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| コンテンツ | |
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| 説明 | MOPEDは、一貫して処理されたマルチオミクスデータを通じて発見を可能にします |
| 接触 | |
| 研究センター | シアトル小児研究所 |
| 著者 | ロジャー・ヒグドン |
| 主な引用 | ヒグドンRら[ 1] |
| 発売日 | 2012 |
| アクセス | |
| Webサイト | モペット |
マルチオミクスプロファイリング発現データベース（MOPED）は、モデル生物およびヒトに関する公開研究からのトランスクリプトミクスおよびプロテオミクス情報の迅速な閲覧をサポートする、拡張可能なマルチオミクスリソースでした。[2]現在（2021年）では活動を停止しており、オンラインでアクセスすることはできません。[3]
体系的なタンパク質調査研究環境
MOPEDは、より広範な研究コミュニティ向けにデータの比較と共有を簡素化するために設計されている。MOPEDは、標準化された解析パイプラインSPIRE [4]を採用し、タンパク質レベルの絶対および相対発現データ、メタ解析機能、定量データを独自に提供する。処理済みの相対発現トランスクリプトミクスデータは、Gene Expression Omnibus (GEO)から取得した。データは、特定のタンパク質や遺伝子について照会したり、生物、組織、局在、状態に基づいて閲覧したり、偽発見率や発現で並べ替えたりすることができる。MOPEDを使用すると、ユーザーは自分の発現データを視覚化し、既存の研究と比較することができる。さらに、MOPEDは、GeneCards、Panther、Entrez、UniProt、KEGG、SEED、Reactomeなどのさまざまなタンパク質およびパスウェイデータベースにリンクしている。タンパク質と遺伝子の識別子は、GeneCards（MOPEDと相互参照）、Genbank、RefSeq、UniProt、WormBase、Saccharomyces Genome Database (SGD)から統合されている。 MOPEDの現在のバージョン（MOPED 2.5、2014年）には、約260件の実験と約390件の条件を含む、合計約500万件の記録が含まれています。MOPEDは、シアトル小児研究所のKolkerチームによって開発およびサポートされています。
モデル生物タンパク質発現データベース
MOPEDは以前はモデル生物タンパク質発現データベースとして知られていましたが、その後マルチオミクスプロファイリング発現データベースに名称が変更されました。[5] [6]
参考文献
- ^ Higdon R; Stewart E; Stanberry L; Haynes W; Choiniere J; Montague E; Anderson N; Yandl Y; Janko I; Broomall W; Fishilevich S; Lancet D; Kolker N; Eugene Kolker. (2014年1月). 「MOPEDは一貫して処理されたプロテオミクスデータを通じて新たな発見を可能にする」J Proteome Res . 13 (1): 107– 113. doi :10.1021/pr400884c. PMC 4039175. PMID 24350770 .
- ^ Kolker E, Higdon R, Haynes W, Welch D, Broomall W, Lancet D, Stanberry L, Kolker N (2012年1月). 「MOPED: モデル生物タンパク質発現データベース」. Nucleic Acids Res . 40 (データベース号): D1093–9. doi :10.1093/nar/gkr1177. PMC 3245040. PMID 22139914 .
- ^ 「Moped Webアプリケーションを起動する」www.proteinspire.org。2014年4月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。
- ^ Kolker E, Higdon R, Morgan P, Sedensky M, Welch D, Bauman A, Stewart E, Haynes W, Broomall W, Kolker N (2011年12月). 「SPIRE：体系的なタンパク質調査研究環境」. J Proteomics . 75 (1): 122–6 . doi :10.1016/j.jprot.2011.05.009. PMID 21609792.
- ^ Kolker, Eugene; Higdon, Roger; Haynes, Winston; Welch, Dean; Broomall, William; Lancet, Doron; Stanberry, Larissa; Kolker, Natali (2011-12-01). 「MOPED: モデル生物タンパク質発現データベース」. Nucleic Acids Research . 40 (D1): D1093– D1099. doi :10.1093/nar/gkr1177. ISSN 1362-4962. PMC 3245040. PMID 22139914 .
- ^ Montague, Elizabeth; Janko, Imre; Stanberry, Larissa; Lee, Elaine; Choiniere, John; Anderson, Nathaniel; Stewart, Elizabeth; Broomall, William; Higdon, Roger; Kolker, Natali; Kolker, Eugene (2015-01-28). 「タンパク質発現を超えて、MOPEDはマルチオミクスへ」Nucleic Acids Research . 43 (D1): D1145– D1151. doi :10.1093/nar/gku1175. ISSN 1362-4962. PMC 4383969. PMID 25404128 .
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