LSID

ライフサイエンス識別子[ 1 ] [ 2 ]は、ウェブ上の情報に名前を付け、その情報を見つける方法です。本質的に、LSIDは特定のデータに固有の識別子であり、LSIDプロトコルはデータを見つけるための標準的な方法（およびデータを記述するための標準的な方法）を規定しています。多くの出版社が使用する DOIに少し似ています

LSID は、次の形式の Uniform Resource Name (URN) として表されます。

  • urn:lsid:⟨Authority⟩:⟨Namespace⟩:⟨ObjectID⟩[:⟨Version⟩]

しかし、 lsid :名前空間はインターネット割り当て番号機関（IANA）に登録されていないため、厳密にはURNやURIではありません。[ 3 ]

LSIDはURLで解決できます。例：http://zoobank.org/urn:lsid :zoobank.org:pub:CDC8D258-8F57-41DC-B560-247E17D3DC8C

LSIDの使用をめぐる論争

LSID はバイオインフォマティクスと生物多様性コミュニティの両方で大きな関心を集めており、後者は引き続きそれを世界カタログで種を識別する方法として使用しています。[ 4 ]しかし、最近では、 HTTP URI が同様の命名タスクを実行できる ことへの理解が深まるにつれて、 [ 5 ] [ 6 ] LSID を識別子として使用することは、既存の URI スキームを再利用する Web アーキテクチャのベストプラクティスに違反しているとして批判されています[ 7 ] 。 [ 8 ] それでも、データとメタデータの明示的な分離、データ取得のための複数の場所を検出するための方法の仕様、識別された物体のメタデータの複数の独立したソースを検出する機能は、LSID とその解決仕様の重要な部分であり、HTTP のみのアプローチではうまく模倣されていません。

ワールド・ワイド・ウェブは、バイオインフォマティクスを含むほぼすべての科学的コラボレーションに不可欠な、グローバルに分散した通信フレームワークを提供しています。しかし、いくつかの限界や欠陥が存在すると考えられていました。その一つは、ネットワーク上に広く分散している可能性のあるローカルに名前が付けられたオブジェクトをプログラムで識別できないことです。この欠点は、バイオインフォマティクスでよく見られるように、共有ドメインの部分的な情報を提供する複数の知識ベースを統合する能力を制限するものでした。ライフサイエンス識別子（LSID）とLSID解決システム（LSRS）は、既存のインターネット技術の拡張に基づき、次世代セマンティックウェブおよびセマンティックグリッドと整合した、この問題に対するシンプルで洗練されたソリューションを提供するために設計されました。しかし、最近、これらの欠点の一部はHTTP URIに固有のものではなく、LSIDが提供する機能の多く（すべてではないものの）は、適切に作成されたHTTP URIを使用することで実現できることが指摘されています。[ 5 ]

生物の代替識別子

生物には、 DOIシステムのような代替識別子が提案されています。民間企業であるNamesforLife（N4L）は、生物にDOIを付与するシステムを構築しました。例えば、doi:10.1601/nm.3093は大腸菌のDOIであり、doi:10.1601/tx.3093は対応する分類群です。[ 9 ]

参照

注記

  1. ^ Clark T., Martin S., Liefeld T. Briefings in Bioinformatics 5.1:59-70、2004年3月1日
  2. ^ Cover, Robin. 「OMGライフサイエンス識別子仕様（LSID）」 . xml.coverpages.org . 2022年12月10日閲覧。
  3. ^ 「GitHub - tdwg/wiki-archive: TDWG wikiのアーカイブ」 . 2018年11月15日.
  4. ^ Jones, Andrew C.; White, Richard J.; Orme, Ewen R. (2011-10-17). 「生命カタログにおける生物学的概念の特定と関連付け」 . Journal of Biomedical Semantics . 2 (1): 7. doi : 10.1186/2041-1480-2-7 . ISSN 2041-1480 . PMC 3245425. PMID 22004596 .   
  5. ^ a b「新しいURIスキームまたはURNサブスキームをHTTP URIに変換する」 dbooth.org . 2022年12月10日閲覧。
  6. ^ 「SWHCLS IGベストプラクティスに関する妥協案を提案する先例、Henry S. Thompson氏、2006年7月26日（2006年7月からpublic-semweb-lifesci@w3.org）」。lists.w3.org 。 2022年12月10日閲覧。
  7. ^ 「LSIDに関するSean Martinとの会話、noah_mendelsohn@us.ibm.comより、2006年7月25日（www-tag@w3.orgより、2006年7月より）」 lists.w3.org 。2022年12月10日閲覧。
  8. ^ 「World Wide Webのアーキテクチャ、第1巻」www.w3.org . 2022年12月10日閲覧。
  9. ^ Garrity, George M.; Lyons, Catherine (2003-01-01). 「将来を見据えた生物学命名法」 . OMICS: A Journal of Integrative Biology . 7 (1): 31– 33. doi : 10.1089/153623103322006562 . PMID 12831553 . 
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