MAEB RNAモチーフ（Burkholderia RNAモチーフにおける代謝関連要素）は、Burkholderia属の多くの種に存在する保存されたステムループ RNA構造です。[1] MAEBステムループは通常、短い保存されたリンカー配列によって区切られた2～6個の連続したMAEBステムループを持つ反復ブロックとして存在します。1つのブロック内に最大12個の連続したMAEBステムループが観察されています。
MAEBブロックのほとんどは、下流遺伝子の推定5' UTRに位置している。連続する141のMAEBステムループブロックのうち、132は5' UTRの可能性がある位置にある。したがって、MAEBステムループはシス調節要素に対応する可能性が高い。明らかにMAEBによって調節されている遺伝子は、一般に一次代謝、すなわち小分子の合成、異化、または輸送に関与していることが観察された。MAEB関連遺伝子のうち、シグナル伝達、運動性、複製などの他の機能に関与している遺伝子はほとんどない。したがって、このモチーフは代謝の役割と関連しており、実際にグリシン切断システムとの弱い関連が観察された。
MAEBの生物学的役割については、3つの仮説が検討された。1つは、MAEBステムループが実際には二量体タンパク質のDNA結合ドメインであり、このタンパク質の2つのサブユニットが二本鎖DNAの反対鎖に結合するというものである。しかし、ステムの5'側と3'側の相補的な位置にある2つのヌクレオチドは、ほとんどの場合プリンである。MAEBモチーフが実際には短いDNA結合ドメインとその逆相補体であるならば、この位置にある見かけ上のRNAステムの3'側には相補的なピリミジンが含まれ、プリンは含まれないはずである。したがって、この仮説は真実ではない可能性が高い。
2つ目に検討された仮説は、MAEBが反復DNA配列であるというものです。MAEBステムループの反復性はこの種の役割を裏付けていますが、MAEBと代謝遺伝子との関連は、一般的に利己的複製または複製エラーの結果である既知の反復要素とは矛盾しています。むしろ、MAEBステムループの反復性は、細胞にとって機能的な役割を果たしていると考えられます。
3つ目の仮説は、MAEBステムループがタンパク質に結合し、1つのRNA分子内にMAEBステムループが複数存在するため、1つのRNA分子あたりにより多くのタンパク質が結合できるというものです。このような配置は、約18個のヘアピンを含み、それぞれが1つのCsrAタンパク質サブユニットに結合するCsrB RNAと類似しています。MAEBステムループの真の機能は未だ解明されていません。
参考文献
