ペプチドアトラス

PeptideAtlasは、世界中からタンデム質量分析データセットを収集し、Trans-Proteomic Pipelineで再処理し、統合結果をコミュニティに無料で提供するプロテオミクスデータリソースです。Peptide Atlasは、ProteomeXchangeコンソーシアムの創設メンバーの一つです。

歴史

ペプチドアトラスの最初の構想は、システム生物学研究所のルディ・エーバーソルド研究室において、アノテーテッド・ペプチド・データベース（APD）のエリック・ドイチュとシャロン・チェンによって考案されました。この構想は、パラグ・マリックとフランク・デシエールの尽力によってさらに発展しました。ヒト実験のアンサンブルとして初めて発表されたのは、2004年の「ヒトペプチドアトラス」です。^[1]

このコンセプトは、ニコル・キング、ジー・サン、テリー・ファラー、デイブ・キャンベルの多大な努力により、長年にわたって他の多くの種にもさらに拡大されました。

現在の状況

PeptideAtlas は現在も、Eric Deutsch 氏が率いる Robert Moritz 氏の研究室にあるシステム生物学研究所で、Zhi Sun 氏と Dave Campbell 氏の多大な努力により、維持管理と開発が続けられています。

参照

外部リンク

PeptideAtlas ウェブサイト (www.peptideatlas.org)

参考文献

^ Desiere, Frank; Deutsch, Eric W.; Nesvizhskii, Alexey I.; Mallick, Parag; King, Nichole L.; Eng, Jimmy K.; Aderem, Alan; Boyle, Rose; Brunner, Erich; Donohoe, Samuel; Fausto, Nelson; Hafen, Ernst; Hood, Lee; Katze, Michael G.; Kennedy, Kathleen A.; Kregenow, Floyd; Lee, Hookeun; Lin, Biaoyang; Martin, Dan; Ranish, Jeffrey A.; Rawlings, David J.; Samelson, Lawrence E.; Shiio, Yuzuru; Watts, Julian D.; Wollscheid, Bernd; Wright, Michael E.; Yan, Wei; Yang, Lihong; Yi, Eugene C.; Zhang, Hui; Aebersold, Ruedi (2005). 「ハイスループット質量分析法によって得られたペプチド配列のヒトゲノムへの統合」ゲノム生物学6 ( 1): –9. doi : 10.1186/gb-2004-6-1-r9 . ISSN 1474-760X. PMC 549070 . PMID 15642101.

[1] Desiere, Frank; Deutsch, Eric W.; Nesvizhskii, Alexey I.; Mallick, Parag; King, Nichole L.; Eng, Jimmy K.; Aderem, Alan; Boyle, Rose; Brunner, Erich; Donohoe, Samuel; Fausto, Nelson; Hafen, Ernst; Hood, Lee; Katze, Michael G.; Kennedy, Kathleen A.; Kregenow, Floyd; Lee, Hookeun; Lin, Biaoyang; Martin, Dan; Ranish, Jeffrey A.; Rawlings, David J.; Samelson, Lawrence E.; Shiio, Yuzuru; Watts, Julian D.; Wollscheid, Bernd; Wright, Michael E.; Yan, Wei; Yang, Lihong; Yi, Eugene C.; Zhang, Hui; Aebersold, Ruedi (2005). 「ハイスループット質量分析法によって得られたペプチド配列のヒトゲノムへの統合」ゲノム生物学6 ( 1): –9. doi : 10.1186/gb-2004-6-1-r9 . ISSN 1474-760X. PMC 549070 . PMID 15642101.