ニコス・キルピデス
ニコス・キルピデス
Νίκος X. Κυρπίδης
生まれる（1963年11月11日）1963年11月11日
セレス、ギリシャ
母校アリストテレス大学テッサロニキ
知られている微生物ゲノミクス、メタゲノミクス、マイクロバイオーム、ウイルスーム、マイクロバイオームデータサイエンス
科学者としてのキャリア
フィールドバイオインフォマティクス、微生物学、ウイルス学、計算生物学、データサイエンス
機関ローレンス・バークレー国立研究所共同ゲノム研究所
学術アドバイザーカール・ウーゼ、ロス・オーバービーク
Webサイトhttps://jgi.doe.gov/our-science/scientists-jgi/nikos-kyrpides/

ニコス・キルピデス（ギリシャ語：Νίκος Κυρπίδης）は、生命の起源、情報処理、バイオインフォマティクス、微生物学、メタゲノミクス、マイクロバイオームデータサイエンスの研究を行っているギリシャ系アメリカ人の生物科学者です。[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]彼はバークレー国立研究所の上級スタッフサイエンティストであり、[ 4 ]原核生物スーパープログラムの責任者であり、 [ 5 ]米国エネルギー省合同ゲノム研究所のマイクロバイオームデータサイエンスプログラム[ 6 ]を率いています。[ 7 ]

教育

キルピデス氏はギリシャのセレスで生まれ、テッサロニキのアリストテレス大学で生物学を学び、クレタ大学で分子生物学とバイオテクノロジーの博士号を取得しました。イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校でカール・ウーゼ氏に師事して微生物学のポスドク研究を行い、アルゴンヌ国立研究所ではロス・オーバービーク氏に師事してバイオインフォマティクスの研究を行いました。1999年から2004年までシカゴのバイオテクノロジー業界で働き、ゲノム解析とバイオインフォマティクスの開発を主導しました。 2004年には米国エネルギー省合同ゲノム研究所（JGI）に加わり、ゲノム生物学プログラムを主導し、微生物ゲノムとメタゲノムのデータ管理と比較解析プラットフォームを開発しました。キルピデス氏は 2010 年にメタゲノミクス プログラムの責任者となり、2011 年に原核生物スーパー プログラムを設立しました。現在もマイクロバイオーム データ サイエンス グループとともにこのプログラムを率いています。

研究

キルピデスの初期の研究は、遺伝暗号の起源と進化に焦点を当てていた。クリストス・ウーズニスと共同で、彼は逆解釈として知られるタンパク質から核酸への情報伝達に関する一連の仮説を立てた。[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]ゲノミクスの到来とともに、キルピデスは最後の普遍的共通祖先に関する研究と理解に関心を向けた。彼はウーズニスとともに、フランスのレ・トレイユでパトリック・フォルテールが主催した会議で「LUCA」という頭字語を作り出し、LUCAの遺伝子内容を予測するための最初の比較ゲノム解析を行った。[ 11 ] [ 12 ]キルピデスの情報処理システムに関する研究は、それまで疑われていなかったいくつかの関係性を明らかにし、それらのプロセスの進化に関する新しいモデルを示唆した。彼は真核生物と細菌の翻訳機構の間にこれまで発見されていなかった関係性を明らかにし、翻訳開始の原型が普遍祖先段階ですでに存在していたことを示唆した。[ 13 ] [ 14 ]キルピデスの転写進化に関する研究は、古細菌の転写機構の性質と組織に関する理解を変えるのに貢献した。当時の理解は、古細菌の転写は真核生物の転写と厳密に類似しているというものだった。キルピデスとウズニスは、古細菌ゲノム中に多数の細菌型転写因子が並行して存在することを実証した。[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]

彼は微生物ゲノミクスとメタゲノミクスにおける先駆的なデータ管理システムの開発を主導し、それらは科学界で広く利用されている（世界中に数千人のユーザーがいる）。[ 18 ]これらには、ゲノムプロジェクトとその関連メタデータのデータ管理とキュレーションを行うシステム（Genomes OnLine Database（GOLD）など） [ 19 ]や比較ゲノミクスシステム（ERGO [ 20 ]やIntegrated Microbial Genomes（IMG）など） [ 21 ] [ 22 ]が含まれる。

キルピデス氏の現在の研究は、マイクロバイオーム研究、特にマイクロバイオームデータサイエンスに重点を置いています。これには、様々な微生物や微生物群集の構造と機能の理解、そして微生物ゲノムを形成する進化ダイナミクスの解明が含まれます。これを実現するために、同氏のグループは、大規模な比較分析、ビッグデータのマイニングと可視化を可能にする新しい計算手法を開発しています。同氏は、メタゲノミクスにおける手法の精度評価に標準ベンチマークデータを使用するという初の研究を提案し、発表しました。[ 23 ]このアプローチは、この分野の標準となっています。[ 24 ]キルピデス氏のマイクロバイオームデータサイエンスにおける最近の研究には、地球のウイルス群の探査、[ 25 ] [ 26 ]新しい細菌門の同定、 [ 27 ]メタゲノム配列を用いた新しいフォールドの予測、[ 28 ]マイクロバイオームデータからの新しいタンパク質ファミリーの発見と特性評価などがあります。[ 29 ]

国際的な取り組み

キルピデス氏は2007年、ギリシャでMikroBioKosmos（MBK）イニシアチブを開始し、国産微生物資源の探索と商業利用を目指しました。MikroBioKosmosは学会となり、キルピデス氏は初代会長に就任しました。彼はギリシャの2つのバイオインフォマティクス学会、すなわち2010年に設立されたHellenic Society of Computational Biology and Bioinformatics（HSCBB）と2016年に設立されたHellenic Bioinformaticsの創設メンバーでもあります。また、キルピデス氏は国際的なゲノム標準コンソーシアム（GSC）[ 31 ]の理事[ 30 ]でもあります。GSCは、ゲノムデータの統合、発見、そして国際的なコミュニティ主導の標準との比較を可能にすることを目的としています。

彼は2007年にハンス・ペーター・クレンク、フィリップ・フーゲンホルツ、ジョナサン・アイゼンとともにJGIで細菌と古細菌のゲノム百科事典（GEBA）プロジェクトと微生物地球プロジェクトを開始し、 [ 32 ]系統学的に多様な培養微生物のゲノム特性評価を向上させることを目標とした。[ 33 ]後者のプロジェクトは、一連のGEBA1000ゲノムプロジェクトを通じて、細菌と古細菌のすべてのタイプ株の配列を決定する国際的な取り組みに発展した。 [ 34 ] [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] 2010年末の微生物ゲノム配列の急速な増加は、標準化された方法でこれらのプロジェクトを説明する並行した場がない状態で、この情報を収集してコミュニティに提示するためのクリアリングハウスとなる新しい科学フォーラムの必要性につながった。このアイデアから、キルピデス、ジョージ・ギャリティ、ドーン・フィールドは新しい科学雑誌「Standards in Genomic Sc​​iences （SIGS）」を創刊し、これはBioMed Centralの一部となった。[ 39 ] [ 40 ]

キルピデスは2009年に、地球上で最も豊富な生命の研究と探査のために、NASAに相当する微生物環境ゲノム局の設立を提案した。 [ 41 ] 2016年、マイクロバイオームデータの爆発的な増加を受けて、彼はマイクロバイオームデータ分析のための共通インフラストラクチャの必要性を概説し、後に国立マイクロバイオームデータ共同体と改名される国立マイクロバイオームデータセンター（NMDC）の開発を提案した。[ 42 ] [ 43 ]キルピデスはエミリー・エロエ＝ファドロッシュとともに、ジョイントゲノム研究所でこのイニシアチブを立ち上げる最初のNMDCワークショップを組織した。これに続き、2017年にはアメリカ微生物学会が主催してこのイニシアチブを促進するための追加のワークショップが開催された。[ 44 ]

賞と栄誉

キルピデスは、ローレンス・バークレー国立研究所所長から2022年優秀科学功績賞、アメリカ微生物学会から2018年USFCC/J.ロジャー・ポーター賞、 [ 45 ]国際微生物学会連合（IUMS）から2014年ファン・ニール国際細菌分類学研究賞、[ 46 ]ローレンス・バークレー国立研究所から2007年優秀業績賞、エンピリキオン財団から2012年学術優秀賞など、数々の賞を受賞している。彼はアメリカ微生物学会（AAM）の選出フェロー（2014年）であり、[ 47 ]トムソン・ロイターの世界で最も引用されている科学者のリストに2014年以来掲載されている。 [ 48 ] [ 49 ]細菌属（キルピディア）は2011年にキルピデスにちなんで命名された。[ 50 ] 2017年、彼はテッサロニキのアリストテレス大学から名誉博士号を授与された。[ 51 ]

ロゴ
Scholia にはNikos Kyrpidesの著者プロフィールがあります。

参考文献

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