生物学において、タンパク質構造データベースとは、実験的に決定された様々なタンパク質構造に基づいてモデル化されたデータベースです。ほとんどのタンパク質構造データベースの目的は、タンパク質構造を整理し、注釈を付けることで、生物学コミュニティが実験データに有用な方法でアクセスできるようにすることです。タンパク質構造データベースに含まれるデータには、3次元座標に加えて、X線結晶構造解析によって決定された構造の単位格子の大きさや角度などの実験情報が含まれることがよくあります。ほとんどの場合（この場合、タンパク質、またはタンパク質の特定の構造決定）、配列情報も含まれており、一部のデータベースでは配列に基づくクエリを実行する手段も提供されています。しかし、構造データベースの主な属性は構造情報であるのに対し、配列データベースは配列情報に重点を置いており、大部分のエントリには構造情報は含まれていません。タンパク質構造データベースは、構造に基づく創薬設計などの計算生物学における多くの取り組みにおいて、使用される計算手法の開発と、タンパク質の機能に関する洞察を提供するためにいくつかの手法で使用される大規模な実験データセットの提供の両方において重要です。[1]
タンパク質データバンク
タンパク質データバンク（PDB）は、実験的に決定されたすべてのタンパク質構造データの中央アーカイブとして1971年に設立されました。現在、PDBは、ワールドワイド・タンパク質データバンク（wwPDB）と呼ばれる国際コンソーシアムによって維持管理されています。wwPDBの使命は、世界中のコミュニティが自由に公開できる高分子構造データの単一アーカイブを維持することです。 [2] [3]
その他のタンパク質構造データベースの一覧
PDB はデータをパブリック ドメインで公開しているため、そのデータは他のさまざまなタンパク質構造データベースで使用されています。
タンパク質構造データベースの例としては、以下のものがあります（アルファベット順）。
- 高分子運動のデータベース
- タンパク質やその他の高分子で起こる動きを、特に映画を使って説明する。
- ダイナミクス
- 既知のすべてのタンパク質フォールドファミリーを代表するタンパク質の分子動力学シミュレーションと分析のデータウェアハウス
- イエナライブラリ
- イエナ生体高分子ライブラリは、視覚化と分析に重点を置き、3次元生体高分子構造に関する情報をより効果的に普及させることを目的としています。
- モッドベース
- 比較モデリングによって計算された3次元タンパク質モデルのデータベース
- OCA
- タンパク質構造/機能のブラウザデータベース - OCA は、 KEGG、OMIM、PDBselect、Pfam、PubMed、SCOP、SwissProtなどの情報を統合します。
- OPM
- 脂質二重層に対するタンパク質の三次元構造の空間位置を示します。
- PDBライト
- OCAから派生したPDB Liteは、PDB内の高分子をできるだけ簡単に検索して表示できるようにするために提供されました。
- PDBサム
- PDB内の高分子構造の概要を提供し、各構造内の分子とそれらの相互作用の模式図を示します。
- PDBTM
- 膜貫通タンパク質のタンパク質データバンク— PDB の一部。
- PDBウィキ
- 生物学的分子構造のコミュニティ注釈付き知識ベース [1]
- プロトCID
- タンパク質共通インターフェースデータベース (ProtCID) は、相同タンパク質の結晶構造における類似したタンパク質間インターフェースのデータベースです。
- タンパク質
- NIHタンパク質データベースは、 GenBank、RefSeq、およびサードパーティの注釈付きコード領域からの翻訳、およびSwissProt、PIR、PRF、およびPDBからのレコードを含む、複数のソースからの配列のコレクションです。
- プロテオペディア
- タンパク質やその他の分子に関する共同作業型3D百科事典。PDB（10万ページ以上）のすべてのエントリに対応するページを含むWikiで、機能部位とリガンドをハイライト表示するJmolビューを備えています。使いやすいシーン作成ツールが用意されているため、Jmolスクリプト言語を習得しなくても、カスタマイズされた分子シーンを作成できます。カスタムシーンは、Jmolで表示される説明文内の「緑色のリンク」に簡単に追加できます。
- プロテインラウンジ
- タンパク質構造のビジュアル化を含むタンパク質データベース。さらに、タンパク質パスウェイや遺伝子配列、その他のツールも含まれています。
- スコープ
- タンパク質の構造分類[2]は、構造が知られているすべてのタンパク質間の構造的および進化的関係を詳細かつ包括的に記述したものです。
- SWISS-MODELリポジトリ
- 相同性モデリングによって計算された注釈付きタンパク質モデルのデータベース
- トップサン
- オープン タンパク質構造アノテーション ネットワーク — タンパク質の 3 次元構造に関する情報を収集、共有、配布するために設計された wiki。
参考文献
- ^ Laskowski, RA (2011). 「タンパク質構造データベース」. Mol Biotechnol . 48 (2): 183–98 . doi :10.1007/s12033-010-9372-4. PMID 21225378. S2CID 45184564.
- ^ Berman, HM (2008年1月). 「タンパク質データバンク：歴史的視点」(PDF) . Acta Crystallographica Section A. A64 ( 1): 88– 95. doi : 10.1107/S0108767307035623 . PMID 18156675.
- ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (1997年12月). 「PDBsum：すべてのPDB構造の要約と分析を掲載したWebベースのデータベース」. Trends Biochem. Sci . 22 (12): 488–90 . doi :10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID 9433130.
