ラプターX

ラプターX
開発者	徐金保 リー・ミン 彭建 朱建偉 王盛
初回リリース	2012年; 13年前 （2012年）
入手可能な	英語
タイプ	タンパク質構造予測のためのバイオインフォマティクスツール
ライセンス	非営利目的の独占的使用、ケースバイケース
Webサイト	raptorx.uchicago.edu

RaptorXは、タンパク質の構造と機能を予測するためのソフトウェアおよびウェブサーバーであり、非商用目的では無料で使用できます。RaptorXは、タンパク質構造予測のための最も人気のある方法の1つです。^{[1] [2] [3] [4] [5]}他のリモートホモロジー認識およびタンパク質スレッディング技術と同様に、RaptorXは、広く使用されているPSI-BLASTが生成できない信頼性の高いタンパク質モデルを定期的に生成できます。ただし、RaptorXは、構造情報を活用することで、多数の配列ホモログなしでタンパク質配列をモデル化することに優れているという点で、プロファイルベースの方法（HHPredおよびPhyre 2など）とは大きく異なります。RaptorXサーバーは、タンパク質構造予測方法に不慣れなユーザーにも使いやすいインターフェイスを提供するように設計されています。

説明

RaptorXプロジェクトは2008年に開始され、RaptorX Server ^[6]は2011年に一般公開されました。

標準的な使用法

RaptorX の投稿フォームにタンパク質配列を貼り付けた後、ユーザーは通常、予測が完了するまで数時間（配列の長さによって異なります）お待ちいただくことになります。予測が完了すると、結果のウェブページへのリンクが記載されたメールがユーザーに送信されます。RaptorX Server は現在、以下の結果を生成しています：3状態および8状態二次構造予測、配列テンプレートアライメント、3D構造予測、溶媒アクセシビリティ予測、ディスオーダー予測、結合部位予測。予測結果は視覚的に確認できるよう表示されます。結果ファイルはダウンロードも可能です。

RaptorX Serverは、予測された3Dモデルの品質を示す信頼度スコアも生成します（対応するネイティブ構造がない場合）。例えば、3Dモデルの相対的な全体品質を示すP値、3Dモデルの絶対的な全体品質を示す全体距離検定（GDT）とuGDT（非正規化GDT）、そして3Dモデルの各残基における絶対的な局所品質を示す 位置ごとの平均二乗根偏差（RMSD）を生成します。

アプリケーションとパフォーマンス

RaptorXの用途には、タンパク質構造予測、機能予測、タンパク質配列構造アライメント、タンパク質の進化分類、部位特異的変異誘発の誘導、分子置換によるタンパク質結晶構造の解析などがあります。CASP （ Critical Assessment of Structure Prediction ）CASP9ブラインドタンパク質構造予測実験において、RaptorXは約80台の自動構造予測サーバーの中で2位にランクされました。RaptorXはまた、最も難しい50のCASP9テンプレートベースモデリング（TBM）ターゲットに対して最良のアライメントを生成しました。CASP10では、RaptorXは、最も難しい15のCASP10 TBMターゲットに対して、上位10の人間/サーバーグループの中で唯一のサーバーグループです。

歴史

RaptorXは、タンパク質構造予測システムRAPTORの後継です。RAPTORは、ウォータールー大学のJinbo Xu博士とMing Li博士によって設計・開発されました。RaptorXは、豊田工業大学シカゴ支部のJinbo Xu教授率いる研究グループによって設計・開発されました。

参照

• タンパク質構造予測
• CASP
• タンパク質構造予測ソフトウェア一覧

参考文献

1. Peng, Jian; Xu, Jinbo (2011年10月). 「RaptorX：統計的推論によるタンパク質アライメントのための構造情報の活用」. Proteins . 79 (Suppl 10): 161– 71. doi :10.1002/prot.23175. PMC 3226909.  PMID 21987485  .
2. Peng, Jian; Xu, Jinbo (2010年7月). 「低相同性タンパク質スレッディング」.バイオインフォマティクス. 26 (12): i294 – i300 . doi :10.1093/bioinformatics/btq192. PMC 2881377. PMID 20529920  .  
3. Peng, Jian; Xu, Jinbo (2011年4月). 「タンパク質スレッディングへの複数テンプレートアプローチ」. Proteins . 79 (6): 1930– 1939. doi :10.1002/prot.23016. PMC 3092796. PMID 21465564  . 
4. Peng, Jian; Xu, Jinbo (2009年1月). 「タンパク質スレッディング精度の向上」.計算分子生物学研究. コンピュータサイエンス講義ノート. 第5541巻. pp.  31– 45. doi :10.1007/978-3-642-02008-7_3. ISBN 978-3-642-02007-0. PMC  3325114 . PMID  22506254 .
5. Ma, Jianzhu; Wang, Sheng; Xu, Jinbo (2012年6月). 「タンパク質スレッドのための条件付き神経場モデル」.バイオインフォマティクス. 28 (12): i59-66. doi :10.1093/bioinformatics/bts213. PMC 3371845. PMID 22689779  . 
6. Källberg, Morten; Wang, Haipeng; Wang, Sheng; Peng, Jian; Wang, Zhiyong; Lu, Hui; Xu, Jinbo (2012年7月). 「RaptorXウェブサーバーを用いたテンプレートベースのタンパク質構造モデリング」. Nature Protocols . 7 (8): 1511– 1522. doi :10.1038/nprot.2012.085. PMC 4730388. PMID 22814390  . 

外部リンク

• 公式サイト
• CASPウェブサイト
• その他の構造バイオインフォマティクスソフトウェア