有益なサイト

倹約的情報サイトの例。サイト2と4は情報サイトであり、サイト1と3は2種類の非情報サイト（それぞれ不変サイトとシングルトンサイト）を表しています。サイト2は種Aと種Cのグループ分けを示し、サイト4は種Aと種Bのグループ分けを示しています。これら2つのサイトは矛盾しているため、これら4種の系統樹を解明するには、他の解析（最尤法など）が必要となります。

系統学において、情報サイトとは、系統樹構築における最適性基準として最大節約が用いられる場合に用いられる用語である。これは、そのサイトにおける形質状態の進化的変化の数が樹形のトポロジーに依存する形質を指す。^{[1]形質は、}形態学的情報（羽や触手の有無など）やDNA配列やタンパク質配列といった分子情報など、複数の種類のデータを取り得る。

情報部位とは、関連するアラインメントされた配列セットにおいて、少なくとも2つの異なる形質状態が存在し、かつそれらの状態がそれぞれ少なくとも2つの配列に出現する位置である。言い換えれば、それは完全に保存された（すなわち不変の）部位ではなく、また、1つの配列のみに差異がある（シングルトンの）部位（例えば、一塩基多型や一塩基変異体に見られるような）でもない。どちらの場合も、形質状態の変化の数はツリーのトポロジーに関わらず同じであり、それぞれ0と1である。^[1]

参考文献

1. Zvelebil, Marketa J. (2008). 『バイオインフォマティクスを理解する』 ニューヨーク: Garland Science. ISBN 978-0-8153-4024-9。