ホモ・サピエンスのタンパク質コード遺伝子
| RABEP1 |
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| 利用可能な構造 |
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| PDB | オーソログ検索:PDBe RCSB |
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| PDB IDコード一覧 |
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1P4U、1TU3、1X79、4N3Y、4N3Z、4Q9U |
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| 識別子 |
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| 別名 | RABEP1, RAB5EP, RABPT5, rabaptin, RAB GTPase binding effector protein 1 |
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| External IDs | OMIM: 603616; MGI: 1860236; HomoloGene: 3451; GeneCards: RABEP1; OMA:RABEP1 - orthologs |
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| Gene location (Mouse) |
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 | | Chr. | Chromosome 11 (mouse)[2] |
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| | Band | 11 B3- B4|11 43.21 cM | Start | 70,735,604 bp[2] |
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| End | 70,833,931 bp[2] |
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| RNA expression pattern |
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| Bgee | | Human | Mouse (ortholog) |
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| Top expressed in | - Skeletal muscle tissue of rectus abdominis
- Achilles tendon
- biceps brachii
- 腓腹神経
- 中心後回
- 内淡蒼球
- C1節
- 上腕二頭筋の骨格筋組織
- 腓腹筋
- 中側頭回
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| | 発現上位 | - 海馬歯状回顆粒細胞
- 胚尾
- 黒質
- バレル皮質
- 副腎
- 生殖結節
- 上前頭回
- 坐骨神経
- 固有海馬I領域
- 一次視覚野
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| | その他の参考発現データ |
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| BioGPS | 
 | | その他の参考発現データ |
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| 遺伝子オントロジー |
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| 分子機能 |
- 成長因子活性
- タンパク質ホモ二量体化活性
- タンパク質結合
- GTPase活性化因子活性
- タンパク質ドメイン特異的結合
| | 細胞成分 |
- 細胞内膜結合細胞小器官
- 細胞質小胞
- エンドサイトーシス小胞
- 細胞質
- リサイクリングエンドソーム
- エンドソーム
- 初期エンドソーム
- 初期エンドソーム膜
- タンパク質含有複合体
| | 生物学的プロセス |
- 膜融合
- アポトーシスプロセス
- タンパク質輸送
- GTPase活性の正の調節
- 小胞輸送
- エンドサイトーシス
- シグナル伝達受容体活性の調節
- ゴルジ体から細胞膜への輸送
- 繊毛膜へのタンパク質局在
- シグナル伝達
| | 出典:Amigo / QuickGO |
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| 相同遺伝子 |
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| 種 | ヒト | マウス |
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| Entrez | | |
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| Ensembl | | |
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| UniProt | | |
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| RefSeq (mRNA) | |
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NM_001083585 NM_001291581 NM_001291582 NM_004703 |
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NM_001291141 NM_001291142 NM_001291143 NM_019400 |
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| RefSeq (protein) | |
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NP_001077054 NP_001278510 NP_001278511 NP_004694 |
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NP_001278070 NP_001278071 NP_001278072 NP_062273 |
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| Location (UCSC) | Chr 17: 5.28 – 5.39 Mb | Chr 11: 70.74 – 70.83 Mb |
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| PubMed search | [3] | [4] |
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| Wikidata |
| View/Edit Human | View/Edit Mouse |
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Rab GTPase結合エフェクタータンパク質1は、ヒトではRABEP1遺伝子によってコードされる酵素です。[5] [6]ラバプチンタンパク質ファミリーに属します。
相互作用
RABEP1は、以下のタンパク質と相互作用することが示されています。
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000029725 – Ensembl、2017年5月
- ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000020817 – Ensembl、2017年5月
- ^ 「ヒトPubMedリファレンス」、米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター
- ^ 「マウスPubMedリファレンス」、米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター
- ^ ab Stenmark H, Vitale G, Ullrich O, Zerial M (1995年11月). 「ラバプチン-5は、エンドサイトーシスによる膜融合における低分子GTPase Rab5の直接的なエフェクターである」. Cell . 83 (3): 423–32 . doi : 10.1016/0092-8674(95)90120-5 . PMID 8521472.
- ^ 「Entrez遺伝子:RABEP1ラバプチン、RAB GTPase結合エフェクタータンパク質1」
- ^ abc Mattera R, Arighi CN, Lodge R, Zerial M, Bonifacino JS (2003年1月). 「GGAとラバプチン-5-ラベックス-5複合体との二価相互作用」. EMBOジャーナル. 22 (1): 78–88 . doi :10.1093/emboj/cdg015 . PMC 140067. PMID 12505986
- ^ 野木 剛志、柴 雄志、川崎 正之、柴 剛志、松垣 暢志、五十嵐 暢志、鈴木 正治、加藤 亮、高津 秀一、中山 健志、若月 聡志 (2002年7月). 「γ-アダプチン耳ドメインによるアクセサリータンパク質リクルートメントの構造基盤」Nature Structural Biology . 9 (7): 527–31 . doi :10.1038/nsb808. PMID 12042876. S2CID 42630285
- ^ ab Vitale G, Rybin V, Christoforidis S, Thornqvist P, McCaffrey M, Stenmark H, Zerial M (1998年4月). 「異なるRab結合ドメインがラバプチン-5とGTP結合型Rab4およびRab5との相互作用を媒介する」. The EMBO Journal . 17 (7): 1941–51 . doi :10.1093/emboj/17.7.1941 . PMC 1170540. PMID 9524117
- ^ Xiao GH, Shoarinejad F, Jin F, Golemis EA, Yeung RS (1997年3月). 「結節性硬化症2遺伝子産物であるチュベリンは、エンドサイトーシスの調節においてRab5 GTPase活性化タンパク質(GAP)として機能する」. The Journal of Biological Chemistry . 272 (10): 6097–100 . doi : 10.1074/jbc.272.10.6097 . hdl : 20.500.12613/9244 . PMID 9045618
- ^ Valsdottir R, Hashimoto H, Ashman K, Koda T, Storrie B, Nilsson T (2001年11月). 「ゴルジ体とER間の逆行性輸送の調節因子であるrab33bの推定エフェクターとしてのrabaptin-5、rabex-5、およびGM130の同定」FEBS Letters . 508 (2): 201–9 . doi : 10.1016/s0014-5793(01)02993-3 . PMID 11718716. S2CID 21545088.
さらに読む
- Xiao GH, Shoarinejad F, Jin F, Golemis EA, Yeung RS (1997年3月). 「結節性硬化症2遺伝子産物であるチュベリンは、エンドサイトーシスの調節においてRab5 GTPase活性化タンパク質(GAP)として機能する」. The Journal of Biological Chemistry . 272 (10): 6097–100 . doi : 10.1074/jbc.272.10.6097 . hdl : 20.500.12613/9244 . PMID 9045618.
- Vitale G, Rybin V, Christoforidis S, Thornqvist P, McCaffrey M, Stenmark H, Zerial M (1998年4月). 「異なるRab結合ドメインがラバプチン-5とGTP結合型Rab4およびRab5との相互作用を媒介する」. The EMBO Journal . 17 (7): 1941–51 . doi :10.1093/emboj/17.7.1941 . PMC 1170540. PMID 9524117
- Neve RL、Coopersmith R、McPhie DL、Santeufemio C、Pratt KG、Murphy CJ、Lynn SD(1998年10月)。「神経成長関連タンパク質GAP-43はラバプチン-5と相互作用し、エンドサイトーシスに関与する」。The Journal of Neuroscience . 18 (19): 7757–67 . doi : 10.1523/JNEUROSCI.18-19-07757.1998 . PMC 6793001. PMID 9742146
- Swanton E, Bishop N, Woodman P (1999年12月). 「ヒトラバプチン-5はアポトーシス中にカスパーゼ-3によって選択的に切断される」. The Journal of Biological Chemistry . 274 (53): 37583–90 . doi : 10.1074/jbc.274.53.37583 . PMID 10608812
- Nagelkerken B, Van Anken E, Van Raak M, Gerez L, Mohrmann K, Van Uden N, Holthuizen J, Pelkmans L, Van Der Sluijs P (2000年3月). 「低分子GTPase rab4aの新規エフェクターであるラバプチン4は、核周縁リサイクリング小胞にリクルートされる」. The Biochemical Journal . 346 (3): 593– 601. doi :10.1042/0264-6021:3460593 . PMC 1220890. PMID 10698684
- Hirst J、Lui WW、Bright NA、Totty N、Seaman MN、Robinson MS(2000年4月)。「トランスゴルジ体ネットワークと液胞/リソソーム間の輸送を促進するγアダプチンおよびVHSドメインを持つタンパク質ファミリー」。The Journal of Cell Biology . 149 (1): 67–80 . doi :10.1083/jcb.149.1.67 . PMC 2175106. PMID 10747088
- Korobko IV, Korobko EV, Kiselev SL (2000年11月). 「MAK-Vタンパク質キナーゼはマウスのエンドサイトーシスを制御する」. Molecular & General Genetics . 264 (4): 411–8 . doi :10.1007/s004380000293. PMID 11129044. S2CID 21231710.
- Zhu Y, Doray B, Poussu A, Lehto VP, Kornfeld S (2001年6月). 「マンノース6リン酸受容体のリソソーム酵素選別モチーフへのGGA2の結合」. Science . 292 (5522): 1716–8 . Bibcode :2001Sci...292.1716Z. doi :10.1126/science.1060896. PMID 11387476. S2CID 9453730
- Valsdottir R, Hashimoto H, Ashman K, Koda T, Storrie B, Nilsson T (2001年11月). 「ゴルジ体とER間の逆行性輸送を制御する因子rab33bの推定エフェクターとしてのrabaptin-5、rabex-5、およびGM130の同定」FEBS Letters . 508 (2): 201–9 . doi : 10.1016/S0014-5793(01)02993-3 . PMID 11718716. S2CID 21545088
- de Renzis S , Sönnichsen B, Zerial M (2002年2月). 「二価Rabエフェクターは初期エンドソームのサブコンパートメント構成とソーティングを制御する」Nature Cell Biology 4 (2): 124–33 . doi :10.1038/ncb744. PMID 11788822. S2CID 6596498.
- Mattera R, Arighi CN, Lodge R, Zerial M, Bonifacino JS (2003年1月). 「GGAとRabaptin-5-Rabex-5複合体との二価相互作用」The EMBO Journal 22 ( 1): 78–88 . doi :10.1093/emboj/cdg015 . PMC 140067. PMID 12505986
- Mattera R, Puertollano R, Smith WJ, Bonifacino JS (2004年7月). 「GGAタンパク質の三重らせん束サブドメインは、重複しているが異なる部位を介して複数のパートナーと相互作用する」. The Journal of Biological Chemistry . 279 (30): 31409–18 . doi : 10.1074/jbc.M402183200 . PMID 15143060
- Jin J, Smith FD, Stark C, Wells CD, Fawcett JP, Kulkarni S, Metalnikov P, O'Donnell P, Taylor P, Taylor L, Zougman A, Woodgett JR, Langeberg LK, Scott JD, Pawson T (2004年8月). 「細胞骨格制御と細胞組織化に関与するin vivo 14-3-3結合タンパク質のプロテオーム、機能、およびドメインベース解析」. Current Biology . 14 (16): 1436–50 . Bibcode :2004CBio...14.1436J. doi : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . PMID 15324660.
- 木村 憲治、若松 章、鈴木 雄一、太田 剛、西川 孝、山下 亮、山本 潤、関根 正治、釣谷 健、若栗 秀、石井 俊一、杉山 剛、斉藤 憲治、磯野 雄一、入江 亮、櫛田 暢、米山 剛、大塚 亮、神田 憲治、横井 剛、近藤 宏、我妻 正治、村川 憲治、石田 誠、石橋 剛、高橋 明、棚瀬 剛、永井 功、菊池 秀、中井 功、磯貝 剛、菅野 誠 (2006年1月). 「転写調節の多様化:ヒト遺伝子の推定代替プロモーターの大規模同定と特性評価」.ゲノム研究. 16 (1): 55–65 . doi :10.1101/gr.4039406 . PMC 1356129 PMID 16344560
- Ewing RM、Chu P、Elisma F、Li H、Taylor P、Climie S、McBroom-Cerajewski L、Robinson MD、O'Connor L、Li M、Taylor R、Dharsee M、Ho Y、Heilbut A、Moore L、Zhang S、Ornatsky O、Bukhman YV、Ethier M、Sheng Y、Vasilescu J、Abu-Farha M、Lambert JP、Duewel HS、Stewart II、Kuehl B、Hogue K、Colwill K、Gladwish K、Muskat B、Kinach R、Adams SL、Moran MF、Morin GB、Topaloglou T、Figeys D (2007)。「質量分析によるヒトタンパク質間相互作用の大規模マッピング」。分子システム生物学3 (1): 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.