ホモサピエンスにおけるタンパク質コード遺伝子
| KHSRP |
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| 利用可能な構造 |
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| PDB | オーソログ検索: PDBe RCSB |
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| PDB IDコードのリスト |
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2HH2、2HH3、2JVZ、2OPU、2OPV、4B8T |
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| 識別子 |
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| エイリアス | KHSRP、FBP2、FUBP2、KSRP、KH型スプライシング制御タンパク質、p75 |
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| 外部ID | オミム：603445; MGI : 1336214;ホモロジーン: 2734;ジーンカード：KHSRP; OMA :KHSRP - オルソログ |
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| 遺伝子の位置（マウス） |
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| | キリスト | 17番染色体（マウス）[2] |
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| | バンド | 17 D|17 29.63 cM | 始める | 57,328,051 bp [2] |
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| 終わり | 57,338,522 bp [2] |
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| RNA発現パターン |
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| ブギー | | 人間 | マウス（相同遺伝子） |
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| 上位の表現 | - 心室帯
- 神経節隆起
- 子宮体部
- 小脳の右半球
- 左卵巣
- 右卵巣
- 子宮頸管
- 右精巣
- 右卵管
- 左精巣
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| | 上位の表現 | - 心室帯
- 接合子
- 胚の尾
- 手
- 網膜の神経層
- 卵黄嚢
- 性器結節
- 二次卵母細胞
- リップ
- 一次視覚野
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| | より多くの参照表現データ |
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| バイオGPS | | | より多くの参照表現データ |
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| 遺伝子オントロジー |
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| 分子機能 |
- DNA結合
- タンパク質結合
- 核酸結合
- mRNA結合
- mRNA 3'-UTR AUリッチ領域結合
- RNA結合
| | 細胞成分 |
- 細胞質
- 細胞質
- 膜
- 核質
- 細胞質ストレス顆粒
- 核
- エクソソーム（RNase複合体）
| | 生物学的プロセス |
- mRNA輸送
- 転写の制御、DNAテンプレート
- mRNA分解プロセス
- エステル交換反応によるRNAスプライシング
- mRNA処理
- 転写、DNAテンプレート
- miRNA代謝プロセスの調節
- RNAスプライシング
- サイトカイン刺激に対する細胞応答
- 一酸化窒素生合成プロセスの負の調節
- mRNA分解プロセスの正の調節
- 3'-UTRを介したmRNAの不安定化
- mRNAの安定性の調節
- miRNA代謝プロセス
- 輸送
- 低密度リポタンパク質粒子のクリアランスの負の調節
| | 出典：Amigo / QuickGO |
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| オーソログ |
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| 種 | 人間 | ねずみ |
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| エントレズ | | |
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| アンサンブル | | |
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| ユニプロット | | |
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| RefSeq (mRNA) | |
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NM_003685
NM_001366299
NM_001366300 |
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| RefSeq（タンパク質） | |
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NP_003676
NP_001353228
NP_001353229 |
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| 場所（UCSC） | 19章: 6.41 – 6.42 Mb | 17章: 57.33 – 57.34 Mb |
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| PubMed検索 | [3] | [4] |
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| ウィキデータ |
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最上流エレメント結合タンパク質2は、ヒトではKHSRP遺伝子によってコードされているタンパク質である。[5] [6] [7]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000088247 – Ensembl、2017年5月
- ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000007670 – Ensembl、2017年5月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ Min H, Turck CW, Nikolic JM, Black DL (1997年5月). 「新規調節タンパク質KSRPはイントロンスプライシングエンハンサーを介してエクソンの挿入を仲介する」. Genes Dev . 11 (8): 1023–36 . doi : 10.1101/gad.11.8.1023 . PMID 9136930.
- ^ Davis-Smyth T, Duncan RC, Zheng T, Michelotti G, Levens D (1997年1月). 「最上流エレメント結合タンパク質は、一本鎖DNA結合トランスアクティベーターの古代ファミリーを構成する」J Biol Chem . 271 (49): 31679–87 . doi : 10.1074/jbc.271.49.31679 . PMID 8940189.
- ^ 「Entrez Gene: KHSRP KH型スプライシング調節タンパク質（FUSE結合タンパク質2）」。
さらに読む
- Dawson SJ, White LA (1992). 「シプロフロキサシンによるヘモフィルス・アフロフィルス心内膜炎の治療」. J. Infect . 24 (3): 317–20 . doi :10.1016/S0163-4453(05)80037-4. PMID 1602151.
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). 「正規化と減算：遺伝子発見を促進する2つのアプローチ」Genome Res . 6 (9): 791– 806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548.
- Chou MY, Rooke N, Turck CW, Black DL (1999). 「hnRNP Hは、神経細胞においてc-src選択的エクソンを活性化するスプライシングエンハンサー複合体の構成要素である」. Mol. Cell. Biol . 19 (1): 69– 77. doi :10.1128/MCB.19.1.69. PMC 83866. PMID 9858532 .
- Ring HZ, Vameghi-Meyers V, Nikolic JM, et al. (1999). 「ヒト染色体19p13.3およびマウス染色体17上の保存されたシンテニー領域へのKHSRP遺伝子のマッピング」. Genomics . 56 (3): 350–2 . doi : 10.1006/geno.1998.5725 . PMID 10087204.
- Lellek H, Kirsten R, Diehl I, et al. (2000). 「アポリポプロテインB mRNA編集酵素複合体の新規必須成分の精製および分子クローニング」J. Biol. Chem . 275 (26): 19848–56 . doi : 10.1074/jbc.M001786200 . PMID 10781591.
- Chou MY, Underwood JG, Nikolic J, et al. (2000). 「c-src神経特異的スプライシングの制御における、多部位RNA結合とポリピリミジントラクト結合タンパク質の放出」Mol. Cell . 5 (6): 949–57 . doi : 10.1016/S1097-2765(00)80260-9 . PMID 10911989.
- Markovtsov V, Nikolic JM, Goldman JA, et al. (2000). 「ポリピリミジントラクト結合タンパク質の組織特異的ホモログによって誘導されるhnRNP複合体の協同的構築」Mol. Cell. Biol . 20 (20): 7463–79 . doi :10.1128/MCB.20.20.7463-7479.2000. PMC 86300. PMID 11003644 .
- Chen CY, Gherzi R, Ong SE, et al. (2002). 「AU結合タンパク質はエクソソームをリクルートし、ARE含有mRNAを分解する」. Cell . 107 (4): 451–64 . doi : 10.1016/S0092-8674(01)00578-5 . PMID 11719186. S2CID 14817671.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). 「15,000以上のヒトおよびマウス完全長cDNA配列の生成と初期解析」Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903 . Bibcode :2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241. PMID 12477932 .
- Hall MP, Huang S, Black DL (2004). 「分化誘導性KH型スプライシング制御タンパク質とポリピリミジントラクト結合タンパク質およびc-src pre-mRNAの共局在」Mol. Biol. Cell . 15 (2): 774– 86. doi :10.1091/mbc.E03-09-0692. PMC 329392. PMID 14657238 .
- Gherzi R, Lee KY, Briata P, et al. (2004). 「KHドメインRNA結合タンパク質KSRPは、分解機構をリクルートすることでAREを介したmRNAのターンオーバーを促進する」Mol. Cell . 14 (5): 571–83 . doi : 10.1016/j.molcel.2004.05.002 . PMID 15175153.
- Suswam EA, Nabors LB, Huang Y, et al. (2005). 「IL-1betaは悪性乳がん細胞において3'非翻訳領域を介してIL-8 mRNAの安定化を誘導する：多様なRNA結合因子HuR、KSRP、TIARの関与」. Int. J. Cancer . 113 (6): 911–9 . doi : 10.1002/ijc.20675 . PMID 15514971. S2CID 33272692.
- Wickham L, Benjannet S, Marcinkiewicz E, et al. (2005). 「βアミロイドタンパク質変換酵素1と脳特異的II型膜タンパク質BRI3：フューリンによって処理される結合パートナー」J. Neurochem . 92 (1): 93– 102. doi : 10.1111/j.1471-4159.2004.02840.x . PMID 15606899. S2CID 36799858.
- Chou CF, Mulky A, Maitra S, et al. (2006). 「分解促進性AUリッチエレメント結合タンパク質KSRPをmRNAに結合させることでmRNA分解が誘導される」Mol. Cell. Biol . 26 (10): 3695– 706. doi :10.1128/MCB.26.10.3695-3706.2006. PMC 1489004. PMID 16648466 .
- Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA, et al. (2006). 「確率に基づくアプローチによるハイスループットタンパク質リン酸化解析と部位局在化」Nat. Biotechnol . 24 (10): 1285–92 . doi :10.1038/nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). 「シグナル伝達ネットワークにおける全体的、in vivo、および部位特異的なリン酸化ダイナミクス」. Cell . 127 (3): 635–48 . doi : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983. S2CID 7827573.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). 「質量分析法によるヒトタンパク質間相互作用の大規模マッピング」Mol. Syst. Biol . 3 (1) 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931 .
