| 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイル-CoA合成酵素 | |||||||||
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 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイル-CoA合成酵素ヘキサマー、結核菌 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| EC番号 | 4.1.3.36 | ||||||||
| CAS番号 | 72506-71-9 | ||||||||
| データベース | |||||||||
| インテンズ | IntEnzビュー | ||||||||
| ブレンダ | ブレンダエントリー | ||||||||
| エクスパス | NiceZymeビュー | ||||||||
| ケッグ | KEGGエントリー | ||||||||
| メタサイクル | 代謝経路 | ||||||||
| プリアモス | プロフィール | ||||||||
| PDB構造 | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| 遺伝子オントロジー | アミゴー / クイックゴー | ||||||||
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1,4-ジヒドロキシ -2-ナフトイルCoAシンターゼ（EC 4.1.3.36）は、ビタミンKの2つの形態であるフィロキノンとメナキノンの生合成における第6段階を触媒する。大腸菌では、 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイルCoAシンターゼ（以前はナフトエ酸シンターゼとして知られていた）はmenBによってコードされており、O-スクシニルベンゾイルCoAを基質として1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイルCoAに変換する。[1]
命名法
MenBはクロトナーゼフォールドスーパーファミリーに属し、その構造におけるクロトナーゼフォールドにちなんで名付けられました。 [1] MenBの系統名は4-(2-カルボキシフェニル)-4-オキソブタノイル-CoA脱水酵素（環化酵素）です。[ 2 ]その他の一般的な名称には以下が含まれます。
- ナフトエ酸合成酵素
- 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトエ酸合成酵素
- ジヒドロキシナフトエ酸合成酵素
- DHNA-CoA合成酵素
反応
[3]
当初、この反応の生成物はSCoAが存在する場所に酸素を付加すると考えられていましたが、新たな研究により、MenBは上記の反応のみを触媒することが示されました。SCoAを切断して酸素を付加する別の酵素が存在します。
構造
MenBは非対称ユニットを構成する2つのヘキサマーから構成され、これらのヘキサマーはそれぞれ2つのトリマーが重なり合うように配置されています。ヘキサマーの各サブユニットは、C末端に3つの αヘリックスとN末端に1つのスパイラルコアを有しています。これらのサブユニットが集まって酵素の活性部位を形成します。 [1]
酵素の中央に見えるαヘリックスによって形成されたチャネルは活性部位へとつながっています。この開口部は酵素の上部と下部の両方に存在するため、基質は酵素の中央にある活性部位への異なる入口から進入することができます。
大腸菌の MenB については 6 つの異なる結晶構造が研究されており、それらの PDB コードは 3t88、3t89、4els、4elw、4elx、4i42 です。
このクラスの酵素の他の構造は、 PDBアクセス コード 1Q51、1Q52、1RJM、1RJN、および 2IEX で解明されています。
ホモログ
MenB相同 遺伝子は、 Galium mollugo、Geobacillus kaustophilus、Mycobacterium phlei、Mycobacterium tuberculosis、Spinacia oleracea、Staphylococcus aureusなど、さまざまな生物に存在します。 [2]
MenBは植物と細菌の生合成経路にのみ存在し、他の生物には存在しません。しかし、哺乳類は血液凝固プロセスに不可欠なビタミンKを食事から摂取する必要があります。
補因子/阻害剤
MenB は反応を触媒するのに 補因子を必要としません。
大腸菌には、1-ヒドロキシ-2-ナフトイル-CoA、2,3-ジヒドロキシベンゾイル-CoA、2,4-ジヒドロキシベンゾイル-CoA の 3 つの阻害剤が存在します。
参考文献
- ^ abc Sun Y, Song H, Li J, Li Y, Jiang M, Zhou J, Guo Z (2013年4月26日). 「クロトナーゼフォールドスーパーファミリー由来の1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイルコエンザイムA合成酵素の誘導適合機構の構造的基盤」. PLOS ONE . 8 (4) e63095. Bibcode :2013PLoSO...863095S. doi : 10.1371/journal.pone.0063095 . PMC 3637252. PMID 23658663 .
- ^ ab 「EC 4.1.3.36 - 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイル-CoA合成酵素に関する情報」BRENDA 2014年7月 . 2014年12月2日閲覧。
- ^ van Oostende C, Widhalm JR, Furt F, Ducluzeau AL, Basset GJC (2011). Fabrice Rébeillé, Roland Douce (編). 「フィロキノン（ビタミンK1）：機能、酵素、遺伝子」. Advances in Botanical Research . 59.アムステルダム：Academic Press: 229– 61. doi :10.1016/B978-0-12-385853-5.00001-5.
- Kolkmann R, Leistner E (1987). 「4-(2'-カルボキシフェニル)-4-オキソブチリルコエンザイムAエステル、ビタミンK2（メナキノン）生合成中間体」Z. Naturforsch. C. 42 ( 11– 12 ): 1207– 14. doi : 10.1515/znc-1987-11-1212 . PMID 2966501. S2CID 41701934.
- Meganathan R, Bentley R (1979). 「メナキノン（ビタミンK2）生合成：Mycobacterium phleiの酵素によるo-スクシニル安息香酸から1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトエ酸への変換」J. Bacteriol . 140 (1): 92–8 . doi :10.1128/JB.140.1.92-98.1979. PMC 216783. PMID 500558 .
