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| コンテンツ | |
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| 説明 | PhytoPathプロジェクトは、重要な真菌、卵菌、細菌の植物病原体からゲノム規模のデータを収集し、変異体の表現型に関する文献情報と統合します。データはEnsembl Genomesプラットフォームを用いて表示されます。 |
キャプチャされたデータの種類 | ゲノム規模のデータ、微生物変異体の表現型 |
| 生物 | 真菌88種、細菌24種、原生生物病原体23種 |
| 接触 | |
| 研究センター | EMBL-EBIとロスサムステッド・リサーチ |
| 主な引用 | PMID 26476449 |
| 発売日 | 2012年[1] |
| アクセス | |
| データ形式 | FASTA、GFF3 |
| Webサイト | フィトパス |
| ツール | |
| ウェブ | PhytoPath BioMart検索 |
| その他 | |
| ライセンス | Apache 2.0 ソフトウェアライセンス |
| バージョン管理 | はい |
| データ公開 頻度 | 四半期ごと |
| バージョン | PhytoPathは、Ensembl Genomesの32番目のリリース（2016年8月）とPHI-baseのバージョン4.2から構築されています。 |
PhytoPathは、欧州バイオインフォマティクス研究所とロスサムステッド研究所が共同で2012年1月[1]から2017年5月30日[2]まで実施した科学プロジェクトです。このプロジェクトは、植物病原体、その宿主植物、および関連モデル種について生成される「-オミクス」データの増大する活用を可能にすることを目的としていました。遺伝子変異体の表現型情報は、ゲノムブラウザに直接表示されます。
背景
PhytoPathは2012年に開始されたバイオインフォマティクスリソースであり、[1]重要な植物病原種のゲノム規模のデータと、病原体-宿主相互作用データベース（PHI-base）から入手できる宿主感染の表現型に関する文献収集情報を統合しました。Ensembl Genomes Browserインターフェースを介して、優先作物やモデル植物病原性の真菌類および卵菌類の完全なゲノムアセンブリと遺伝子モデルへのアクセスを提供します。Phytopathは、 Ensemblゲノムブラウザ内の個々の遺伝子配列モデルから、PHI-base内で収集された査読済みの表現型情報に直接リンクしています。Phytopathリソースは、真菌および卵菌類のゲノムの比較分析のためのツールを提供することを目的としていました。2017年5月の最終更新以降、データベースはゲノムブラウザで113の真菌種、25の原生生物種、および137の細菌種からの275のゲノム配列にアクセス可能一部の種では、WebApollo オンライン遺伝子エディタを使用して、遺伝子モデルのコミュニティ注釈のサポートが提供されました。
参考文献
- Flicek; et al. (2011). "Ensembl 2011". Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D800–6. doi :10.1093/nar/gkq1064. PMC 3013672. PMID 21045057 .
- Winnenburg, R.; Urban, M.; Beacham, A.; Baldwin, TK; Holland, S.; Lindeberg, M.; Hansen, H.; Rawlings, C.; Hammond-Kosack, K.; Köhler, J. (2008). 「PHI-baseアップデート：病原体宿主相互作用データベースへの追加」Nucleic Acids Research . 36 (データベース号): D572–6. doi :10.1093/nar/gkm858. PMC 2238852. PMID 17942425 .
- Baldwin, TK; Winnenburg, R.; Urban, M.; Rawlings, C.; Köhler, J.; Hammond-Kosack, KE (2006). 「病原体-宿主相互作用データベース（PHI-base）は、病原性に関する一般的かつ新規なテーマへの洞察を提供する」. Molecular Plant-Microbe Interactions . 19 (12): 1451–62 . doi : 10.1094/mpmi-19-1451 . PMID 17153929.
- ^ abc Pedro, Helder; Maheswari, Uma; Urban, Martin; Irvine, Alistair George; Cuzick, Alayne; McDowall, Mark D.; Staines, Daniel M.; Kulesha, Eugene; Hammond-Kosack, Kim Elizabeth; Kersey, Paul Julian (2015年10月17日). 「PhytoPath：植物病原体ゲノミクスのための統合リソース」. Nucleic Acids Research . 44 (D1). Oxford University Press (OUP): D688 – D693 . doi :10.1093/nar/gkv1052. ISSN 0305-1048. PMC 4702788. PMID 26476449 .
- ^ 「PhytoPath：数百の植物病原体ゲノムのためのインフラストラクチャ」ロスサムステッド・リサーチ、2014年5月31日。 2021年3月19日閲覧。
外部リンク
- フィトパス
- 病原体-宿主相互作用データベース
- アンサンブル菌類
- アンサンブル
