| ラガト8 | |
|---|---|
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| 識別子 | |
| シンボル | ラガト8 |
| Rfam | RF02687 |
| その他のデータ | |
| RNA型 | 遺伝子; sRNA |
| 行く | GO:0003824 |
| それで | SO:0000370 |
| PDB構造 | PDBe |
ツイスターリボザイムとハンマーヘッドリボザイムに関連する遺伝子に関連するRNA（RAGATH ）は、細菌中の自己切断型リボザイムを発見するために考案されたバイオインフォマティクス戦略を指します。[1]また、この戦略を使用して発見された候補RNA、つまりRAGATH RNAモチーフ も指します。
ツイスターリボザイム[ 2]の発見により、細菌中の多くの遺伝要素が、ツイスターリボザイムや、それ以前に発見されたハンマーヘッドリボザイム[2]の近傍に位置することが認識されました。 これらの遺伝要素には複数の遺伝子クラスが含まれており、その多くはMu様ファージに特徴的なものです。近傍要素には、ツイスターリボザイムとハンマーヘッドリボザイムも含まれます。言い換えれば、ツイスターリボザイムとハンマーヘッドリボザイムは、細菌において他のツイスターリボザイムやハンマーヘッドリボザイムの近傍に位置することが多いのです。
これらの観察結果を踏まえ、研究者たちは、他のクラスの自己切断型リボザイムもこれらの遺伝要素と関連するという仮説を立てました。そこで、関連する遺伝要素に近接する非コード領域を対象に、既に確立された手法を用いて保存されたRNA構造の探索が行われました。 [3] これらのRNA構造は、自己切断型リボザイムの候補となると考えられます。
この方法を用いて、これまで知られていなかった自己切断型リボザイムのクラスが発見されました。ツイスターシスター、ピストル、ハチェットリボザイムです。また、ハンマーヘッドリボザイムやHDVリボザイムといった珍しい例も発見されました。さらに12種類の保存されたRNA構造はリボザイムとして機能しないようで、これらのRNAの生物学的および生化学的機能は未だ不明です。これらの保存されたRNAはすべて「RAGATH RNAモチーフ」と名付けられ、未解明のRNAはRAGATH-4からRAGATH-15まで番号が付けられています。その後、「in vitro」で自己切断しないRAGATHモチーフもいくつか発表されました。[4]
RAGATH-18 RNAには予測されるキンクターンが含まれています。[5] この特定のキンクターンの例は、キンクターンの構造がその配列とどのように関連しているかをよりよく理解するために研究されました。
参考文献
- ^ Weinberg Z, Kim PB, Chen TH, Li S, Harris KA, Lünse CE, Breaker RR (2015). 「比較ゲノミクス解析により明らかになった自己切断型リボザイムの新クラス」Nat. Chem. Biol . 11 (8): 606–10 . doi :10.1038/nchembio.1846. PMC 4509812. PMID 26167874 .
- ^ ab Roth A, Weinberg Z, Chen AG, Kim PB, Ames TD, Breaker RR (2014). 「バイオインフォマティクスによって明らかになった広範囲に及ぶ自己切断型リボザイムクラス」Nat. Chem. Biol . 10 (1): 56– 60. doi :10.1038/nchembio.1386. PMC 3867598. PMID 24240507 .
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (2010). 「比較ゲノミクスにより、細菌、古細菌、およびそれらのメタゲノムから104の候補構造化RNAが明らかになった」Genome Biol . 11 (3) R31. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571. PMID 20230605 .
- ^ Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (2017年10月). 「インタージェニック領域の特定のサブセットの比較解析による224個の候補構造化RNAの検出」. Nucleic Acids Res . 45 (18): 10811– 10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .
- ^ Huang L, Liao X, Li M, Wang J, Peng X, Wilson TJ, Lilley DM (2021年6月). 「構造化RNA種において構造予測規則の検証によって同定された4つの推定キンクターンの構造とフォールディング」Nucleic Acids Res . 49 (10): 5916– 5924. doi :10.1093/nar/gkab333. PMC 8191799. PMID 33978763 .
