| ITK-SNAP | |
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ITK-SNAP | |
| 開発者 | Paul A. Yushkevich、Guido Gerig、および UPenn、UNC、ユタ州、Kitware の研究者 |
| 初回リリース | 2004 |
| 書かれた | C++ |
| プラットフォーム | クロスプラットフォーム |
| 入手可能な | 英語 |
| タイプ | 健康ソフトウェア |
| ライセンス | GNU一般公衆利用許諾契約書 |
| Webサイト | http://www.itksnap.org |
ITK-SNAPは、ユーザーが3次元医用画像を操作し、関心のある解剖学的領域を手動で描画し、画像を自動的にセグメンテーションできるインタラクティブなソフトウェアアプリケーションです。このソフトウェアは、臨床および基礎科学研究者を念頭に置いて設計されており、ユーザーフレンドリーなインターフェースと、機能の過剰使用を防ぐための限定的な機能セットの維持に重点が置かれています。ITK-SNAPは、磁気共鳴画像(MRI)、コーンビームコンピュータ断層撮影(CBCT)、コンピュータ断層撮影(CT)のデータセットを扱う際に最もよく使用されます。
特徴
このツールの目的は、研究者が画像データ内の解剖学的構造や関心領域を容易に描写できるようにすることです。機能は最小限に抑えられています。プログラムの主な機能は以下のとおりです。
- 画像ナビゲーション
- 画像ボリュームを貫く3つの直交断面が常に表示されます。これらの断面は共通のカーソルでリンクされており、1つの断面でカーソルを動かすと、他の断面も更新されます。カーソルは、マウスを切断面上でドラッグすることで移動し、スムーズなナビゲーションを実現します。リンクされたカーソルはITK-SNAPセッション間でも機能するため、マルチモダリティ画像データ(例えば、1回のセッションで同じ被験者の2つのMRIスキャン画像)をナビゲートできます。
- 手動セグメンテーション
- ITK-SNAPは、画像内の解剖学的構造を手動で描画するためのツールを提供します。3つの直交断面すべてにラベル付けが可能で、結果は3次元レンダリングとして視覚化できます。これにより、セグメンテーションが3D上で適切な形状を維持していることを容易に確認できます。
- 自動セグメンテーション
- ITK-SNAPは、レベルセット法を用いた自動機能セグメンテーションを提供します。これにより、医療画像においてある程度均質に見える構造を、人間の介入をほとんど必要とせずにセグメンテーションすることが可能になります。例えば、MRIにおける側脳室や、CTおよびMRIにおける一部の腫瘍を確実にセグメンテーションできます。
ITK-SNAPは、GNU General Public Licenseに基づいて配布されているオープンソースソフトウェアです。C ++で記述されており、 Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK) ライブラリを活用しています。ITK-SNAPは、DICOM、NIfTI、Mayo Analyzeなど、様々な医用画像フォーマットの読み書きが可能です。また、多成分画像(例:拡散テンソル画像)や多変量画像データも 限定的にサポートしています。
アプリケーション
ITK-SNAPは以下の分野に適用されています
- 拡散MRI分析[5]
- 出生前画像分析
- 二分脊椎の診断[7]
- 医療におけるバーチャルリアリティ[8]
- 矯正歯科[9]
- 脳形態計測
- 22q11.2欠失症候群における脳梁および脳室の解析[10]
- 神経変性疾患における海馬の大きさと形状の測定。[11] [12]
- ヒトの脳腫瘍(例:髄膜腫)[13]
参考文献
- ^ Kauke, Martin Kauke、Ali-Farid Safi (2019年1月). 「画像セグメンテーションに基づくボリューム近似 - 骨溶解性顎病変の臨床管理におけるボリューム要因」. Dentomaxillofacial Radiology . 48 (1) 20180113. doi :10.1259/dmfr.20180113. PMC 6398913. PMID 30216090 .
- ^ Kauke, Martin (2018年2月). 「角化囊胞性歯原性腫瘍と非腫瘍性顎囊胞の容積測定分析 ― 比較と臨床的意義」. Journal of Cranio-Maxillofacial Surgery . 46 (2): 257– 263. doi :10.1016/j.jcms.2017.11.012. PMID 29233700.
- ^ Safi, Ali-Farid (2018). 「容積測定はエナメル上皮腫の腫瘍悪性度を示す画像バイオマーカーとして役立つか?」口腔腫瘍学. 78 (2018年3月): 16– 24. doi :10.1016/j.oraloncology.2018.01.002. PMID 29496045.
- ^ Spangler, EL; Brown, C.; Roberts, JA; Chapman, BE (2007). 「InsightSNAPによる内頸動脈セグメンテーションの評価」. Pluim, Josien PW; Reinhardt, Joseph M. (編). Medical Imaging 2007: Image Processing . Vol. 6512. pp. 65123F. Bibcode :2007SPIE.6512E..3FS. doi :10.1117/12.709954. S2CID 43920829. 2007年11月8日閲覧.
{{cite book}}:|journal=無視されました (ヘルプ) [永久リンク切れ] - ^ Corouge, I.; Fletcher, T.; Joshi, S.; Gouttard, S.; Gerig, G. (2006年10月). 「定量的拡散テンソルMRI解析のための線維束指向統計」. Medical Image Analysis . 10 (5): 786– 798. CiteSeerX 10.1.1.101.8505 . doi :10.1016/j.media.2006.07.003. ISSN 1361-8415. PMID 16926104.
- ^ Xiao, Y.; Werner-wasik, M.; Curran, W.; Galvin, J. (2006). 「SU-EE-A2-03: 肺がん治療における標的定義のための自動セグメンテーションツールの評価」. Medical Physics . 33 (6): 1992. Bibcode :2006MedPh..33.1992X. doi :10.1118/1.2240194. 2013年2月23日時点のオリジナルよりアーカイブ。2007年11月8日閲覧。
- ^ ダダリオ、V.;ピント、V.ピントゥッチ、A.ディ・カーニョ、L. (2007)。 「OP13. 04: 二分脊椎の出生前診断における 6 つの超音波検査徴候の正確さ」。産婦人科における超音波。30 (4): 498.土井: 10.1002/uog.4534。
- ^ Rizzi, SH; Banerjee, PP; Luciano, CJ (2007). 「バーチャルリアリティと触覚シミュレーションのための医用画像からの3Dモデル抽出の自動化」. Automation Science and Engineering, 2007. CASE 2007. IEEE International Conference on . pp. 152– 157. doi :10.1109/COASE.2007.4341748.
- ^ Cavidanes, LH; Styner, M.; Proffit, WR (2006). 「3次元コーンビームCTモデルの画像解析と重ね合わせ」. American Journal of Orthodontics and Dentofacial Orthopedics . 129 (5): 611– 618. doi :10.1016/j.ajodo.2005.12.008. PMC 3586191. PMID 16679201 .
- ^ MacHado, AMC; Simon, TJ; Nguyen, V.; McDonald-mcginn, DM; Zackai, EH; Gee, JC (2007). 「染色体22q11.2欠失症候群における脳梁形態と脳室の大きさ」. Brain Research . 1131 (1): 197– 210. doi :10.1016/j.brainres.2006.10.082. PMC 1802103. PMID 17169351 .
- ^ Apostolova, LG; Thompson, PM (2007). 「神経変性研究のためのツールとしての脳マッピング」Neurotherapeutics . 4 (3): 387– 400. doi :10.1016/j.nurt.2007.05.009. PMC 2634605. PMID 17599704 .
- ^ Krishnan, S.; Slavin, MJ; Tran, TT; Doraiswamy, PM; Petrella, JR (2006). 「海馬の空間正規化の精度:記憶障害におけるfMRI研究への示唆」NeuroImage . 31 (2): 560– 571. doi :10.1016/j.neuroimage.2005.12.061. PMID 16513371. S2CID 5554390.
- ^ Kauke, Martin; Safi, Ali-Farid; Stavrinou, Pantelis; Krischek, Boris; Goldbrunner, Roland; Timmer, Marco (2019). 「髄膜腫の体積は、組織病理学的腫瘍グレードに関わらず、臨床病態の所見と相関するか?」 Journal of Craniofacial Surgery . 30 (8): e799 – e802 . doi :10.1097/SCS.0000000000005845. PMID 31633669. S2CID 204813108.
外部リンク
- ITK-SNAP のメイン Web サイト (ダウンロード、バグ、メーリング リスト)
- SourceForgeの ITK-SNAP