マビッド

マビッド
開発者	ニコラス・ブレイ（カリフォルニア大学バークレー校）、リオル・パクター（カリフォルニア大学バークレー校）
安定版リリース	2.0.4
オペレーティング·システム	UNIX、Linux、Mac
タイプ	バイオインフォマティクスツール
ライセンス	オープンソース
Webサイト	MAVIDダウンロード

MAVIDは、多数のDNA配列のアライメントに適した多重配列アライメントプログラムです。 ^{[ 1 ] [ 2 ]}対象配列は、小さなミトコンドリアゲノムから、最大メガベース長の大きなゲノム領域まで多岐にわたります。最新バージョンは2.0.4です。

このプログラムは、MAVID Web サーバー経由で使用することも、ソース コードとともにインストールできるスタンドアロン プログラムとして使用することもできます。

入力/出力

このプログラムはFASTA 形式の配列を受け入れます。

出力形式には、FASTA 形式、Clustal、PHYLIP が含まれます。

参考文献

1. Dewey, Colin N. (2007)、「メルカトルとMAVIDによる複数の全ゲノムのアラインメント」、Bergman, Nicholas H. (編)、『比較ゲノム科学』、分子生物学の方法、第395巻、Humana Press、pp.  221– 235、doi : 10.1007/978-1-59745-514-5_14、ISBN 978-1-58829-693-1、PMID  17993677
2. Bray, Nicolas; Pachter, Lior (2003-07-01). 「MAVID マルチアライメントサーバー」 . Nucleic Acids Research . 31 (13): 3525– 3526. doi : 10.1093/nar / gkg623 . ISSN 0305-1048 . PMC 169029. PMID 12824358 .   

• ブレイ、N.;パクター、L. (2004)、「MAVID：複数配列の制約付き祖先アラインメント」、ゲノム研究、14 (4): 693– 699、arXiv : q-bio/0311018、doi : 10.1101/gr.1960404、PMC  383315、PMID  15060012。

外部リンク

• MAVIDウェブサーバー