最低限の情報基準

最小情報標準（Minimum Information Standards ）とは、特定のハイスループット法によって得られたデータを報告するためのガイドラインとフォーマットのセットである。その目的は、これらの方法によって生成されたデータが、より広範な科学コミュニティによって容易に検証、分析、解釈できることを保証することである。最終的には、ジャーナル論文（非構造化データ）からデータベース（構造化データ）へのデータ転送を容易にし、複数のデータセットにまたがるデータマイニングを可能にする形式にする。最小情報標準は、マイクロアレイ（MIAME）、RNAseq（MINSEQE）、メタボロミクス（MSI）、プロテオミクス（MIAPE）など、多種多様な実験タイプで利用可能である。[ 1 ]

最低情報基準は通常、2つの部分から構成されます。第一に、一連の報告要件があり、通常は表またはチェックリストの形で提示されます。第二に、データ形式があります。実験に関する情報は、関連データベースに送信するために適切なデータ形式に変換する必要があります。MIAMEの場合、データ形式はスプレッドシート形式（MAGE-TAB）で提供されています。最低情報基準を維持しているコミュニティの中には、実験研究者がデータに注釈を付けるのに役立つツールを提供しているところもあります。[ 1 ]

MI規格

個々の最小情報標準は、実験生物学における特定の方法の問題点に焦点を当てた学際的な専門家コミュニティによって策定されています。これらの標準は、実験データ（メタデータ）が、結果データを包括的にするために、実験データと共に報告されるべき重要な情報であるかを規定しています。[ 2 ] [ 3 ]この標準化の必要性は、膨大な量のデータを提供するハイスループット実験方法の開発によって大きく推進されています。2008年以降、様々な方法における最小情報標準の開発は、「生物医学的または生物学的研究に関する最小情報」（MIBBI）プロジェクトによって調和されています。[ 4 ]

MIAPPE、植物表現型解析実験に関する最小限の情報

MIAPPEは、植物表現型解析実験のデータを調和させるための、コミュニティ主導のオープンプロジェクトです。MIAPPEは、植物表現型解析実験を適切に記述するために必要なメタデータの概念的チェックリストで構成されています。

MIQE、定量的リアルタイムPCR実験の公表のための最小限の情報

2009年に出版されたこれらのガイドラインは、多くのジャーナルがQPCRデータを提出する際に要求する基準となっていますが、残念ながら十分には遵守されていません。[ 5 ]

MIAME、遺伝子発現マイクロアレイ

マイクロアレイ実験に関する最小限の情報（MIAME）[ 3 ]は、実験結果を明確に解釈し、実験を再現できる可能性を高めるために必要な、マイクロアレイ実験に関する最小限の情報について規定しており、マイクロアレイ実験データの普及を促進することを目的としています。 2001年にFGED協会によって発行され、生命科学分野におけるハイスループット実験のための最初の最小限の情報標準となりました。

MIAME には、環境ゲノミクス、栄養ゲノミクス、トキソゲノミクスをそれぞれカバーする MIAME-env、MIAME-nut、MIAME-tox など、特定の生物学的ドメインをカバーするための拡張機能が多数含まれています。

MINI: 神経科学調査に関する最小限の情報

MINI: 電気生理学

電気生理学は、生物細胞および組織の電気的特性を研究する技術です。電気生理学では通常、単一のイオンチャネルタンパク質から組織全体に至るまで、様々なスケールにおける電圧変化または電流の流れの測定が行われます。この文書は、神経科学研究に関する最小限の情報（MINI）報告ガイドライン文書群の一部である単一のモジュールであり、コミュニティ協議によって作成され、パブリックコメントのために継続的に公開されています。MINIモジュールは、データセットについて報告されるべき最小限の情報を表し、計算アクセスと分析を容易にし、読者が実行したプロセスと得られた結論を解釈し批判的に評価し、実験的裏付けを裏付けることを可能にします。実際には、MINIモジュールは、データセットを出版のために記述する際に提供されるべき情報（例えば、使用されたプロトコルに関する情報）のチェックリストで構成されています。MINIモジュールの完全な仕様は、こちら[ 6 ]でご覧いただけます。

MIARE、RNAi実験

MIARE (Minimum Information About an RNAi Experiment) は、結果の明確な解釈と再現を可能にするために RNAi 実験について報告する必要がある最小限の情報を説明した データ報告ガイドラインです。

MIACA、細胞ベースのアッセイ

ゲノミクスと機能ゲノミクスの進歩により、ハイスループット細胞生物学的解析を用いた遺伝子およびタンパク質機能の大規模解析が可能になりました。これにより、培養細胞にin vitroで摂動を与え、その影響を記録・解析することが可能になります。摂動は、分子（siRNA、発現コンストラクト、低分子化合物、受容体リガンドなど）、環境ストレス（温度変化、血清飢餓、酸素欠乏など）、あるいはそれらの組み合わせなど、様々な方法によって引き起こされます。このような摂動に対する細胞応答を解析することで、対象となる生物学的プロセスにおける分子イベントを特定し、生物学的原理を理解することができます。私たちは、細胞アッセイの報告のためのMinimum Information About a Cellular Assay (MIACA)と、モジュラー型細胞アッセイオブジェクトモデルであるCA-OMを提案します。これらは、データと付随情報の交換を容易にし、異なる（しかし補完的である）アプローチから得られたデータを比較・統合し、より高次の原理を解明することを目指しています。MIACA について説明する文書が用意されており、さらに詳しい情報と、報告すべき用語のチェックリストが提供されています。

MIAPE、プロテオーム実験

プロテオーム実験に関する最低限の情報に関する文書は、プロテオーム実験に付随して提供すべき情報を規定しています。親文書では、MSベースのプロテオミクスワークフローのあらゆる側面を網羅する一連のドメイン特化型文書の開発を支えるプロセスと原則について説明しています。

MIMIx、分子相互作用

このドキュメントは、HUPO-PSI (www.psidev.info) の分子相互作用ワークトラックによって開発および管理されており、分子相互作用実験に関する最小限の情報について説明します。

MIAPAR、タンパク質親和性試薬

タンパク質親和性試薬に関する最小限の情報は、HUPO 抗体イニシアチブおよび欧州の結合剤製造業者コンソーシアムと連携して、HUPO-PSI の分子相互作用ワークトラック (www.psidev.info) によって開発および管理されており、タンパク質識別のプロセスで使用される抗体などの結合試薬の説明をユーザーが改善できるようにすることを目指しています。

MIABE、生理活性物質

生物活性物質に関する最小限の情報（Minimum Information About a Bioactive Entity）は、生体内の特定の標的に結合し、その活性を調節する可能性のある、通常は低分子である分子の記述を改善することを目指し、大手製薬企業と学術界の代表者によって作成されました。この文書は、薬物類似分子に加え、除草剤、殺虫剤、食品添加物も対象としています。この文書は主にEMBL-EBIインダストリープログラム（www.ebi.ac.uk/industry）を通じて維持管理されています。

MIGS/MIMS、ゲノム/メタゲノム配列

この仕様はゲノム標準コンソーシアムによって開発されている。

MIFlowCyt、フローサイトメトリー

フローサイトメトリー実験に関する最低限の情報

フローサイトメトリー実験に関する最小限の情報（MIFlowCyt）は、フローサイトメトリーに関する標準規格であり、実験の概要、サンプル、機器、データ分析に関する情報を記録するための基準を確立しています。[ 2 ]フローサイトメトリー実験を取り巻く臨床的、生物学的、技術的な問題に関する一貫した注釈付けを促進します。[ 2 ] [ 7 ] [ 8 ]

MINDR、二重遺伝子発現レポーター

（1）レポーターリードアウトの絶対値の報告、（2）陽性および陰性コントロールのリスト、および（3）すべてのレポーターコンストラクトの配列が必要である。[ 9 ]

MISFISHIE、in situハイブリダイゼーションおよび免疫組織化学実験

MIAPA、系統解析

系統解析に関する最小限の情報の基準は2006年に説明されました。[ 10 ]

ミラージュ、グリコミクス

MIRAGEプロジェクトは、バイルシュタイン研究所の支援と調整を受けており、グリコミクス研究におけるデータの取り扱いと処理のガイドラインを確立することを目的としている[1] [ 11 ] [ 12 ]。

ミャオ、ORF

MIAMET、メタボロミクス実験

MIAFGE、機能ゲノム科学実験

MIRIAM、モデルの注釈に必要な最小限の情報

モデルの注釈に必要な最小限の情報 ( MIRIAM ) は、生物システムの定量的モデルのキュレーションと注釈付けのための一連の規則です。

MIASE、シミュレーション実験に関する最小限の情報

シミュレーション実験に関する最小限の情報 ( MIASE ) は、システム生物学の分野でシミュレーション実験の記述を標準化する取り組みです。

CIMR、メタボロミクス報告のための中核情報

STRENDA、酵素学データ報告の標準

酵素学データ報告標準 ( STRENDA ) は、科学文献で公開される酵素学データの品質を向上させることを目的として、酵素学実験の報告 (メタデータの記述) に関するガイドラインの開発に特に焦点を当てた取り組みです。

参考文献

  1. ^ a b EMBL-EBI. 「最低限の情報基準｜恐怖に怯える人々のためのバイオインフォマティクス」 . 2021年6月28日閲覧。この記事には、CC BY 4.0ライセンス に基づいて利用可能なテキストが組み込まれています。
  2. ^ a b c Lee, Jamie A.; Spidlen, Josef; Boyce, Keith; Cai, Jennifer; Crosbie, Nicholas; Dalphin, Mark; Furlong, Jeff; Gasparetto, Maura; Goldberg, Michael; Goralczyk, Elizabeth M.; Hyun, Bill; Jansen, Kirstin; Kollmann, Tobias; Kong, Megan; Leif, Robert; McWeeney, Shannon; Moloshok, Thomas D.; Moore, Wayne; Nolan, Garry; Nolan, John; Nikolich-Zugich, Janko; Parrish, David; Purcell, Barclay; Qian, Yu; Selvaraj, Biruntha; Smith, Clayton; Tchuvatkina, Olga; Wertheimer, Anne; Wilkinson, Peter; Wilson, Christopher; Wood, James; Zigon, Robert; Scheuermann, Richard H.;ブリンクマン、ライアン・R. (2008年10月1日). 「MIFlowCyt：フローサイトメトリー実験に関する最小限の情報」 . Cytometry Part A. 73 ( 10): 926– 930. doi : 10.1002/cyto.a.20623 . PMC 2773297. PMID 18752282 .  
  3. ^ a b Brazma, Alvis; Hingamp, Pascal; Quackenbush, John; Sherlock, Gavin; Spellman, Paul; Stoeckert, Chris; Aach, John; Ansorge, Wilhelm; Ball, Catherine A.; Causton, Helen C.; Gaasterland, Terry; Glenisson, Patrick; Holstege, Frank CP; Kim, Irene F.; Markowitz, Victor; Matese, John C.; Parkinson, Helen; Robinson, Alan; Sarkans, Ugis; Schulze-Kremer, Steffen; Stewart, Jason; Taylor, Ronald; Vilo, Jaak; Vingron, Martin (2001年11月30日). 「マイクロアレイ実験に関する最小情報 (MIAME) ― マイクロアレイデータの標準に向けて」 Nature Genetics . 29 (4): 365– 371. doi : 10.1038 / ng1201-365 . PMID 11726920. S2CID 6994467 .  
  4. ^ Taylor, Chris F (2008). 「生物学および生物医学研究における一貫した最小報告ガイドラインの推進：MIBBIプロジェクト」 . Nature Biotechnology . 26 (8): 889– 896. doi : 10.1038/nbt.1411 . PMC 2771753. PMID 18688244 .  
  5. ^ Bustin, Stephen; Benes, Vladimir; Garson, Jeremy; Hellermans, Jan; Huggett, Jim; Kubista, Mikael; Mueller, Reinhold; Nolan, Tania; Pffaffl, Michael; Shipley, Gregory; Vandesompele, Jo; Wittwer, Carl (2009). 「MIQEガイドライン：定量的リアルタイムPCR実験の発表に必要な最小限の情報」 . Clinical Chemistry . 55 (4): 611– 622. doi : 10.1373/clinchem.2008.112797 . PMID 19246619 . 
  6. ^ギブソン（フランク）、オーバートン（ポール）、スマルダーズ（トム）、シュルツ（サイモン）、エグレン（スティーブン）、イングラム（コリン）、パンツェリ（ステファノ）、ブリーム（フィル）、セルナゴール（エヴェリン）、カニンガム（マーク）、アダムス（クリストファー）、エヒターマイヤー（クリストフ）、シモノット（ジェニファー）、カイザー（マーカス）、スワン（ダニエル）、フレッチャー（マーティ）、ロード（フィリップ）。神経科学調査に関する最小限の情報（MINI）電気生理学。Nature Precedings < http://hdl.handle.net/10101/npre.2008.1720.1 > (2008)
  7. ^ "MIFlowCyt - FICCS Wiki" . 2007年5月20日. 2007年5月20日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年4月21日閲覧。
  8. ^ 「MIFlowCyt標準 - ISAC勧告 - フローサイトメトリーのバイオインフォマティクス標準」flowcyt.sourceforge.net . 2021年4月21日閲覧。
  9. ^ Loughran, Gary (2025). 「真核生物デュアル遺伝子発現レポーター（MINDR）を用いた実験における最小限の報告要件、デザイン、解釈に関するガイドライン」 . Nature Structural and Molecular Biology . 32 (3): 418– 430. doi : 10.1038/s41594-025-01492-x . PMC 12246961. PMID 40033152 .  
  10. ^ Leebens-Mack, J.; Vision, T.; Brenner, E.; Bowers, JE; Cannon, S.; Clement, MJ; Cunningham, CW; Depamphilis, C.; Desalle, R.; Doyle, JJ; Eisen, JA; Gu, X.; Harshman, J.; Jansen, RK; Kellogg, EA; Koonin, EV; Mishler, BD; Philippe, H.; Pires, JC; Qiu, YL; Rhee, SY; Sjölander, K.; Soltis, DE; Soltis, PS ; Stevenson, DW; Wall, K.; Warnow, T.; Zmasek, C. (2006). 「系統発生報告の標準に向けた第一歩：系統発生解析に関する最小限の情報（MIAPA）」 . OMICS: 統合生物学ジャーナル. 10 (2): 231–7 . doi : 10.1089/omi.2006.10.231 . PMC 3167193. PMID 16901231 .  
  11. ^ Struwe, WB; et al. (2016). 「グリコミクス実験（MIRAGE）プロジェクトに必要な最小限の情報：グリコミクスデータセットの信頼性の高い報告のためのサンプル調製ガイドライン」 . Glycobiology . 26 ( 9): 907– 910. doi : 10.1093/glycob/cww082 . PMC 5045532. PMID 27654115 .  
  12. ^ York, WS; et al. (2014). 「MIRAGE：グリコミクス実験に必要な最小限の情報」 . Glycobiology . 24 (5): 402– 406. doi : 10.1093/glycob/cwu018 . PMC 3976285. PMID 24653214 .  
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