遺伝子座参照ゲノム

ローカスリファレンスゲノム(LRG)[1] [2]は、遺伝性疾患につながる可能性があるDNA配列変異を記録するローカス特異的データベース(LSDB)の管理を支援するために開発されたDNA配列フォーマットです。LRGはゲノムから独立した固定配列を持っているため、変異を報告するための安定したフレームワークを提供します。LRGフォーマットは、個々の遺伝子のゲノムDNA配列に加えて、これらの遺伝子によってコードされているmRNAタンパク質を含む高度に構造化された単一レコードを提供するために拡張マークアップ言語(XML)を使用します。LRGレコードは、LSDBと文献で配列変異を報告するための参照配列として、ヒトゲノム変異学会命名法ガイドラインで推奨されています。

LRG コンセプトは、欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI) および国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI) と共同で GEN2PHEN プロジェクトによって開発されました。

LRGホームページでは、既存のLRG配列へのアクセスや、新規LRG作成のリクエストの提出が可能です。このページにはよくある質問(FAQ)セクションもございます。

参考文献

  1. ^ LRGについて説明したゲノム医学論文
  2. ^ Nature Genetics誌のLRGに関する論説
  • LRGホームページ
  • Mutalyzerのホームページ
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