| パスビジオ | |
|---|---|
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| 初回リリース | 2008 |
| 安定版リリース | 3.3.0 / 2018年1月28日 |
| リポジトリ | |
| 書かれた | ジャワ |
| オペレーティング·システム | 任意（Javaベース） |
| タイプ | パスウェイの編集、分析、視覚化 |
| ライセンス | アパッチ2.0 |
| Webサイト | www.pathvisio.org |
PathVisioは、オープンソースの無料パスウェイ解析・描画ソフトウェアです。生物学的パスウェイの描画、編集、解析が可能です。パスウェイに関する実験データを視覚化することで、データセット内で過剰に表現されている関連パスウェイを特定することも可能です。[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]
PathVisioは、経路の描画、分析、視覚化のための基本的な機能を提供します。[ 4 ] [ 5 ]追加機能はプラグインとして利用できます。
歴史
PathVisioは主にマーストリヒト大学とグラッドストーン研究所で作成されました。[ 6 ]ソフトウェアはJavaで開発されており、 WikiPathwaysフレームワークの一部としてアプレットとしても使用されています。 [ 7 ] バージョン3.0（2012年リリース）以降、プラグインはOSGi準拠となり、プラグインを説明するプラグインディレクトリ（Wayback Machineに2015年3月11日にアーカイブ）が開発されました。2015年にバージョン3.2がリリースされました。これは、証明機関が発行した証明書で署名された最初のバージョンでした。Java 1.7および1.8の新しいセキュリティルールによって発生した実行時の多くの問題が解決されました。2013年以来、アプレットを置き換えるJavaScriptバージョン（PVJS）が開発されています。2015年からは小さな編集も可能になり、将来的には完全なエディターになる予定です。
特徴
- 経路の描画と注釈[ 8 ]
- パスウェイ解析[ 9 ]
- WikiPathwaysとの統合により編集/公開が簡単になります
- Cytoscapeとの統合[ 10 ]
- PathVisioRPCによる他のプログラミング言語との統合[ 11 ]
参考文献
- ^ “What is PathVisio?” 2013年9月23日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年9月19日閲覧。
- ^ van Iersel, Martijn P; Kelder, Thomas; Pico, Alexander R; Hanspers, Kristina; Coort, Susan; Conklin, Bruce R; Evelo, Chris (2008). 「PathVisio による生物学的経路の提示と探索」 . BMC Bioinformatics . 9 (1): 399. doi : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . PMC 2569944. PMID 18817533 .
- ^クトモン、マルティナ;ファン・アーセル、マーティン・P.ボーラー、アンウェシャ。ケルダー、トーマス。ヌネス、ヌーノ。ピコ、アレクサンダー R.エベロ、クリス・T。ロバート・F・マーフィー（2015年2月23日）。「PathVisio 3: 拡張可能なパスウェイ分析ツールボックス」。PLOS 計算生物学。11 (2) e1004085。ビブコード: 2015PLSCB..11E4085K。土井：10.1371/journal.pcbi.1004085。PMC 4338111。PMID 25706687。
- ^ Jaiswal, Pankaj; Usadel, Björn (2016). 「第4章 植物パスウェイデータベース」. Plant Bioinformatics . Springer. pp. 71– 87. ISBN 978-1-4939-3166-8。
- ^ Habermann, Bianca; Villaveces, Jose; Koti, Prasanna (2015年6月). 「分子ネットワーク、パスウェイ、およびオミクスデータの可視化と解析のためのツール」 .バイオインフォマティクスと化学の進歩と応用. 8 : 11–22 . doi : 10.2147/AABC.S63534 . PMC 4461095. PMID 26082651 .
- ^ “About/Core development team” . 2014年2月23日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年2月10日閲覧。
- ^アーカンソー州ピコ;ケルダー・T;ファン・アーセル議員。ハンスパースK;コンクリン BR;他。 (2008 年 7 月 22 日)。「WikiPathways: 人々のためのパスウェイ編集」。PLOS 生物学。6 (7) e184。土井：10.1371/journal.pbio.0060184。PMC 2475545。PMID 18651794。
- ^ 「チュートリアル1：PathVisioで経路を描画し、注釈を付ける」 。 2015年11月25日時点のオリジナルよりアーカイブ。2015年11月24日閲覧。
- ^ 「チュートリアル2：PathVisioでの実験データの分析（データのインポート、視覚化、統計）」。2015年11月25日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2015年11月24日閲覧。
- ^ Kutmon, Martina; Lotia, Samad; Evelo, Chris T; Pico, Alexander R (2014). 「Cytoscape向けWikiPathwaysアプリ：生物学的経路をネットワーク分析と可視化に適したものにする」. F1000Research . 3 : 152. doi : 10.12688/f1000research.4254.1 . ISSN 2046-1402 . PMC 4168754. PMID 25254103 .
- ^ボーラー、アンウェシャ;アイセン、ラースMT;ファン・アーセル、マーティン・P;リーマンズ、キリスト。ウィリハーゲン、エゴン L;クトモン、マルティナ。ジャイラード、マガリ。エベロ、クリス T (2015)。「あらゆるプログラミング環境から PathVisioRPC を使用してパスウェイ上のデータを自動的に視覚化し、分析します。 」 BMCバイオインフォマティクス。16 (1): 267.土井: 10.1186/s12859-015-0708-8。PMC 4546821。PMID 26298294。
外部リンク
