ミヒャエル・ハイネマン(1959年3月5日生まれ)は、ドイツの音楽学者、大学教授である。
ベルギッシュ・グラートバッハ生まれのハイネマンは、1977年にベルギッシュ・グラートバッハのニコラウス・クザーヌス・ギムナジウムでアビトゥアに合格した。1978年から1985年まで、ケルン音楽舞踊大学でカトリック教会音楽(A試験1982年)、音楽教育法(国家音楽教員試験1983年)、コンサート科目オルガン(ヴォルフガング・シュトックマイヤークラス、大学ディプロマ1985年)を学んだ。1982年から1988年まで、ケルン大学、ボン大学、ベルリン大学で音楽学、哲学、美術史を学び、1988年に修士号を取得して卒業した。1986年から1989年まで、ベルリン工科大学音楽学研究所でカール・ダールハウスのもとで講師を務めた。 1989年から1991年までベルリン州から博士課程奨学金を受け、1991年にベルリン工科大学でフランツ・リストによるバッハの受容に関する論文で博士号を取得した。1991年から1993年までフリーランスの音楽学者として活動し、書籍の出版やラジオ局の編集業務に携わった。同時に、ベルリンのハンス・アイスラー音楽大学、ドレスデンのカール・マリア・フォン・ウェーバー音楽大学、エッセン・フォルクヴァンク音楽大学で教鞭を執った。1994年から1996年まで、ドイツ研究振興財団から学位授与奨学金を受けた。1997年、ハイネマンは17世紀の 音楽理論を研究し、ベルリン工科大学で学位を取得した。
1998年から2000年まで、ドレスデンのカール・マリア・フォン・ウェーバー音楽大学で歴史音楽学の教授を務めた。2000年以降は同大学歴史音楽学の教授を務め、2003年から2006年までは音楽学部長を務めた。
彼の主な研究分野は、バッハ受容史の研究であり、ツヴィッカウのロベルト・シューマン・ハウスとの協力によるロベルト・シューマンとクララ・シューマンの書簡全集(ドール社刊)の編者の一人でもあります。ハイネマンは、多数の書籍や出版物シリーズの編者および共同編者でもあります。