LSM6

LSM6
利用可能な構造 PDB オーソログ検索: PDBe RCSB PDB IDコードのリスト 3JCR
識別子
エイリアス	LSM6、YDR378C、LSM6ホモログ、U6小核RNAおよびmRNA分解関連
外部ID	オミム: 607286 ; MGI : 1925901 ;ホモロジーン: 38271 ;ジーンカード: LSM6 ; OMA : LSM6 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） キリスト 4番染色体（ヒト）[ 1 ] バンド 4q31.22 始める 146,175,703 bp [ 1 ] 終わり 1億4620万年前[ 1 ]
遺伝子の位置（マウス） キリスト 8番染色体（マウス）[ 2 ] バンド 8|8 C1 始める 79,531,494 bp [ 2 ] 終わり 79,547,769 bp [ 2 ]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） 上位の表現 単球 顆粒球 付録 リンパ節 アキレス腱 腹部の脂肪 神経節隆起 横行結腸粘膜 右肺 ランゲルハンス島 上位の表現 手 心内膜クッション 房室弁 腹壁 胚 真皮 胚 心室帯 胚葉上層 耳小胞 より多くの参照表現データ バイオGPS より多くの参照表現データ
遺伝子オントロジー 分子機能 タンパク質結合 RNA結合 細胞成分 細胞質 細胞質 核質 小さな核リボ核タンパク質複合体 スプライセオソーム複合体 細胞外エクソソーム 核 P体 U6 snRNP 核小体 sno(s)RNA含有リボ核タンパク質複合体 U4/U6 x U5 トリスnRNP複合体 U2型プレカタラーゼスプライソソーム Lsm2-8複合体 生物学的プロセス tRNAの処理 mRNA処理 RNAスプライシング 脱アデニル化mRNAのエキソヌクレアーゼ分解 rRNA処理 スプライソソームを介したmRNAスプライシング SSU-rRNAの成熟 出典：Amigo / QuickGO
オーソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 11157 78651 アンサンブル ENSG00000164167 ENSMUSG00000031683 ユニプロット P62312 P62313 RefSeq (mRNA) NM_007080 NM_001191004 NM_030145 RefSeq（タンパク質） NP_009011 NP_001177933 NP_084421 場所（UCSC） 4章: 146.18 – 146.2 Mb 8章: 79.53 – 79.55 Mb PubMed検索 [ 3 ] [ 4 ]
ウィキデータ
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U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm6は、ヒトではLSM6遺伝子によってコードされるタンパク質である。^{[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]}

Sm様タンパク質は、Smタンパク質ファミリー（SNRPD2 、MIM 601061参照）との配列相同性に基づき、様々な生物において同定されています。Sm様タンパク質はSm配列モチーフを含み、このモチーフはループ状に折り畳まれる可変長のリンカーによって区切られた2つの領域で構成されています。

Sm様タンパク質は、pre-mRNAスプライシングに重要なtri-snRNP粒子中に存在する安定したヘテロマーを形成すると考えられている。[OMIM提供] ^{[ 7 ]}

参考文献

1. GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000164167 – Ensembl、2017年5月
2. GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000031683 – Ensembl、2017年5月
3. 「ヒトPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
4. 「マウスPubMedリファレンス：」米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
5. Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Seraphin B (1999年8月). 「Smタンパク質とSm様タンパク質は、進化の深い起源を持つ2つの関連複合体を形成する」 . EMBO J. 18 ( 12): 3451–62 . doi : 10.1093/emboj/18.12.3451 . PMC 1171424. PMID 10369684 .  
6. Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (1999年12月). 「ヒトSm様タンパク質のドーナツ型ヘテロマーはU6 snRNAの3'末端に結合し、in vitroでU4/U6二重鎖形成を促進する」 . EMBO J. 18 ( 20): 5789– 802. doi : 10.1093/ emboj /18.20.5789 . PMC 1171645. PMID 10523320 .  
7. 「Entrez遺伝子：LSM6 LSM6ホモログ、U6小核RNA関連（S. cerevisiae）」。

さらに読む

• Friesen WJ, Dreyfuss G (2000). 「Smタンパク質およびSm様タンパク質（Lsmタンパク質）の特定の配列が脊髄性筋萎縮症遺伝子産物（SMN）との相互作用を媒介する」 . J. Biol. Chem . 275 (34): 26370–5 . doi : 10.1074/jbc.M003299200 . PMID  10851237 .
• Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC, et al. (2002). 「抗Sm血清中のhLSm4に対する自己抗体と7量体LSm複合体」 . Arthritis Rheum . 46 (3): 726–34 . doi : 10.1002/art.10220 . PMID  11920408 .
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). 「15,000以上のヒトおよびマウスの完全長cDNA配列の生成と初期解析」 . Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903 . Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC  139241. PMID  12477932 .
• Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T (2003). 「ヒトLSm1-7タンパク質は、mRNA分解酵素Dcp1/2およびXrnlと共局在し、明確な細胞質フォーカスを形成する」. RNA . 8 ( 12): 1489– 501. doi : 10.1017/S1355838202021726 . PMC  1370355. PMID 12515382  .
• Lehner B , Sanderson CM (2004). 「ヒトmRNA分解におけるタンパク質相互作用フレームワーク」 . Genome Res . 14 (7): 1315–23 . doi : 10.1101/gr.2122004 . PMC  442147. PMID  15231747 .
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). 「NIH完全長cDNAプロジェクト：哺乳類遺伝子コレクション（MGC）の現状、品質、および拡大」. Genome Res . 14 (10B): 2121–7 . doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC  528928. PMID 15489334  .
• Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). 「ヒトタンパク質間相互作用ネットワークのプロテオームスケールマップの構築に向けて」Nature . 437 (7062): 1173–8 . Bibcode : 2005Natur.437.1173R . doi : 10.1038/nature04209 . PMID  16189514 . S2CID  4427026 .