ランク豊富度曲線
順位存在度曲線、またはウィテカープロットは、生態学者が生物多様性の構成要素である相対的な種の豊富さを示すために用いるグラフです。また、種の豊富さや種の均等性を視覚化するためにも使用できます。これは、計算において異なる変数が果たした相対的な役割を表示できないという 生物多様性指標の欠点を克服しています。
この曲線は、Y 軸に相対的な豊富さ、X 軸に豊富さの順位が示された 2D チャートです。
- X軸：個体数順位。最も個体数の多い種は1位、2番目に個体数の多い種は2位、というように順位が付けられます。
- Y軸：相対的存在量。通常は対数スケールで測定され、ある種の個体数（例：個体数）を他の種の個体数と比較した相対的な存在量を表します。ただし、上の図はラベルに「(log)」と記載されているにもかかわらず、対数スケールではありません。もし対数スケールがあれば、図の形は全く異なるものになるでしょう。
解釈
順位存在量曲線は、種の豊富さと種の均等性の両方を視覚的に表します。種の豊富さは、グラフ上の異なる種の数、つまりランク付けされた種の数として見ることができます。種の均等性は、グラフにフィットする直線の傾きに反映されます（線形、つまり対数級数の関係を仮定）。勾配が急な場合は、順位の高い種の豊富さが順位の低い種よりもはるかに高いため、均等性が低いことを示します。勾配が緩い場合は、異なる種の豊富さが同程度であるため、均等性が高いことを示します。
順位存在曲線の定量的比較
RのRADanalysisパッケージを用いることで、異なる生物群集のランク豊富度曲線の定量的な比較を行うことができます。このパッケージは最大ランク正規化法[ 1 ]を用いており、この方法では、生物群集のランク豊富度曲線を同じランク数に正規化し、その後相対的な豊富度を1に正規化することで、ランク豊富度分布を作成します。
参考文献
- ^ Saeedghalati, M. (2017). 「一般化コミュニティの豊富さの構造の定量的比較：B細胞受容体レパートリーからマイクロバイオームまで」 . PLOS Comput. Biol . 13 (1) e1005362. arXiv : 1612.03692 . Bibcode : 2017PLSCB..13E5362S . doi : 10.1371/journal.pcbi.1005362 . PMC 5293285. PMID 28114391 .
- マガーラン、アン・E.（2004）『生物多様性の測定』オックスフォード：ブラックウェル、ISBN 0-632-05633-9。
- Whittaker, RH (1965). 「陸上植物群落における優占と多様性：種の数的関係は群集機能と進化における競争の重要性を表す」. Science . 147 (3655): 250–260 . doi : 10.1126/science.147.3655.250 . PMID 17788203. S2CID 22414021 .
外部リンク
- Whittaker ダイアグラム、手続き型コンテンツ生成 Wiki - 手続き型コンテンツ生成における Whittaker ダイアグラムの使用
- RのRADanalysisパッケージ、CRANのパッケージには、ランクアバンダンス曲線の定量的な比較のための関数が含まれています。
