リガンドスカウト
| リガンドスカウト | |
|---|---|
| 開発者 | インテ：リガンドGmbH |
| 初回リリース | 2005 （2005年） |
| 安定版リリース | 4.4.3 / 2020年1月21日 ( 2020-01-21 ) |
| オペレーティング·システム | Windows、Mac OS X、Linux |
| プラットフォーム | x86、x86-64 |
| 入手可能な | 英語 |
| タイプ | 分子モデリングと設計 |
| ライセンス | 独自の商用ソフトウェア |
| Webサイト | www |
LigandScoutは、高分子-リガンド複合体の構造データ、または有機分子のトレーニングセットとテストセットから3次元（3D）ファーマコフォアモデルを作成できるコンピュータソフトウェアです。結合した小さな有機分子（リガンド）と高分子の周囲の結合部位との相互作用を記述する3D化学的特徴（水素結合供与体、受容体、親油性領域、正および負にイオン化可能な化学基など）の完全な定義が組み込まれています。[ 1 ]これらのファーマコフォアは、化学構造ではなくファーマコフォアの特徴ポイントのみに基づいたパターンマッチングベースのアライメントアルゴリズム[ 2 ]を使用してオーバーレイおよび重ね合わせることができます。このようなオーバーレイから、共有特徴を補間して、いくつかの結合部位/リガンドの一般的な相互作用をすべて共有する、いわゆる共有特徴ファーマコフォアを作成したり、拡張していわゆるマージ特徴ファーマコフォアを作成したりできます。このソフトウェアは、例えば新規ヒト免疫不全ウイルス（HIV）逆転写酵素阻害剤の生物学的活性の予測など、医薬品設計における新しいリード構造の予測に効果的に使用されている。[ 3 ]
類似ツール
ファーマコフォアのモデル化に役立つその他のソフトウェア ツールには、次のものがあります。
- 分子オペレーティング環境（MOE） –化学コンピューティンググループによる[ 4 ]
- 位相 –シュレーディンガー[ 5 ]
- Discovery Studio – Accelrys [ 6 ]
- SYBYL-X – トリポス社[ 7 ]
- Silicos-ItによるPharao [1]
参照
参考文献
- ^ Wolber G, Langer T (2005). 「LigandScout: タンパク質結合リガンド由来の3Dファーマコフォアと仮想スクリーニングフィルターとしての利用」J Chem Inf Model . 45 (1): 160– 169. doi : 10.1021/ci049885e . PMID 15667141 .
- ^ Wolber G, Dornhofer AA, Langer T (2007). 「3Dファーマコフォアを用いた低分子有機分子の効率的なオーバーレイ」J Comput Aided Mol Des . 20 (12): 773– 788. doi : 10.1007/s10822-006-9078-7 . PMID 17051340 . S2CID 31986330 .
- ^ Barreca ML, De Luca L, Iraci N, Rao A, Ferro S, Maga G, Chimirri A (2007). 「非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤としての新しい化学骨格の構造ベースファーマコフォア同定」J Chem Inf Model . 47 (2): 557– 562. doi : 10.1021/ci600320q . PMID 17274611 .
- ^分子動作環境
- ^ Phaseアーカイブ2013-05-14 at the Wayback Machine
- ^ディスカバリースタジオ
- ^ SYBYL-X 2010年10月19日アーカイブ、Wayback Machine
さらに読む
- Wolber G, Kosara R (2006年10月30日). 「第6章：LigandScoutを用いた高分子複合体からのファーマコフォア」.ファーマコフォアとファーマコフォア検索. Wiley. ISBN 3-527-31250-12008年10月13日時点のオリジナルよりアーカイブ。
