ネットパス
ネットパス
NetPath のホームページのスクリーンショット。
コンテンツ
説明厳選されたシグナル伝達経路。
接触
研究室バンガロールのバイオインフォマティクス研究所
主な引用カンダサミーら（2010）[1]
発売日2010
アクセス
Webサイトhttp://www.netpath.org

NetPath [1]は、ヒトのシグナル伝達経路を手動でキュレーションしたリソースです。ジョンズ・ホプキンス大学のPandey研究室とインドのバンガロールにあるバイオインフォマティクス研究所（IOB）[2]の共同研究であり、他の団体も開発に取り組んでいます。

NetPath は、免疫システムの調節に主要な役割を果たす 10 個の経路と、がんの調節に関連する10 個の経路を含む 45 個のシグナル伝達経路をホストします。

概要

45のパスウェイには、タンパク質間相互作用、翻訳後修飾（PTM）をもたらす酵素-タンパク質基質反応、そして特定のリガンド受容体パスウェイの活性化によって異なる制御を受ける遺伝子のカタログに関する情報が含まれています。PTMまたはリガンド受容体パスウェイの下流で起こる特定のタンパク質間相互作用によって異なる細胞小器官に局在する分子は、転座イベントとして利用できます。最近、NetPathは免疫シグナル伝達経路における遺伝子の転写制御に関与する分子もキュレーションしました。NetPathの反応は、博士号レベルの科学者によって、発表された研究論文で入手可能な実験的証拠に基づいてキュレーションされています。NetPathには、PTM、PTMの様々なシグナル伝達反応への依存性、細胞内局在、タンパク質相互作用ドメインまたはモチーフ、そして反応が証明された細胞の種類または細胞株に関する情報を含む、反応のテキスト記述も含まれています。NetPathの情報は対応する研究論文にリンクされており、頻繁に更新されます。各パスウェイは、パスウェイの専門家と当局による さまざまなレベルの内部品質チェックとピアレビューの対象となります。

発達

NetPathは、パスウェイリソースのアノテーションと開発のためのオープンソースソフトウェアアプリケーションであるPathBuilderを使用して開発されました。[3] PathBuilderは、タンパク質間相互作用、酵素-基質関係、タンパク質輸送イベントなどの分子イベントのアノテーションを、手動または自動で行うことができます。PathBuilderの機能には、データ形式の自動検証、パスウェイを視覚化するための組み込みモジュール、他のパスウェイリソースからのデータの自動インポート、複数の標準データ交換形式でのデータのエクスポート、パスウェイデータセットを取得するためのアプリケーションプログラミングインターフェースなどがあります。

データの可用性

45のパスウェイはすべて、 BioPAX、PSI-MI、SBML形式で無料でダウンロードできます。BioPAXは、パスウェイデータ交換における新たな標準規格です。パスウェイは、アダプティブ・クリエイティブ・コモンズ・ライセンス2.5に基づいて提供されています。 このライセンスでは、著者に適切なクレジットを付与すればパスウェイを自由に使用できます。

免疫シグナル伝達経路

Netpath では次の免疫シグナル伝達経路がホストされています。

  • B細胞受容体経路[4]
  • T細胞受容体経路[5]
  • インターロイキン-1経路[6]
  • インターロイキン-2経路[7]
  • インターロイキン-3経路[8]
  • インターロイキン-4経路[9]
  • インターロイキン-5経路[10]
  • インターロイキン-6経路[11]
  • インターロイキン-7経路[12]
  • インターロイキン-9経路[13]

がんシグナル伝達経路

がんシグナル伝達経路は、メモリアル・スローン・ケタリングがんセンターの計算生物学センターおよびトロント大学Bader研究所と共同で開発され、「がん細胞マップ」に利用されています。以下のがんシグナル伝達経路はNetpathでホストされています。

  • 上皮成長因子受容体経路[14]
  • トランスフォーミング成長因子β受容体経路[15]
  • 腫瘍壊死因子α経路[16]
  • アルファ6ベータ4インテグリン経路[17]
  • DNA結合経路の阻害剤[18]
  • ヘッジホッグ経路[19]
  • ノッチ経路[20]
  • Wnt経路[21]
  • アンドロゲン受容体経路[22]
  • キット受容体経路[23]

現在の統計

キュレーションされた経路 45
関与する分子 1,053
物理的な相互作用 2,448
転写制御される遺伝子 7,401
輸送 284
酵素触媒 1,597
PubMed引用 2,228

コミュニティ参加プログラム

コミュニティ参加プログラムは、インドの様々な大学の学生にパスウェイ反応のキュレーションに関するトレーニングを提供することを目的としています。これは、インド・バンガロールのバイオインフォマティクス研究所（IOB）が主導する共同プログラムであり、ジョンズ・ホプキンス大学（米国）のAkhilesh Pandey研究室とカナダ・トロント大学のGary Bader研究室が 積極的に参加しています 。現在、ポンディシェリ大学、プネ大学、マイソール大学の3つの主要インドの大学の学生がこのコミュニティ活動に参加しています。

参考文献

  1. ^ ab カンダサミー、クマラン;モハン、スジャータ。ラジュ、ラジェシュ。ケルティクマール、シヴァクマール。クマール、ガンタサラ・S・サミール。ヴェヌゴパル、アビラッシュ K;テリキチェラ、ディープティ。ナバロ、ダニエル・J;マティヴァナン、スレシュ (2010)。 「NetPath: 厳選されたシグナル伝達経路の公開リソース」。ゲノム生物学。１１（１）：Ｒ３．土井：10.1186/gb-2010-11-1-r3。PMC  2847715。PMID  20067622。
  2. ^ アキレス・パンディ博士の研究室
  3. ^ Kandasamy, K.; Keerthikumar, S.; Raju, R.; Keshava Prasad, TS; Ramachandra, YL; Mohan, S.; Pandey, A. (2009). 「PathBuilder - パスウェイリソースのアノテーションと開発のためのオープンソースソフトウェア」. Bioinformatics . 25 (21): 2860–2 . doi :10.1093/bioinformatics/btp453. PMC 2781757. PMID  19628504 . 
  4. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  5. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  6. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  7. ^ “NetPath - シグナル伝達経路”. 2020年1月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。2009年8月28日閲覧。
  8. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  9. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  10. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  11. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  12. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  13. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  14. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  15. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  16. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  17. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  18. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  19. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  20. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  21. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  22. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
  23. ^ 「NetPath - シグナル伝達経路」。
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