NAMD

ナノスケール分子動力学
ナノスケール分子動力学
開発者	イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校：理論・計算生物物理学グループ（TCBG）、並列プログラミング研究所（PPL）
初回リリース	1995 （1995年）
安定版リリース	2.14 / 2020年8月5日 ( 2020-08-05 )
リポジトリ	gitlab .com /tcbgUIUC /namd;
書かれた	C++
オペレーティング·システム	クロスプラットフォーム: Windows、Linux、macOS、Unix
プラットフォーム	x86、x86-64
入手可能な	英語
タイプ	分子動力学シミュレーション
ライセンス	非商用利用のための独自のフリーウェア
Webサイト	www .ks .uiuc .edu /リサーチ/namd

ナノスケール分子動力学（NAMD、旧称Not Another Molecular Dynamics Program）^{[ 1 ]}は、 Charm++並列プログラミングモデル（ CHARMMと混同しないでください）を使用して書かれた分子動力学シミュレーション用のコンピュータソフトウェアです。並列効率に優れており、大規模システム（数百万原子）のシミュレーションによく使用されます。^[²^]イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の理論・計算生物物理学グループ（TCB）と並列プログラミング研究所（PPL）の共同研究によって開発されました。

NAMDは1995年にNelsonらによって、可視化コードVMDと連携することでインタラクティブなシミュレーションを可能にする並列分子動力学コードとして導入されました。NAMDはその後成熟し、多くの機能が追加され、50万プロセッサコアを超える規模まで拡張できるようになりました。^{[ 3 ]}

NAMDは、量子化学パッケージORCAおよびMOPACへのインターフェースを備えているほか、他の多くの量子パッケージへのスクリプトインターフェースも備えています。^{[ 4 ]} Visual Molecular Dynamics（VMD）およびQwikMDと組み合わせることで、 ^{[ 5 ]} NAMDのインターフェースは、統合された包括的でカスタマイズ可能で使いやすいスイートで、ハイブリッドQM/MMシミュレーションへのアクセスを提供します。 ^{[ 6 ]}

NAMD は、個人、学術機関、企業が社内業務で使用する非商用のフリーウェアとしてご利用いただけます。

参照

参考文献

^ 「並列分子動力学コードにおける柔軟性と相互運用性」（追記）。
^ 「NAMD 並列オブジェクト指向分子動力学プログラム」(PDF)。
^ 「NAMD: スケーラブルな分子動力学」理論・計算生物物理学グループ（TCB）イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校2016年8月1日閲覧。
^ 「ハイブリッドQM/MM NAMD」理論・計算生物物理学グループ（TCB）イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校2018年3月26日閲覧。
^ Ribeiro, João V.; Bernardi, Rafael C.; Rudack, Till; Stone, John E.; Phillips, James C.; Freddolino, Peter L.; Schulten, Klaus (2016). 「QwikMD - 初心者と専門家のための統合分子動力学ツールキット」 . Scientific Reports . 6 26536. Bibcode : 2016NatSR...626536R . doi : 10.1038/srep26536 . PMC 4877583. PMID 27216779 .
^メロ、マルセロ C R.;ベルナルディ、ラファエル C.ルダック、ティル。シューラー、マクシミリアン。リプリンジャー、クリストフ。フィリップス、ジェームス C.マイア、フリオ D.C.ロシャ、ゲルト B.リベイロ、ジョアン V.ストーン、ジョン E.ニース、フランク。シュルテン、クラウス。ルーセイ＝シュルテン、ザイダ（2018）。「NAMD が量子に移行: ハイブリッドシミュレーション用の統合スイート」ネイチャーメソッド。15 (5): 351–354 .土井: 10.1038/nmeth.4638。PMC 6095686。PMID 29578535。