ペプチド配列タグ
ペプチド配列タグは、タンデム質量分析によって得られたペプチドに関する情報であり、タンパク質データベース内でこのペプチドを識別するために使用できます。[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]
質量分析
一般的に、ペプチドは質量分析計で断片化することによって識別できます。たとえば、衝突誘起解離では、ペプチドは質量分析計内でガスと衝突し、ペプチド結合で断片に分解されます。結果として生じるフラグメントイオン( b イオンおよびy イオンと呼ばれる) は、それぞれのアミノ酸の残基質量に対応する質量差を持ちます。したがって、タンデム質量スペクトルには、ペプチドのアミノ酸配列に関する部分的な情報が含まれています。EMBLのMatthias Wilm とMatthias Mannによって開発されたペプチド配列タグ手法[ 4 ]では、この情報を使用してデータベース内のペプチドを識別します。簡単に言うと、スペクトルからいくつかの質量を抽出してペプチド配列タグを取得します。このペプチド配列タグは特定のペプチドに固有の識別子であり、すべての可能性のあるペプチド配列を含むデータベースでそのペプチドを見つけるために使用できます。
ペプチドフラグメント表記
タンデム質量スペクトルから得られるペプチドフラグメントを示す表記法が開発されている。[ 5 ]ペプチドフラグメントイオンは、 N末端の電荷が保持されている場合はa、b、またはcで、C末端の電荷が保持されている場合はx、y、またはzで示される。下付き文字はフラグメント内のアミノ酸残基の数を示す。プライム記号は、観測されたイオンを形成するためにフラグメントに付加されたプロトンまたは水素の数を示す。例えば、y''はプロトン化されたペプチドに類似した一価イオンを示し、(y''') 2+は二重にプロトン化されたペプチドに類似した二価イオンを示す。[ 6 ]
参照
参考文献
- ^ Hardouin J (2007). 「マトリックス支援レーザー脱離／イオン化インソース崩壊質量分析法によるタンパク質配列情報」.質量分析レビュー. 26 (5): 672–82 . Bibcode : 2007MSRv...26..672H . doi : 10.1002/mas.20142 . PMID 17492750 .
- ^ Shadforth I, Crowther D, Bessant C (2005). 「高スループットの自動パイプラインでの使用に向けたMSを用いたタンパク質およびペプチド同定アルゴリズム」.プロテオミクス. 5 (16): 4082–95 . doi : 10.1002 / pmic.200402091 . PMID 16196103. S2CID 38068737 .
- ^ Mørtz E, O'Connor PB, Roepstorff P, Kelleher NL, Wood TD, McLafferty FW, Mann M (1996). 「タンデン質量スペクトルデータと配列データベースのマッチングによるインタクトタンパク質の配列タグ同定」 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 93 (16): 8264–7 . Bibcode : 1996PNAS...93.8264M . doi : 10.1073 / pnas.93.16.8264 . PMC 38658. PMID 8710858 .
- ^ Mann M, Wilm M (1994). 「ペプチド配列タグによる配列データベース内のペプチドのエラー耐性同定」. Anal. Chem . 66 (24): 4390–9 . doi : 10.1021/ac00096a002 . PMID 7847635 .
- ^ a b Roepstorff P, Fohlman J (1984). 「ペプチドの質量スペクトルにおける配列イオンの共通命名法の提案」Biomed. Mass Spectrom . 11 (11): 601. doi : 10.1002/bms.1200111109 . PMID 6525415 .
- ^ Tang XJ, Thibault P, Boyd RK (1993年10月). 「多重プロトン化ペプチドのフラグメンテーション反応と低エネルギー衝突誘起解離を用いたタンデム質量分析によるシーケンシングへの影響」. Anal. Chem. 65 (20): 2824–34 . doi : 10.1021/ac00068a020 . PMID 7504416 .
外部リンク
