内部ループ

RNAにおけるインターナルループ（内部ループとも呼ばれる）は、ヌクレオチド間のワトソン・クリック・フランクリン塩基対形成が欠如しているため、二本鎖RNAが分離する部分に見られる。インターナルループはステムループとは異なり、二本鎖RNAの途中に発生する。非標準的な残基は、巻き戻し、積み重ねの解除、ねじれによって二重らせん構造を歪ませる。

内部ループは対称型と非対称型に分類され、非対称型の内部ループ（バルジとも呼ばれる）も存在します。多くの重要な構造モチーフは、Cループ、^{[ 1 ]} ドッキングエルボー、^{[ 2 ]} キンクターン（Kターン）、^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} 直角、^{[ 5 ]} サルシン/リシンループ（バルジGモチーフとも呼ばれる）、^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} ツイストアップモチーフ^{[ 9 ]} およびUAA/GAN内部ループモチーフ [ 10 ] などの内部ループで構成^{されています。}

参照

参考文献

^ Lescoute, A; Leontis, NB; Massire, C; Westhof, E (2005). 「反復構造RNAモチーフ、等量性マトリックス、および配列アライメント」 . Nucleic Acids Research . 33 (8): 2395– 409. doi : 10.1093/nar/gki535 . PMC 1087784. PMID 15860776 .
^ Lehmann, J; Jossinet, F; Gautheret, D (2013年5月1日). 「リボソーム内のtRNAの肘部、RNase P、およびTボックスリーダーをドッキングする普遍的なRNA構造モチーフ」 . Nucleic Acids Research . 41 (10): 5494–502 . doi : 10.1093/nar/ gkt219 . PMC 3664808. PMID 23580544 .
^ Klein, DJ (2001). 「キンクターン：新たなRNA二次構造モチーフ」 . The EMBO Journal . 20 (15): 4214– 4221. doi : 10.1093/ emboj /20.15.4214 . ISSN 1460-2075 . PMC 149158. PMID 11483524 .
^ Schroeder, KT; McPhee, SA; Ouellet, J; Lilley, DM (2010年8月). 「RNAにおけるkターンモチーフの構造データベース」 . RNA . 16 ( 8): 1463–8 . doi : 10.1261/rna.2207910 . PMC 2905746. PMID 20562215 .
^ Grabow, WW; Zhuang, Z; Swank, ZN; Shea, JE; Jaeger, L (2012年11月23日). 「直角（RA）モチーフ：グループIイントロンに見られるリボソームRNAの構造パターン」 . Journal of Molecular Biology . 424 ( 1–2 ): 54– 67. doi : 10.1016/j.jmb.2012.09.012 . PMC 3488136. PMID 22999957 .
^ ^a ^b ^c Szewczak, AA; Moore, PB (1995年3月17日). 「サルシン/リシンループ、モジュラーRNA」 . Journal of Molecular Biology . 247 (1): 81– 98. doi : 10.1006/jmbi.1994.0124 . PMID 7897662 .
^ Leontis, NB; Westhof, E (1998年10月30日). 「共通モチーフが16Sおよび23SリボソームRNAの多重らせんループ構造を形成する」. Journal of Molecular Biology . 283 (3): 571–83 . doi : 10.1006/jmbi.1998.2106 . PMID 9784367 .
^ Moore PB (1999). 「RNAの構造モチーフ」. Annu. Rev. Biochem . 68 : 287–300 . doi : 10.1146/annurev.biochem.68.1.287 . PMID 10872451 .
^ ^a ^b Zhong, C; Zhang, S (2012年2月). 「二次構造アライメントを用いたリボソームRNA中のRNA構造モチーフのクラスタリング」 . Nucleic Acids Research . 40 (3): 1307–17 . doi : 10.1093/nar/gkr804 . PMC 3273805. PMID 21976732 .
^ ^a ^b Lee, JC; Gutell, RR; Russell, R (2006年7月28日). 「UAA/GAN内部ループモチーフ：クロスストランドAAAスタックと長距離三次相互作用を形成する新たなRNA構造要素」. Journal of Molecular Biology . 360 (5): 978–88 . doi : 10.1016/j.jmb.2006.05.066 . PMID 16828489 .

[Lescoute2005-1] Lescoute, A; Leontis, NB; Massire, C; Westhof, E (2005). 「反復構造RNAモチーフ、等量性マトリックス、および配列アライメント」 . Nucleic Acids Research . 33 (8): 2395– 409. doi : 10.1093/nar/gki535 . PMC 1087784. PMID 15860776 .

[Lehmann2013-2] Lehmann, J; Jossinet, F; Gautheret, D (2013年5月1日). 「リボソーム内のtRNAの肘部、RNase P、およびTボックスリーダーをドッキングする普遍的なRNA構造モチーフ」 . Nucleic Acids Research . 41 (10): 5494–502 . doi : 10.1093/nar/ gkt219 . PMC 3664808. PMID 23580544 .

[Klein2001-3] Klein, DJ (2001). 「キンクターン：新たなRNA二次構造モチーフ」 . The EMBO Journal . 20 (15): 4214– 4221. doi : 10.1093/ emboj /20.15.4214 . ISSN 1460-2075 . PMC 149158. PMID 11483524 .

[4] Schroeder, KT; McPhee, SA; Ouellet, J; Lilley, DM (2010年8月). 「RNAにおけるkターンモチーフの構造データベース」 . RNA . 16 ( 8): 1463–8 . doi : 10.1261/rna.2207910 . PMC 2905746. PMID 20562215 .

[5] Grabow, WW; Zhuang, Z; Swank, ZN; Shea, JE; Jaeger, L (2012年11月23日). 「直角（RA）モチーフ：グループIイントロンに見られるリボソームRNAの構造パターン」 . Journal of Molecular Biology . 424 ( 1–2 ): 54– 67. doi : 10.1016/j.jmb.2012.09.012 . PMC 3488136. PMID 22999957 .

[Szewczak1995-6] Szewczak, AA; Moore, PB (1995年3月17日). 「サルシン/リシンループ、モジュラーRNA」 . Journal of Molecular Biology . 247 (1): 81– 98. doi : 10.1006/jmbi.1994.0124 . PMID 7897662 .

[7] Leontis, NB; Westhof, E (1998年10月30日). 「共通モチーフが16Sおよび23SリボソームRNAの多重らせんループ構造を形成する」. Journal of Molecular Biology . 283 (3): 571–83 . doi : 10.1006/jmbi.1998.2106 . PMID 9784367 .

[8] Moore PB (1999). 「RNAの構造モチーフ」. Annu. Rev. Biochem . 68 : 287–300 . doi : 10.1146/annurev.biochem.68.1.287 . PMID 10872451 .

[Zhong2012-9] Zhong, C; Zhang, S (2012年2月). 「二次構造アライメントを用いたリボソームRNA中のRNA構造モチーフのクラスタリング」 . Nucleic Acids Research . 40 (3): 1307–17 . doi : 10.1093/nar/gkr804 . PMC 3273805. PMID 21976732 .

[Lee2006-10] Lee, JC; Gutell, RR; Russell, R (2006年7月28日). 「UAA/GAN内部ループモチーフ：クロスストランドAAAスタックと長距離三次相互作用を形成する新たなRNA構造要素」. Journal of Molecular Biology . 360 (5): 978–88 . doi : 10.1016/j.jmb.2006.05.066 . PMID 16828489 .

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