MNase-seq
MNase消化とシーケンシング

MNase-seq （マイクロコッカスヌクレアーゼ消化とディープシーケンシングの略）は、2006年にC. elegansゲノムのヌクレオソーム占有率を測定するために初めて開発された分子生物学的手法です。[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]その後、2008年にヒトゲノムに適用されました。[ 2 ]しかし、「MNase-seq」という用語は1年後の2009年まで造語されていませんでした。[ 3 ]簡単に言うと、この手法は、黄色ブドウ球菌由来の酵素である非特異的エンドエキソヌクレアーゼであるマイクロコッカスヌクレアーゼを用いて、クロマチン上のタンパク質非結合領域であるDNAに結合し、切断しますヒストンやその他のクロマチン結合タンパク質（例：転写因子）に結合したDNAは、消化されずに残ることがあります。切断されていないDNAはタンパク質から精製され、様々な次世代シーケンシング法を用いて配列決定されます。[ 5 ]

MNase-seqは、クロマチンアクセシビリティの解析を通じてエピゲノムの状態を評価する4つの手法のうちの1つです。他の3つの手法は、 DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seqです。[ 4 ] MNase-seqは主にヒストンやその他のクロマチン結合タンパク質に結合したDNA領域の配列決定に使用されますが、[ 2 ]他の3つは、それぞれデオキシリボヌクレアーゼI高感受性部位（DHS）のマッピング、[ 6 ]クロマチンタンパク質に結合していないDNAの配列決定、[ 7 ]マーカーの転置による緩くパッケージ化されたクロマチン領域の配列決定[ 8 ] [ 9 ]に一般的に使用されます。[ 4 ]

歴史

ミクロコッカスヌクレアーゼ（MNase）は1956年に黄色ブドウ球菌で初めて発見され、[ 10 ]タンパク質は1966年に結晶化され、[ 11 ] 1967年に特徴付けられました。 [ 12 ]クロマチンのMNase消化はクロマチン構造の初期研究の鍵となり、クロマチンの各ヌクレオソーム単位が約200bpのDNAで構成されていることを決定するために使用されました。[ 13 ]これは、オリンズとオリンズの「紐に通されたビーズ」モデルと並んで、[ 14 ]コーンバーグの基本的なクロマチン構造に関する考えを裏付けました。[ 15 ]追加の研究により、MNaseは約140bpより短いヒストン結合DNAを分解できず、 DNase IとIIは結合したDNAを10bpまで分解できることがわかりました。 [ 16 ] [ 17 ]これにより、最終的に約146bpのDNAがヌクレオソームコアを包み込み、[ 18 ]約50bpのリンカーDNAが各ヌクレオソームを接続し、[ 19 ] 10個の連続した塩基対のDNAが間隔をあけてヌクレオソームのコアにしっかりと結合していることが明らかになりました。[ 17 ]

ミクロコッカスヌクレアーゼ消化は、クロマチン構造の研究に使用されるだけでなく、1967 年に特性が明らかにされて以来、オリゴヌクレオチド配列決定実験にも使用されていました。[ 20 ] MNase 消化は、アデニンとチミンに富む領域を優先的に消化することから、酵母 ( Saccharomyces cerevisiae )ミトコンドリア DNA [ 21 ]やバクテリオファージDNA [ 22 ] [ 23 ]などのクロマチンを含まない配列を解析する研究でも使用されました。[ 24 ] 1980 年代初頭には、MNase 消化を使用して、成熟したSV40 [ 25 ]、ショウジョウバエ ( Drosophila melanogaster ) [ 26 ]、酵母[ 27 ] 、サル[ 28 ]などの染色体のヌクレオソーム位相と関連 DNA が決定されました。この消化法を用いてヒトの遺伝子発現におけるクロマチンアクセシビリティの関連性を研究した最初の研究は1985年に行われました。この研究では、ヌクレアーゼを用いて特定の癌遺伝子配列とクロマチンおよび核タンパク質との関連性を調べました。 [ 29 ] MNase消化を利用して配列決定やアレイ情報なしにヌクレオソームの位置を決定する研究は2000年代初頭まで続けられました。[ 30 ]

1990年代後半から2000年代初頭にかけて全ゲノム配列解析が出現したことで、精製されたDNA配列をS. cerevisiae [ 31 ] 、 Caenorhabditis elegans [ 32 ]、D. melanogaster [ 33 ] 、 Arabidopsis thaliana [ 34 ]、Mus musculus [ 35 ]、Homo sapiens [ 36 ]などの真核生物ゲノムと比較することが可能になった。MNase消化は、 S. cerevisiae [ 37 ]におけるゲノム全体のヌクレオソーム占有率の研究に初めて適用され、どのDNA領域にMNase耐性ヌクレオソームが豊富に含まれているかを決定するためのマイクロアレイによる解析が行われた。 MNaseベースのマイクロアレイ解析は、酵母ではゲノム全体規模で[ 38 ] [ 39 ]、ヒトでは限られたゲノム領域で[ 40 ] [ 41 ] 、ヌクレオソームの位置を決定するためによく利用され、転写不活性化の推論として使用することができます。

2006年に、次世代シーケンシングは初めてMNase消化と組み合わせられ、C.エレガンスのヌクレオソームの位置とDNA配列の好みが調べられました。[ 1 ] これは、あらゆる生物におけるMNase-seqの最初の例でした。

2008年、次世代シーケンシングがより広く利用可能になり始めた頃になって初めて、MNase消化とハイスループットシーケンシング、すなわちSolexa/Illuminaシーケンシングが組み合わされ、ヒトのゲノムワイドなヌクレオソームの配置が研究されました。[ 2 ] 1年後、ミクロコッカスヌクレアーゼ消化とクロマチン免疫沈降を組み合わせた「MNase-Seq」と「MNase-ChIP」という用語がようやく作られました。[ 3 ] 2006年の最初の応用以来、[ 1 ] MNase-seqは真核生物全体のヌクレオソーム占有率とエピゲノミクスに関連するDNAの深層シーケンスに利用されてきました。[ 5 ] 2020年2月現在、MNase-seqは依然としてクロマチンのアクセシビリティのアッセイに適用されています。[ 42 ]

説明

クロマチンは動的であり、DNA上のヌクレオソームの位置は様々な転写因子やリモデリング複合体の活性によって変化し、これらの部位での転写活性を概ね反映しています。ヌクレオソームに巻き付いたDNAは、一般的に転写因子がアクセスできません。[ 43 ]したがって、MNase-seqは、どの領域がヌクレオソームに結合しているかを直接決定することにより、DNAのどの領域が転写にアクセスできないかを間接的に決定するために使用できます。[ 5 ]

典型的なMNase-seq実験では、まず対象となる組織から真核細胞の核を単離する。次に、MNase-seqはエンドエキソヌクレアーゼであるミクロコッカスヌクレアーゼを用いて、真核生物のクロマチンのDNAのタンパク質非結合領域に結合・切断する。まず片方の鎖を切断・切除し、次に反平行鎖も切断する。 [ 3 ]クロマチンは必要に応じてホルムアルデヒドで架橋することができる。[ 44 ] MNaseは補因子としてCa 2+を必要とし、その最終濃度は通常1 mMである。[ 5 ] [ 12 ] DNA領域がヌクレオソームコア（ヒストンなど）またはその他のクロマチン結合タンパク質（転写因子など）に結合している場合、MNaseはDNAに結合して切断することができない。ヌクレオソームまたは DNA-タンパク質複合体はサンプルから精製することができ、結合した DNA は続いてゲル電気泳動および抽出によって精製することができる。精製された DNA は、ヌクレオソームから精製された場合は通常約 150 bp [ 2 ] 、他のタンパク質（例：転写因子）から精製された場合はそれより短い。[ 45 ]このため、ショートリードのハイスループットシーケンスはMNase-seq に最適である。なぜなら、これらの技術のリードは非常に正確であるが、長さが数百の連続した塩基対しかカバーできないからである。[ 46 ]シーケンスされたリードは、Bowtieなどのツールを使用して、参照ゲノムにアラインメントして、どの DNA 領域がヌクレオソームまたは目的のタンパク質に結合しているかを決定できる。[ 4 ] MNase-seq によって解明されたヌクレオソームの位置は、消化時の ゲノム発現[ 47 ]と調節[ 48 ]を予測するために使用できる。

拡張テクニック

シーケンシングにおけるMNaseの技術的応用

MNase-ChIP/ CUT&RUNシーケンシング

最近では、転写因子がDNA 上のどこに結合するかを決定するために MNase-seq も実装されています。 [ 49 ] [ 50 ]従来のChIP-seqでは、解像度の品質、実験プロトコルの厳格さ、およびDNA の断片化に関する問題があります。[ 50 ]従来の ChIP-seq では通常、超音波処理を使用してクロマチンを断片化しますが、これにより、クロマチン領域が互いに凝縮して密接に結合するため、ヘテロクロマチン領域に偏りが生じます。 [ 50 ]ヒストンとは異なり、転写因子は DNA に一時的にしか結合しません。温度と洗剤の上昇を必要とする ChIP-seq の超音波処理などの他の方法では、因子が失われる可能性があります。CUT&RUN シーケンスは、MNase ベースの免疫沈降の新しい形式です。簡単に言うと、抗体でタグ付けされたMNase を使用して、その抗体が認識するエピトープを提示する DNA 結合タンパク質に特異的に結合します。消化は転写因子の周囲の領域で特異的に起こり、この複合体は核外に拡散し、顕著なバックグラウンドや超音波処理の複雑さを心配することなく得られる。この技術の使用には、高温や高濃度の洗剤は不要である。さらに、MNaseはエキソヌクレアーゼおよびエンドヌクレアーゼ活性によりクロマチン消化を改善する。細胞はSDS / Triton X-100溶液で溶解される。次に、MNase-抗体複合体が添加される。そして最後に、タンパク質-DNA複合体を単離し、その後DNAを精製・配列決定する。得られた可溶性抽出物には、50bp未満の断片が25倍濃縮されている。この濃縮度の増加により、費用対効果の高い高解像度データが得られる。[ 50 ]

シングルセルMNase-seq

シングルセルミクロコッカスヌクレアーゼシーケンシング（scMNase-seq）は、ヌクレオソームの位置を解析し、単一細胞のみを用いてクロマチンアクセシビリティを推測するために使用される新しい技術である。[ 51 ]まず、蛍光活性化セルソーティング（FACS）を用いて細胞を単一アリコートに分類する。[ 51 ]次に、細胞を溶解し、ミクロコッカスヌクレアーゼで消化する。単離されたDNAはPCR増幅にかけられ、目的の配列が単離され、解析される。[ 51 ]シングルセルアッセイにおけるMNaseの使用は、DNase I過敏部位や転写因子結合部位などの領域の検出を向上させる。 [ 51 ]

他のクロマチンアクセシビリティアッセイとの比較

MNase-seqは、クロマチンアクセシビリティと遺伝子発現への影響をより直接的に決定するための4つの主要な方法（ DNase-seq、MNase-seq、FAIRE-seq、およびATAC-seq ）の1つです。[ 52 ] 4つの技術はすべて、ヒストンテールの特定のマークが遺伝子の活性化または抑制を示すという推論に依存するChIP-seqとは対照的であり、[ 53 ]ヌクレオソームの位置を直接評価するのではなく、ヒストン修飾酵素機能の評価に有用です。[ 4 ]

DNase-seq

MNase-seqと同様に、[ 2 ] DNase-seqは既存のDNAエンドヌクレアーゼ[ 6 ]と次世代シーケンシング技術を組み合わせてクロマチンアクセシビリティをアッセイすることで開発されました。[ 54 ]両方の技術は、それぞれの生物におけるヌクレオソームの位置に関する情報を確認するために、いくつかの真核生物で使用されており[ 4 ]、どちらもヌクレオソームから約140bpのDNAバンドを分離するという同じ原理に基づいています[ 2 ] [ 55 ]。転写因子情報を確認する場合は、より短いバンドを使用します[ 45 ] [ 55 ] 。最近、両方の技術は単一細胞シーケンシング用に最適化されており、これにより、両方の技術の大きな欠点の1つである、大量の細胞入力が必要になるという欠点が修正されています[ 56 ] [ 51 ]

十分な濃度であれば、DNase Iはヌクレオソームに結合したDNAを10bpまで分解できるが、ミクロコッカスヌクレアーゼはそれができない。[ 17 ]さらに、DNase-seqはDHSの同定に用いられる。DHSはDNase処理に過敏なDNA領域であり、多くの場合、調節領域（プロモーターやエンハンサーなど）を示唆する。[ 57 ] MNaseでは同等の効果は見られない。この違いから、DNase-seqは主に調節領域を直接同定するために利用されるのに対し、MNase-seqは転写因子とヌクレオソーム占有率を同定し、遺伝子発現への影響を間接的に推測するために使用される。[ 4 ]

FAIRE-seq

FAIRE-seqはDNase-seqよりもMNase-seqと大きく異なります。[ 4 ] FAIRE-seqは2007年に開発され[ 7 ]、3年後には次世代シーケンシングと組み合わせてDHSを研究しました。[ 58 ] FAIRE-seqは、ホルムアルデヒドを使用して標的タンパク質とDNAを架橋し、その後、超音波処理とフェノール-クロロホルム抽出によって架橋されていないDNAと架橋されたDNAを分離します。架橋されていないDNAはシーケンスされ、解析されるため、オープンクロマチンを直接観察することができます。[ 59 ]

MNase-seqは、FAIRE-seqほど直接的にクロマチンアクセシビリティを測定しません。しかし、FAIRE-seqとは異なり、必ずしもクロスリンクを必要としません[ 5 ]。また、超音波処理にも依存しません[ 4 ]。しかし、フェノール抽出やクロロホルム抽出が必要になる場合があります[ 5 ]。FAIRE-seqの他の3つのクラスと比較した2つの大きな欠点は、10万個の細胞という最小入力値が必要であることと、クロスリンクに依存していることです[ 7 ] 。クロスリンクは、DNAと一時的に相互作用する他のクロマチン結合タンパク質に結合する可能性があり、そのため、水相から回収して分析できる非クロスリンクDNAの量が制限されます。[ 52 ]そのため、FAIRE-seqから得られる全体的な解像度はDNase-seqやMNase-seqよりも比較的低くなる可能性があり[ 52 ]、10万細胞という要件があるため[ 7 ] 、DNase-seq [ 56 ]やMNase-seq [ 51 ]の単一細胞相当の方がはるかに魅力的な代替手段となります。[ 4 ]

ATAC-seq

ATAC-seqは、クロマチンアクセシビリティアッセイの中で最も最近開発されたクラスである。[ 8 ] ATAC-seqは、過剰活性トランスポゾンを用いて、特定のアダプターを持つ転位マーカーをクロマチンのオープン領域に挿入する。このマーカーは、プライマーと結合してシーケンシングすることができる。その後、PCRを用いて挿入されたトランスポゾンに隣接する配列を増幅することで、クロマチン構造の変化を引き起こすことなく、オープンクロマチン配列を決定することができる。[ 8 ] [ 9 ] ATAC-seqは、凍結サンプルを含む他の真核生物の中でも、ヒトにおいて有効であることが証明されている。[ 60 ] DNase-seq [ 56 ]やMNase-seqと同様に、 [ 51 ] ATAC-seqのシングルセルバージョンも開発され、成功した。[ 61 ]

ATAC-seqは、クロマチンアクセシビリティの評価において、MNase-seqに比べていくつかの利点があります。ATAC-seqは、ミクロコッカスヌクレアーゼのさまざまな消化にも依存せず、架橋やフェノールクロロホルム抽出も必要としません。[ 5 ] [ 9 ]通常、クロマチン構造が維持されるため、ATAC-seqの結果を使用して、MNase-seqを介して間接的にではなく、クロマチンアクセシビリティを直接評価できます。また、ATAC-seqは数時間以内に完了できますが[ 9 ]、他の3つの手法では通常、一晩のインキュベーション期間が必要です。[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] MNase-seqと比較したATAC-seqの2つの主な欠点は、より高いシーケンスカバレッジが必要なことと、ミトコンドリアDNAと核DNAの両方へのDNAの非特異的挿入によるミトコンドリアコンタミネーションの蔓延です。[ 8 ] [ 9 ]これらの小さな欠点にもかかわらず、他の方法よりもATAC-seqの使用が普及しつつあります。[ 4 ]

参考文献

  1. ^ a b c d Johnson SM, Tan FJ, McCullough HL, Riordan DP, Fire AZ (2006年12月). 「 Caenorhabditis elegansクロマチンのヌクレオソームコアランドスケープにおける柔軟性と制約」 . Genome Research . 16 (12): 1505–16 . doi : 10.1101/gr.5560806 . PMC  1665634. PMID 17038564 
  2. ^ a b c d e f g Schones DE, Cui K, Cuddapah S, Roh TY, Barski A, Wang Z, et al. (2008年3月). 「ヒトゲノムにおけるヌクレオソーム配置の動的制御」 . Cell . 132 (5 ) : 887–98 . Bibcode : 2008Cell..132..887S . doi : 10.1016/j.cell.2008.02.022 . PMC 10894452. PMID 18329373. S2CID 13320420 .   
  3. ^ a b c d Kuan PF, Huebert D, Gasch A, Keles S (2009年1月). 「ヌクレオソーム位置の自動検出のための一次差分に基づく非均質隠れ状態モデル」 .遺伝学および分子生物学における統計的応用. 8 (1): Article29. doi : 10.2202/1544-6115.1454 . PMC 2861327. PMID 19572828 .  
  4. ^ a b c d e f g h i j k Klein DC, Hainer SJ (2019年11月). 「DNAアクセシビリティと因子局在のプロファイリングにおけるゲノム手法」 .染色体研究. 28 (1): 69– 85. doi : 10.1007/s10577-019-09619-9 . PMC 7125251. PMID 31776829 .  
  5. ^ a b c d e f g h Cui K, Zhao K (2012年1月). 「MNase-Seqを用いた後生動物におけるヌクレオソーム占有率のゲノムワイド測定法」.クロマチンリモデリング. Methods in Molecular Biology. Vol. 833. pp.  413–9 . doi : 10.1007/978-1-61779-477-3_24 . ISBN 978-1-61779-476-6 . PMC  3541821 . PMID  22183607
  6. ^ a b c Giresi PG, Kim J, McDaniell RM, Iyer VR, Lieb JD (2007年6月). 「FAIRE（ホルムアルデヒド支援による調節要素の単離）はヒトクロマチンから活性調節要素を単離する」 . Genome Research . 17 (6): 877–85 . doi : 10.1101/gr.5533506 . PMC 3959825. PMID 17179217 .  
  7. ^ a b c d e Giresi PG, Kim J, McDaniell RM, Iyer VR, Lieb JD (2007年6月). 「FAIRE（ホルムアルデヒド支援による調節要素の単離）はヒトクロマチンから活性調節要素を単離する」 . Genome Research . 17 (6): 877– 85. doi : 10.1101/gr.5533506 . PMC 1891346. PMID 17179217 .  
  8. ^ a b c d Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY, Greenleaf WJ (2013年12月). 「オープンクロマチン、DNA結合タンパク質、ヌクレオソーム位置の迅速かつ高感度なエピゲノムプロファイリングのためのネイティブクロマチンの転座」 . Nature Methods . 10 (12): 1213–8 . Bibcode : 2013NatCB..10.1213B . doi : 10.1038 / nmeth.2688 . PMC 3959825. PMID 24097267 .  
  9. ^ a b c d e Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ (2015年1月). 「ATAC-seq：ゲノムワイドなクロマチンアクセシビリティのアッセイ法」 . Current Protocols in Molecular Biology . 109 : 21.29.1–21.29.9. doi : 10.1002/0471142727.mb2129s109 . PMC 4374986. PMID 25559105 .  
  10. ^ Cunningham L, Catlin BW, De Garilhe MP (1956年9月). 「Micrococcus pyogenesのデオキシリボヌクレアーゼ」. Journal of the American Chemical Society . 78 (18): 4642– 4645. Bibcode : 1956JAChS..78.4642C . doi : 10.1021/ja01599a031 .
  11. ^ Cotton FA, Hazen EE, Richardson DC (1966年10月). 「Staphylococcus aureusの結晶性細胞外ヌクレアーゼ」 . The Journal of Biological Chemistry . 241 (19): 4389–90 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)99732-2 . PMID 5922963 . 
  12. ^ a b Heins JN, Suriano JR, Taniuchi H, Anfinsen CB (1967年3月). 「Staphylococcus aureusが産生するヌクレアーゼの特性評価」 . The Journal of Biological Chemistry . 242 (5): 1016–20 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)96225-3 . PMID 6020427 . 
  13. ^ Noll M (1974年9月). 「クロマチンのサブユニット構造」. Nature . 251 ( 5472): 249–51 . Bibcode : 1974Natur.251..249N . doi : 10.1038/251249a0 . PMID 4422492. S2CID 637383 .  
  14. ^ Olins AL, Olins DE (1974年1月). 「スフェロイドクロマチンユニット（v体）」. Science . 183 (4122): 330–2 . Bibcode : 1974Sci...183..330O . doi : 10.1126/science.183.4122.330 . PMID 4128918. S2CID 83480762 .  
  15. ^ Kornberg RD (1974年5月). 「クロマチン構造：ヒストンとDNAの繰り返し単位」. Science . 184 (4139): 868–71 . Bibcode : 1974Sci...184..868K . doi : 10.1126/science.184.4139.868 . PMID 4825889 . 
  16. ^ Keichline LD, Villee CA, Wassarman PM (1976年2月). 「真核生物のクロマチン構造．内因性および外因性ヌクレアーゼを用いた周期性の評価」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Nucleic Acids and Protein Synthesis . 425 (1): 84– 94. doi : 10.1016/0005-2787(76)90218-5 . PMID 1247619 . 
  17. ^ a b c Duerksen JD, Connor KW (1978年4月). 「内因性および外因性ヌクレアーゼを用いたマウスTLT肝癌クロマチンおよびクロマチン分画からのDNAの周期性と断片サイズ」. Molecular and Cellular Biochemistry . 19 (2): 93– 112. doi : 10.1007/bf00232599 . PMID 206820. S2CID 9230112 .  
  18. ^ Kornberg RD, Lorch Y (1999年8月). 「真核生物染色体の基本粒子、ヌクレオソームの25年」 . Cell . 98 (3): 285–94 . Bibcode : 1999Cell...98..285K . doi : 10.1016/ s0092-8674 (00)81958-3 . PMID 10458604. S2CID 14039910 .  
  19. ^ Whitlock JP, Simpson RT (1976年7月). 「ヒストンH1の除去によりヌクレオソーム間の50塩基対DNA断片が露出する」.生化学. 15 (15): 3307–14 . doi : 10.1021/bi00660a022 . PMID 952859 . 
  20. ^ Feldmann H (1967年7月). 「ミクロコッカスヌクレアーゼを用いたオリゴヌクレオチドの配列解析」 . European Journal of Biochemistry . 2 (1): 102–5 . doi : 10.1111/j.1432-1033.1967.tb00113.x . PMID 6079759 . 
  21. ^ Prunell A, Bernardi G (1974年7月). 「野生型酵母細胞のミトコンドリアゲノム. IV. 遺伝子とスペーサー」. Journal of Molecular Biology . 86 (4): 825–41 . doi : 10.1016/0022-2836(74)90356-8 . PMID 4610147 . 
  22. ^ Barrell BG, Weith HL, Donelson JE, Robertson HD (1975年3月). 「遺伝子Gの開始部位を含むリボソーム保護されたバクテリオフェーズphiX174 DNA断片の配列解析」. Journal of Molecular Biology . 92 (3): 377–93 . doi : 10.1016/0022-2836(75)90287-9 . PMID 1095758 . 
  23. ^ Bambara R, Wu R (1975年6月). 「DNA配列解析．バクテリオファージphi80の末端配列」 . The Journal of Biological Chemistry . 250 (12): 4607–18 . doi : 10.1016/S0021-9258(19)41345-8 . PMID 166999 . 
  24. ^ Wingert L, Von Hippel PH (1968年3月). 「ミクロコッカスヌクレアーゼによるDNAのコンフォメーション依存性加水分解」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Nucleic Acids and Protein Synthesis . 157 (1): 114– 26. doi : 10.1016/0005-2787(68)90270-0 . PMID 4296058 . 
  25. ^日和佐 孝、瀬川 正之、山口 暢、小田 健 (1981年5月). 「in vitroで再構成されたSV40クロマチンにおけるヌクレオソームの位相」 . Journal of Biochemistry . 89 (5): 1375–89 . doi : 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a133329 . PMID 6168635 . 
  26. ^ Samal B, Worcel A, Louis C, Schedl P (1981年2月). 「D. melanogasterのヒストン遺伝子のクロマチン構造」. Cell . 23 (2): 401–9 . doi : 10.1016/0092-8674(81) 90135-5 . PMID 6258802. S2CID 42138156 .  
  27. ^ Lohr DE (1981年10月). 「酵母クロマチンにおける転写DNAのヌクレオソーム構造の詳細な解析」.生化学. 20 (21): 5966–72 . doi : 10.1021/bi00524a007 . PMID 6272832 . 
  28. ^ Musich PR, Brown FL, Maio JJ (1982年1月). 「アフリカミドリザルのαDNA成分のヌクレオソームフェージングとミクロコッカスヌクレアーゼによる切断」 .米国科学アカデミー紀要. 79 (1): 118–22 . Bibcode : 1982PNAS...79..118M . doi : 10.1073 / pnas.79.1.118 . PMC 345673. PMID 6275381 .  
  29. ^ Kasid UN, Hough C, Thraves P, Dritschilo A, Smulson M (1985年4月). 「ヒトc-Ha-ras配列とクロマチンおよび核タンパク質との関連性」.生化学および生物理学的研究通信. 128 (1): 226–32 . Bibcode : 1985BBRC..128..226K . doi : 10.1016/0006-291x(85)91668-7 . PMID 3885946 . 
  30. ^ Goriely S, Demonté D, Nizet S, De Wit D, Willems F, Goldman M, Van Lint C (2003年6月). 「ヒトIL-12(p35)遺伝子の活性化は、プロモーター領域における重要なSp1結合部位を含む単一ヌクレオソームの選択的リモデリングを伴う」Blood . 101 (12): 4894–902 . doi : 10.1182/blood-2002-09-2851 . PMID 12576336 . 
  31. ^ Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, Davis RW, Dujon B, Feldmann H, et al. (1996年10月). 「6000個の遺伝子を持つ生命」. Science . 274 ( 5287): 546, 563–7 . Bibcode : 1996Sci...274..546G . doi : 10.1126/science.274.5287.546 . PMID 8849441. S2CID 16763139 .  
  32. ^ C. Elegansシーケンシングコンソーシアム（1998年12月）. 「線虫C. elegansのゲノム配列：生物学研究のためのプラットフォーム」. Science . 282 (5396): 2012–8 . Bibcode : 1998Sci...282.2012 . doi : 10.1126/science.282.5396.2012 . PMID 9851916 . 
  33. ^ Adams MD, Celniker SE, Holt RA, Evans CA, Gocayne JD, Amanatides PG, et al. (2000年3月). 「Drosophila melanogasterのゲノム配列」. Science . 287 (5461): 2185–95 . Bibcode : 2000Sci...287.2185 . doi : 10.1126/science.287.5461.2185 . PMID 10731132 . 
  34. ^ The Arabidopsis Genome Initiative; et al. (The Arabidopsis Genome Initiative) (2000年12月). 「顕花植物シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）のゲノム配列解析」 . Nature . 408 (6814): 796– 815. Bibcode : 2000Natur.408..796T . doi : 10.1038/35048692 . PMID 11130711 . 
  35. ^ Waterston RH, Lindblad-Toh K, Birney E, Rogers J, Abril JF, Agarwal P, et al. (Mouse Genome Sequencing Consortium) (2002年12月). 「マウスゲノムの初期シーケンシングと比較解析」 . Nature . 420 (6915): 520–62 . Bibcode : 2002Natur.420..520W . doi : 10.1038/nature01262 . PMID 12466850 . 
  36. ^国際ヒトゲノムシークエンシングコンソーシアム（2004年10月）. 「ヒトゲノムのユークロマチン配列の完成」 . Nature . 431 (7011): 931–45 . Bibcode : 2004Natur.431..931H . doi : 10.1038/nature03001 . PMID 15496913 . 
  37. ^ Bernstein BE, Liu CL, Humphrey EL, Perlstein EO, Schreiber SL (2004年8月). 「酵母におけるヌクレオソームの全体的占有率」 . Genome Biology . 5 (9) R62. doi : 10.1186/gb-2004-5-9 - r62 . PMC 522869. PMID 15345046 .  
  38. ^ Yuan GC, Liu YJ, Dion MF, Slack MD, Wu LF, Altschuler SJ, Rando OJ (2005年7月). 「S. cerevisiaeにおけるヌクレオソーム位置のゲノムスケール同定」 . Science . 309 (5734): 626– 630. Bibcode : 2005Sci...309..626Y . doi : 10.1126/science.11 ​​12178. PMID 15961632. S2CID 43625066 .  
  39. ^ Lee W, Tillo D, Bray N, Morse RH, Davis RW, Hughes TR, Nislow C (2007年10月). 「酵母におけるヌクレオソーム占有率の高解像度アトラス」. Nature Genetics . 39 (10): 1235–44 . Bibcode : 2007NaGen..39.1235L . doi : 10.1038/ng2117 . PMID 17873876. S2CID 12816925 .  
  40. ^ Ozsolak F, Song JS, Liu XS, Fisher DE (2007年2月). 「ヒトプロモーターのクロマチン構造のハイスループットマッピング」. Nature Biotechnology . 25 (2): 244–8 . doi : 10.1038/nbt1279 . PMID 17220878. S2CID 365969 .  
  41. ^ Dennis JH, Fan HY, Reynolds SM, Yuan G, Meldrim JC, Richter DJ, et al. (2007年6月). 「哺乳類クロマチンの大規模構造解析のための独立かつ補完的な手法」. Genome Research . 17 (6): 928–39 . doi : 10.1101/gr.5636607 . PMC 1891351. PMID 17568008 .  
  42. ^ Zhao H, Zhang W, Zhang T, Lin Y, Hu Y, Fang C, Jiang J (2020年2月). 「ゲノムワイドMNase過敏性アッセイにより、シロイヌナズナにおけるH3K27me3およびDNAメチル化に関連するオープンクロマチンの明確なクラスが明らかに」 . Genome Biology . 21 (1) 24. doi : 10.1186/s13059-020-1927-5 . PMC 6996174. PMID 32014062 .  
  43. ^ Hargreaves DC, Crabtree GR (2011年3月). 「ATP依存性クロマチンリモデリング：遺伝学、ゲノミクス、メカニズム」 . Cell Research . 21 (3): 396– 420. Bibcode : 2011CelRe..21..396H . doi : 10.1038/cr.2011.32 . PMC 3110148. PMID 21358755 .  
  44. ^ Mieczkowski J, Cook A, Bowman SK, Mueller B, Alver BH, Kundu S, et al. (2016年5月). 「MNase滴定によりヌクレオソーム占有率とクロマチンアクセシビリティーの違いが明らかに」 . Nature Communications . 7 11485. Bibcode : 2016NatCo...711485M . doi : 10.1038/ncomms11485 . PMC 4859066. PMID 27151365 .  
  45. ^ a b Hainer SJ, Fazzio TG (2015年10月). 「ES細胞ゲノムのヌクレアーゼフットプリンティングによって明らかになったヌクレオソーム構造と因子結合の制御」 . Cell Reports . 13 (1): 61– 69. doi : 10.1016/j.celrep.2015.08.071 . PMC 4598306. PMID 26411677 .  
  46. ^ Liu L, Li Y, Li S, Hu N, He Y, Pong R, 他 (2012年1月). 「次世代シーケンシングシステムの比較」 . Journal of Biomedicine & Biotechnology . 2012 251364. doi : 10.1155/2012/251364 . PMC 3398667. PMID 22829749 .  
  47. ^ Henikoff S (2008年1月). 「遺伝子発現のエピジェネティック制御におけるヌクレオソームの不安定化」. Nature Reviews Genetics . 9 (1): 15– 26. doi : 10.1038/nrg2206 . PMID 18059368. S2CID 24413271 .  
  48. ^ Ercan S, Carrozza MJ, Workman JL (2004年9月). 「酵母におけるヌクレオソームの全体的分布と転写制御」 . Genome Biology . 5 (10): 243. doi : 10.1186/gb-2004-5-10-243 . PMC 545588. PMID 15461807 .  
  49. ^ Gutin J, Sadeh R, Bodenheimer N, Joseph-Strauss D, Klein-Brill A, Alajem A, et al. (2018年3月). 「TF結合とクロマチン相互作用の高解像度マッピング」 . Cell Reports . 22 (10): 2797– 2807. doi : 10.1016/j.celrep.2018.02.052 . PMC 5863041. PMID 29514105 .  
  50. ^ a b c d Skene PJ, Henikoff S (2015年6月). 「ゲノムワイドなタンパク質結合の高解像度マップを作成するための簡単な方法」 . eLife . 4 e09225. doi : 10.7554/eLife.09225 . PMC 4480131. PMID 26079792 .  
  51. ^ a b c d e f g Lai B, Gao W, Cui K, Xie W, Tang Q, Jin W, et al. (2018年10月). 「単細胞ミクロコッカスヌクレアーゼシーケンシングによるヌクレオソーム構成の原理」 . Nature . 562 (7726): 281– 285. Bibcode : 2018Natur.562..281L . doi : 10.1038 / s41586-018-0567-3 . PMC 8353605. PMID 30258225. S2CID 52841785 .   
  52. ^ a b c Tsompana M, Buck MJ (2014年11月). 「クロマチンアクセシビリティ：ゲノムへの窓」 .エピジェネティクス＆クロマチン. 7 (1) 33. doi : 10.1186/1756-8935-7-33 . PMC 4253006. PMID 25473421 .  
  53. ^ Park PJ (2009年10月). 「ChIP-seq：成熟技術の利点と課題」 . Nature Reviews. Genetics . 10 (10): 669–80 . doi : 10.1038/nrg2641 . PMC 3191340. PMID 19736561 .  
  54. ^ Boyle AP, Davis S, Shulha HP, Meltzer P, Margulies EH, Weng Z, et al. (2008年1月). 「ゲノム全体にわたるオープンクロマチンの高解像度マッピングと特性評価」 . Cell . 132 (2): 311–22 . Bibcode : 2008Cell..132..311B . doi : 10.1016/j.cell.2007.12.014 . PMC 2669738. PMID 18243105 .  
  55. ^ a b He HH, Meyer CA, Hu SS, Chen MW, Zang C, Liu Y, et al. (2014年1月). 「改良されたDNase-seqプロトコルとデータ解析により、転写因子フットプリント同定における固有のバイアスが明らかになった」 . Nature Methods . 11 (1): 73– 78. doi : 10.1038 / nmeth.2762 . PMC 4018771. PMID 24317252 .  
  56. ^ a b c Cooper J, Ding Y, Song J, Zhao K (2017年11月). 「単一細胞DNaseシーケンシングを用いた希少細胞集団におけるDNase I過敏性部位のゲノムワイドマッピング」 . Nature Protocols . 12 ( 11): 2342– 2354. doi : 10.1038/nprot.2017.099 . PMC 11005227. PMID 29022941. S2CID 7993995 .   
  57. ^ Thurman RE, Rynes E, Humbert R, Vierstra J, Maurano MT, Haugen E, 他 (2012年9月). 「ヒトゲノムのアクセス可能なクロマチンランドスケープ」 . Nature . 489 (7414): 75– 82. Bibcode : 2012Natur.489...75T . doi : 10.1038/ nature11232 . PMC 2828505. PMID 22955617 .  
  58. ^ゴールトン KJ、ナンモ T、パスクアリ L、サイモン JM、ギレシ PG、フォガーティ MP、他。 (2010 年 3 月)。「ヒト膵島における開いたクロマチンのマップ」。自然遺伝学。42 (3): 255–9 .土井: 10.1038/ng.530。PMC 2828505。PMID 20118932。  
  59. ^ Simon JM, Giresi PG, Davis IJ, Lieb JD (2012年1月). 「ホルムアルデヒドを用いた調節エレメント分離法（FAIRE）を用いた活性調節DNAの単離」 . Nature Protocols . 7 (2): 256–67 . doi : 10.1038/nprot.2011.444 . PMC 3784247. PMID 22262007 .  
  60. ^ Corces MR, Buenrostro JD, Wu B, Greenside PG, Chan SM, Koenig JL, 他 (2016年10月). 「系統特異的かつ単一細胞クロマチンアクセシビリティがヒト造血および白血病の進化を解明」 . Nature Genetics . 48 (10): 1193– 203. doi : 10.1038/ng.3646 . PMC 5042844. PMID 27526324 .  
  61. ^ Buenrostro JD, Wu B, Litzenburger UM, Ruff D, Gonzales ML, Snyder MP, et al. (2015年7月). 「単一細胞クロマチンアクセシビリティが明らかにする調節変異の原理」 . Nature . 523 (7561): 486–90 . Bibcode : 2015Natur.523..486B . doi : 10.1038/nature14590 . PMC 4685948. PMID 26083756 .  
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