有用です。[ ^{21 ]放線}菌類由来の医療上重要な抗生物質には、アミノグリコシド、アントラサイクリン、クロラムフェニコール、マクロライド、テトラサイクリンなど があります。

放線菌類はDNA中にグアニンとシトシンを多く含んでいます。^{[ 22 ]}放線菌類のGC含量は70%にも達しますが、低いものもあります。^{[ 23 ]}

グルタミン合成酵素配列の解析は放線菌類の系統解析に利用できると提案されている。^{[ 24 ]}

系統発生

現在受け入れられている分類は、原核生物の命名法リスト（LPSN）^{[ 2 ]}と国立生物工学情報センター（NCBI）^{[ 3 ]に基づいています}

全ゲノムに基づく系統発生[ 25 ]	16S rRNAベースのLTP _10_2024 [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ]	120マーカータンパク質ベースのGTDB 09-RS220 [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ]
放線菌門 ルブロバクテリア 好熱性昆虫 コリオバクテリア アシディミクロビウム ニトリリルプトリア 放線菌	放線菌門 ビフィドバクテリア目 アシディミクロビウム ニトリリルプトリア ルブロバクテリア 好熱性昆虫 コリオバクテリア 放線菌	放線菌門 「地熱ミンコリア」Jiao et al. 2021年 「ヒューミミクロビア」Jiao et al. 2021年 「Aquicultoria」Jiao et al. 2021年 コリオバクテリア・ケーニヒ 2013 ルブロバクテリア・スズキ 2013 サーモレオフィリア鈴木とホイットマン 2013 アシディミクロビア・ノリス 2013 ニトリリルプトリア・ルートヴィッヒら。 2013年 放線菌サラムら 2020

参照

• 細菌属の一覧
• 細菌目一覧
• 細菌性膣炎の微生物叢のリスト
• アミコラトプシス・ナライケンシス

参考文献

1. Oren A, Garrity GM (2021). 「原核生物42門の名称の有効な公表」 . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID 239887308 
2. A.C. Parte; et al. 「放線菌類」 .原核生物名一覧（LPSN） . 2025年2月28日閲覧。
3. C.L. Schoch; et al. 「Actinomycetota」国立生物工学情報センター（NCBI）分類データベース. 2025年2月28日閲覧。
4. Goodfellow M (2012). 「Phylum XXVI. Actinobacteria phyl. nov.」 Goodfellow M, Kämpfer P, Trujillo ME, Suzuki K, Ludwig W, Whitman WB (編). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . 第5巻（第2版）. ニューヨーク：Springer. pp.  33– 34.
5. Gao B, Gupta RS (2012年3月). 「放線菌門の主要系統群の系統学的枠組みと分子シグネチャー」 . Microbiology and Molecular Biology Reviews . 76 (1): 66– 112. Bibcode : 2012MMBR...76 ... 66G . doi : 10.1128/MMBR.05011-11 . PMC 3294427. PMID 22390973 .  
6. Servin JA, Herbold CW, Skophammer RG, Lake JA (2008年1月). 「生命の樹の根源が放線菌から除外される証拠」 . Mol. Biol. Evol . 25 (1): 1– 4. doi : 10.1093/molbev/msm249 . PMID 18003601 . 
7. Ghai R, Rodriguez-Valera F, McMahon KD, Toyama D, Rinke R, Cristina Souza de Oliveira T, et al. (2011). Lopez-Garcia P (ed.). 「アマゾン川上流域の原生林における水柱のメタゲノミクス」 . PLOS ONE . 6 (8) e23785. Bibcode : 2011PLoSO...623785G . doi : 10.1371/journal.pone.0023785 . PMC 3158796. PMID 21915244 .  
8. Hogan CM (2010). 「バクテリア」 . Draggan S, Cleveland CJ (編). Encyclopedia of Earth . ワシントンD.C.: National Council for Science and the Environment. 2011年5月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。
9. Ningthoujam DS, Sanasam S, Tamreihao K, Nimaichand S (2009年11月). 「イネ真菌病原体に対する地域放線菌分離株の拮抗作用」. African Journal of Microbiology Research . 3 (11): 737– 742.
10. ドナルド, ラヴィニア; ピピテ, アタナス; スブラマニ, ラメシュ; オーウェン, ジェレミー; ケイザース, ​​ロバート A.; タウファ​​, タイトゥシ (2022). 「ストレプトマイセス：依然として新たな天然二次代謝物の最大の生産菌、現状の展望」 .微生物学研究. 13 (3): 418– 465. doi : 10.3390/microbiolres13030031 . ISSN 2036-7481 . 
11. プロコピオ、ルディ・エマーソン・デリマ;シルバ、イングリッド・レイス・ダ。マーティンズ、マイラ・カサワラ。アゼベド、ジョアン・ルシオ・デ;アラウージョ、ジャネット・マガリ・デ (2012)。「ストレプトマイセスによって生成される抗生物質」。ブラジル感染症ジャーナル。16 (5): 466–471。土井: 10.1016/j.bjid.2012.08.014。ISSN 1678-4391。PMID 22975171。  
12. トゥローニ F、ペアノ C、パス DA、フォローニ E、セヴェルニーニ M、クレッソン MJ、カー C、フーリハネ J、マレー D、フリニ F、グエイモンド M、マルゴレス A、デ ベリス G、オトゥール PW、ファン シンデレン D、マルケージ JR、ヴェントゥーラ M (2012-05-11)。「乳児の腸内細菌叢内のビフィズス菌の多様性」。プロスワン。7 (5) e36957。Bibcode : 2012PLoSO...736957T。土井：10.1371/journal.pone.0036957。PMC 3350489。PMID 22606315。  
13. Pinzone MR, Celesia BM, Di Rosa M, Cacopardo B, Nunnari G (2012). 「慢性肝疾患における微生物転座」 . International Journal of Microbiology . 2012 694629. doi : 10.1155/2012/694629 . PMC 3405644. PMID 22848224 .  
14. Ghai R, Mizuno CM, Picazo A, Camacho A, Rodriguez-Valera F (2013). 「メタゲノミクスにより、低GCおよび超小型海洋放線菌の新たなグループが発見される」 . Scientific Reports . 3 2471. Bibcode : 2013NatSR...3.2471G . doi : 10.1038/srep02471 . PMC 3747508. PMID 23959135 .  
15. サンプルI（2010年5月2日）「最古の生物：脆弱な未来を背負った古代の生存者」ガーディアン紙。2013年3月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。
16. ハンソン・J. 「世界最古の生物」。『It's Okay to be Smart』。2018年7月13日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2018年7月13日閲覧。
17. Johnson SS, Hebsgaard MB, Christensen TR, Mastepanov M, Nielsen R, Munch K, 他 (2007年9月). 「古代細菌はDNA修復の証拠を示している」 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 104 (36): 14401– 14405. Bibcode : 2007PNAS..10414401J . doi : 10.1073/pnas.0706787104 . PMC 1958816. PMID 17728401 .  
18. 米国国立医学図書館医学件名表（MeSH）のガードネレラ
19. Mahajan GB (2012). 「放線菌由来の抗菌剤 - レビュー」. Frontiers in Bioscience . 4 373: 240–53 . doi : 10.2741/e373 .
20. Gupte M, Kulkarni P, Ganguli BN (2002年1月). 「抗真菌性抗生物質」.応用微生物学・バイオテクノロジー. 58 (1): 46– 57. doi : 10.1007/s002530100822 . PMID 11831475. S2CID 8015426 .  
21. Bressan W (2003). 「放線菌を用いたトウモロコシ種子病原菌の生物学的防除」. Biocontrol . 48 (2): 233– 240. Bibcode : 2003BioCo..48..233B . doi : 10.1023/a:1022673226324 . S2CID 29320215 . 
22. Ventura M, Canchaya C, Tauch A, Chandra G, Fitzgerald GF, Chater KF, van Sinderen D (2007年9月). 「放線菌のゲノミクス：古代門の進化史の追跡」 . Microbiology and Molecular Biology Reviews . 71 (3): 495– 548. Bibcode : 2007MMBR...71..495V . doi : 10.1128 /MMBR.00005-07 . hdl : 11381/1721088 . PMC 2168647. PMID 17804669 .  
23. Ghai R, McMahon KD, Rodriguez-Valera F (2012年2月). 「パラダイムの打破：普遍的かつ豊富な淡水放線菌は低GC」. Environmental Microbiology Reports . 4 (1): 29– 35. Bibcode : 2012EnvMR...4...29G . doi : 10.1111/j.1758-2229.2011.00274.x . PMID 23757226 . 
24. Hayward D, van Helden PD, Wiid IJ (2009). 「マイコバクテリアにおけるグルタミン合成酵素配列の進化と放線菌種分化の分子マーカーとしての利用」 . BMC Evol. Biol . 9 : 48. doi : 10.1186/1471-2148-9-48 . PMC 2667176. PMID 19245690 .  
25. Nouioui I, Carro L, García-López M, Meier-Kolthoff JP, Woyke T, Kyrpides NC, Pukall R, Klenk HP, Goodfellow M, Markus Göker M (2018). 「放線菌門のゲノムに基づく分類」 . Front. Microbiol . 9 2007. doi : 10.3389 / fmicb.2018.02007 . PMC 6113628. PMID 30186281 .  
26. 「The LTP」 . 2024年12月10日閲覧。
27. 「LTP_all tr​​ee in newick format」 . 2024年12月10日閲覧。
28. 「LTP_10_2024 リリースノート」(PDF) . 2024年12月10日閲覧。
29. 「GTDBリリース09-RS220」ゲノム分類データベース。2024年5月10日閲覧。
30. "bac120_r220.sp_labels" .ゲノム分類データベース. 2024年5月10日閲覧。
31. 「分類の歴史」ゲノム分類データベース。2024年5月10日閲覧。

さらに読む

• バルツRH（2005）「放線菌からの抗生物質の発見：衰退と崩壊の後にルネサンスは訪れるか？」SIMニュース55：186-196
• Baltz RH (2007). 「放線菌由来の抗菌剤：未来への回帰」 Microbe . 2 ( 3): 125– 131. 2013年12月31日時点のオリジナルよりアーカイブ。
• Pandey B, Ghimire P, Agrawal VP (2004年1月12～15日).ネパール・クンブ地域から分離された放線菌の抗菌活性に関する研究(PDF) . 国際会議「グレート・ヒマラヤ：気候、健康、生態、管理、保全」カトマンズ.オリジナル(PDF)から2013年8月10日アーカイブ.

外部リンク

• 放線菌ゲノムデータベース