PreQ1-IIリボスイッチ

preQ1-II（プレキューオシン）リボスイッチ
preQ1-IIの予測される二次構造と配列の保存性
識別子
シンボル	プレQ1-II
代替記号	COG4708
Rfam	RF01054
その他のデータ
RNA型	シス-reg ;リボスイッチ
ドメイン	細菌
それで	SO:0005836
PDB構造	PDBe

PreQ1-IIリボスイッチは、修飾ヌクレオシドクエオシンの前駆体であるプレクエオシン₁（PreQ _{1 ）に特異的に結合する}リボスイッチの一種である。^{[ 1 ]}これらは特定のStreptococcus 属およびLactococcus属に存在し、もともと「COG4708モチーフ」と呼ばれる保存されたRNA二次構造として同定された。^{[ 2 ]} このリボスイッチクラスの既知のメンバーはすべて、COG4708遺伝子のメンバーを制御していると考えられる。これらの遺伝子は膜結合タンパク質をコードすると予測されており、preQ ₁結合リボスイッチとの関連性に基づき、 preQ ₁または関連代謝物のトランスポーターであると提案されている。^{[ 1 ]} _{PreQ1-IIリボスイッチは、以前に発見されたpreQ 1}結合リボスイッチのクラスであるpreQ1-Iリボスイッチ と配列や構造に明らかな類似性はない。したがって、PreQ _{1 は}、S-アデノシルメチオニンに加わり、複数のリボスイッチクラスのリガンドである 2 番目の代謝物となります。

PreQ ₁ -IIリボスイッチのコンセンサス二次構造。レイアウトは以前に発表された図と類似している。^{[ 2 ] [ 1 ]}

参考文献

1. Meyer MM, Roth A, Chervin SM, Garcia GA, Breaker RR (2008). 「Streptococcaaceae細菌における2番目の天然preQ1アプタマークラスの確認」 . RNA . 14 (4): 685– 695. doi : 10.1261/rna.937308 . PMC  2271366. PMID  18305186 .
2. Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, et al. (2007). 「CMfinder比較ゲノミクスパイプラインを用いた細菌中の22の候補構造化RNAの同定」 . Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809– 4819. doi : 10.1093 / nar/gkm487 . PMC 1950547. PMID 17621584 .  

外部リンク

• RfamのPreQ1-II_riboswitchのページ