OpenEye 科学ソフトウェア

OpenEye 科学ソフトウェア

会社の種類	子会社
業界	コンピュータソフトウェア 研究開発 バイオテクノロジー ケミインフォマティクス
設立	1997 (1997)
創設者	アンソニー・ニコルズ[ 1 ]
本部	ニューメキシコ州サンタフェ 、 アメリカ合衆国
主要人物	アンソニー・ニコルズ（CEO）[ 1 ]
従業員数	130（2022）[ 1 ]
親	ケイデンス・デザイン・システムズ
Webサイト	www.eyesopen.com​​

OpenEye Scientific Softwareは、 1997年にアンソニー・ニコルズによって設立されたアメリカのソフトウェア会社です。^{[ 1 ]}大規模な分子モデリングアプリケーションとツールキットを開発しています。 2022年9月にCadence Design Systemsが5億ドルで買収した後 、OpenEyeはOpenEye Cadence Molecular Sciencesに社名変更され、Cadence傘下の事業部門として事業を展開しています。^{[ 2 ] [ 1 ]}

範囲

主に創薬と設計を目的としており、応用分野にはコンフォメーション生成、ドッキング、形状比較、電荷／静電、ケモインフォマティクス、可視化などが含まれます。このソフトウェアは、科学的厳密さに加え、スピード、スケーラビリティ、プラットフォーム非依存も考慮して設計されています。

OpenEyeは、その技術の多くをカスタム開発に適したツールキットとして提供しています。これらのツールキットは、C++、Python、Java、C#といった複数の言語で利用可能です。

アプリケーションソフトウェア

• AFITT -結晶構造の改良と分析。
• BROOD -形状、化学、静電的類似性を使用したバイオアイソスターの識別。
• EON -静電気オーバーレイの比較による化学的類似性分析。
• FastROCS - GPU テクノロジーを使用したリアルタイムの 3D 分子形状検索。
• フィルター -物理的特性または官能基に基づいた分子のスクリーニングと選択。
• OEDocking - FRED (高速ドッキング)、HYBRID (リガンド ガイド ドッキング)、POSIT (リガンド ガイド ポーズ予測) などの分子ドッキング ツール。
• OMEGA - 線状分子およびマクロ環状分子の高速かつ正確なコンフォーマー生成。
• pKa Prospector - 高品質の pKa 測定値のデータベース。
• QUACPAC - 小分子およびタンパク質の互変異性体、プロトン化状態および電荷。
• ROCS -高速 3D 分子形状検索による化学的類似性分析。
• SZMAP - リガンド効力を向上させるために、タンパク質結合部位の水分部位を特定します。
• SZYBKI -気相、溶液、またはタンパク質活性部位内のリガンドの高速力場最適化。
• VIDA -分子構造と情報の企業コレクションを視覚化し、分析し、管理するグラフィカル ユーザー インターフェイス。

ツールキット

より幅広いアプリケーションに、特定の機能セットへのオブジェクト指向のアクセシビリティを提供するプログラミング ライブラリ。

• OEChem TK - コア分子処理、ケモインフォマティクス、および 3D 分子データ処理。
• Bioisostere TK - 3D フラグメントの置換。
• OEDepict TK - 2D 分子のレンダリングと描写。
• OEDocking TK - 分子のドッキングとスコアリング。
• OEFF TK - 分子の目的関数、アダプター、および最適化ツール。
• Grapheme TK - 複雑な 3D 情報を 2D に変換して分析を簡素化します。
• GraphSim TK - 2D 分子指紋と類似性計算。
• EON TK - 3D 静電気の説明、最適化、オーバーラップ比較。
• FastROCS TK - 非常に高速な形状比較。
• Lexichem TK - 複数の外国語をサポートする最先端の化合物名と構造の相互変換。
• MolProp TK - 分子特性の計算とフィルタリング。
• MedChem TK - マッチした分子ペア分析、フラグメンテーションユーティリティ、および分子複雑性メトリック。
• Quacpac TK - 互変異性体の列挙と電荷の割り当て。
• Omega TK - 迅速かつ正確なコンフォーマー生成。
• Shape TK - 3D 分子形状の記述、最適化、およびオーバーラップの比較。
• Sitehopper TK - GPU 対応の高速結合サイト比較。
• Spicoli TK - 分子表面の迅速な生成、操作、および調査。
• Spruce TK - タンパク質の調製とモデリング。
• Szmap TK - タンパク質結合部位における水の相互作用を理解する。
• Szykbi TK - 力場を用いた分子エネルギー論。分子構造最適化などの一般化関数最適化。
• Zap TK - 効率的なポアソン・ボルツマン静電ソルバー。

参照

• 計算化学

参考文献

1. Vitu, Teya (2022年8月23日). 「シリコンバレーの企業がサンタフェのOpenEye Scientificの買収を模索」 .サンタフェ・ニューメキシカン.
2. ケラー、クリス（2022年9月1日）「サンタフェに拠点を置く企業を約5億ドルで買収」アメリカン・シティ・ビジネス・ジャーナル。

• 「ダウンロードとアップグレード：AFITT 2.3、GenBank 197.0、およびタンパク質データバンク」 BioInform 、 Genomeweb LLC、2013年8月16日。 2013年8月28日閲覧。
• 「OpenEye Scientific Software, Inc.の会社概要」 . Bloomberg Businessweek . Bloomberg LP. 2009年3月5日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年8月28日閲覧。
• Yang, Jeremy J. (2011年秋). 「ケミインフォマティクスソフトウェア開発：ケーススタディ」(PDF) . インディアナ大学情報科学・コンピューティング学部. 2013年8月28日閲覧.
• https://docs.eyesopen.com/toolkits/python/intro.html

外部リンク

• 公式サイト