近隣ネット

NeighborNet ^[1]は、近傍結合アルゴリズムに大まかに基づいた系統ネットワーク構築アルゴリズムです。近傍結合と同様に、この手法は距離行列を入力として受け取り、クラスターを凝集させることで機能します。しかし、NeighborNetアルゴリズムは、重なり合って階層を形成しないクラスターの集合を生成する可能性があり、それらは分割グラフと呼ばれる系統ネットワークの一種を用いて表現されます。距離行列がカルマンソンの組合せ条件を満たす場合、NeighborNetは対応する循環順序を返します。^[2]^{[3]この手法は、}SplitsTreeおよびR /Phangorn ^[4]^[5]パッケージに実装されています。

^{ネイバーネットの応用例としては、ウイルス学、 [6]}園芸学、^[7]恐竜遺伝学、^[8] 比較言語学、^[9]考古学などがあります。 ^[10]

参考文献

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[10] Shennan S (2009).文化進化におけるパターンとプロセス. カリフォルニア大学出版局.